В преддверии завоевания, 1853–1864 гг
С 1853 по 1864 год Россия заложила фундамент для завоевания Центральной Азии. Большую часть этого времени важнейшей проблемой России являлась защита границы. Система укрепленных пограничных постов, созданная в первой половине XVIII века и тянувшаяся непрерывной дугой от устья реки Урал до верховий Иртыша, в середине XIX века была заменена новой, пока еще не завершенной границей на противоположном краю казахской степи. На западе вновь установленная граница по Сырдарье протянулась только от устья этой реки до Ак-Мечети, переименованной в Перовск. На востоке новая сибирская граница протянулась вниз от Иртыша до реки Или. Между Перовском и Или оставалась брешь длиной почти 600 миль. От Аральского моря до реки Урал границы не было вообще, только отдельные русские форты.
Вопрос о закрытии бреши между Перовском и Или и установлении единой непрерывной линии укреплений от Аральского моря до Иртыша впервые был поднят в 1853 году генерал-губернатором Западной Сибири генералом Г.Х. Гасфордом. Петербург, который переживал глубокий кризис, предшествовавший началу Крымской войны, санкционировал продление новой сибирской линии только через реку Или. В результате в 1854 году как конечная точка этой линии был основан город Верный. В 1858 году генерал-губернатор Оренбурга А.А. Катенин снова поднял этот вопрос. Он заявил министру иностранных дел, что status quo неприемлем и что унификация пограничных линий и оккупация Туркестана и Ташкента – необходимые условия стабильности русских границ в Центральной Азии. Позже Катенин предположил, что после завоевания Ташкента следует отправить военную экспедиция в Бухару, чтобы урегулировать отношения с этим ханством. Новый император Александр II (1855–1881) и его министр иностранных дел А.М. Горчаков, оба очень осторожные в международных делах, отвергли предложение Катенина. Несомненно, важную роль в решении отложить наступление в Центральной Азии сыграла царившая в первые годы нового царствования обеспокоенность вопросом освобождения крепостных крестьян, а также желание избежать обострения отношений с Великобританией после ужасной Крымской войны.
Во время этой войны проблема Центральной Азии приобрела новое измерение в дополнение к защите границы. Новой опасностью представлялось конкурирующее английское влияние в этом регионе. Обеспокоенность тем, что Англия вытеснит Россию из Центральной Азии, возникла в 1830-х годах, когда в Бухаре и Хиве впервые появились английские представители. Однако в 1842 году Англия отозвала их после поражения в первой англо-афганской войне, а также после того, как двое английских агентов были подвергнуты пыткам и казнены эмиром Бухары. В 1854 году страхи Петербурга снова воскресли из-за действий турецких посланцев, которые пытались склонить центральноазиатские ханства к союзу с Портой (и косвенно Великобританией, покровительствовавшей султану) против России. Турецким планам помешала древняя вражда между местными державами. Но два года спустя Россию снова взбудоражили сообщения об английских агентах в Коканде, Хиве и среди туркмен. В 1850-х годах не менее тревожным фактом стало завоевание эмиром Кабула Дост Мухамадом, который с 1855 года был британским союзником, областей в Северном Афганистане, ранее подконтрольных Бухаре. В год, последовавший за окончанием Крымской войны, русские позиции еще больше ослабели из-за давления Британии на русского протеже Персию, которая была вынуждена оставить независимое государство Герат и предоставить коммерческие привилегии британским торговцам.
Храбрый молодой офицер полковник Н.П. Игнатьев, служивший русским военным атташе в Лондоне, в ответ на эти события предложил усилить русский политический контроль на Амударье. Он подчеркивал дипломатические и экономические преимущества таких действий: только в Азии у России была надежда успешно бороться с Англией, и только в Азии русская промышленность и торговля успешно конкурировали с промышленностью и торговлей других европейских государств. В 1858 году Игнатьева отправили в Хиву и Бухару, чтобы попытаться урегулировать разногласия с этими странами и усилить русское влияние в ущерб британскому. Одновременно с этим знаменитый ориенталист Н.В. Ханыков был послан в Афганистан, чтобы убедить афганских князей, что Россия «желает не ослаблять ханства, а по возможности усилить их. Мы хотим доказать им, что наши собственные интересы требуют создания бастиона, противостоящего британскому стремлению к завоеваниям». Но ни одна из этих дипломатических миссий не смогла решить проблему соперничества России и Британии в Центральной Азии. В январе 1860 года Петербург снова получил донесения об усилении британского влияния и англо-афганского давления на Бухару.