Когда после окончательного поражения (1452 г.) основной соперник и враг Василия Дмитрий Шемяка сбежал в Новгород, и новгородцы предоставили ему убежище, Василий воспринял это как нарушение новгородцами верности. В следующем году Шемяка был тайно отравлен московскими агентами. Новгородцы устроили ему официальные похороны в монастыре Св. Георгия, которые были расценены Василием II как очередное оскорбление. Ему также не понравилось, что новгородцы приняли в качестве своего служилого князя одного из князей суздальского дома — Василия Гребенку Шуйского, состоявшего ранее на его службе. Более того, Василий II пожаловался новгородским властям, что они не выплачивают ему регулярно его долю судебных штрафов. Не получив удовлетворительного ответа из Новгорода, Василий II повел свои войска против мятежного города. Небольшой отряд под командованием князя Ивана Васильевича Стриги-Оболенского и «боярского сына» Федора Басенка захватил и разграбил богатый город Рузу, к югу от озера Ильмень. Новгородцы послали пятитысячный кавалерийский корпус для освобождения Рузы. Всадники были облачены в тяжелые пластинчатые доспехи и вооружены длинными копьями. Их кони, однако, защищены не были. По сообщениям, лишь две сотни воинов были готовы к встрече новгородцев, остальные же отправились назад к основной части армии со своей добычей. По мере приближения новгородцев московиты направили свои стрелы на коней, а не на всадников. Большое количество всадников попадало, другие обратились в паническое бегство, и битва завершилась полной победой московитов.53
Новгородцы не могли далее оказывать сопротивление и послали архиепископа Евфимия в лагерь великого князя, прося о мире, который был дарован, но на тяжелых условиях. Их, тем не менее, приняли (1456 г.), и заключили новый договор от имени Василия II и его сына Ивана III, который был тогда шестнадцатилетним мальчиком.54 Этот мастерский удар московской дипломатии дал позднее Ивану возможность объявить Новгород своей «отчиной» (родовым владением). На новгородцев наложили штраф в размере 8500 рублей, кроме того великий князь мог теперь собирать с некоторых новгородских провинций специальный налог, так называемый «черный бор», остаток монгольской дани. Вече было лишено древнего права принимать договорные грамоты независимо от князя. Печать великого князя должна была присутствовать на всех договорных грамотах. Новгородцы обязывались не допускать в Новгород сына Шемяки (который бежал в Литву после смерти своего отца), а также кого-либо из других врагов Василия II («лиходеев»). Тем самым новгородцы не только отошли от своего древнего правила давать убежище любому просящему его, но также приняли политический контроль Москвы над их отношениями со всеми русскими князьями, не подчиненными власти великого князя московского. Более того, этим пунктом договора было введено новое понятие в отношениях между Москвой и Новгородом — «предательство». Любой союз новгородцев с врагом великого князя мог теперь рассматриваться московскими властями как политическое преступление против князя, который сам решал что считать предательством, а что нет. Ему одному теперь принадлежала власть наказывать за действия, которые он трактовал как преступный Ничего не говорилось об участии новгородских официальных лиц в политических процессах.
Договор 1456 г. оказался серьезным ударом по новгородской свободе. Он означал, что первый этап борьбы с Москвой был проигран. Это подготовило почву для похода Ивана III на Новгород пятнадцать лет спустя.
История московско-новгородского конфликта 1470-1471 гг. известна нам в основном из московских источников. Лишь отрывок из новгородских записей событий сохранился в четвертой новгородской летописи. Некоторая дополнительная информация может быть получена из псковских летописей. Московские описания естественным образом тенденциозны в пользу Ивана III, и некоторые из них звучат как политические памфлеты, разъясняющие московскую доктрину церкви и государства. Без сомнения памфлеты подобного рода писались также и в Новгороде, с тем чтобы объяснить и защитить новгородскую политическую программу, но ни один из них до нас не дошел.
По понятным причинам трудно было ожидать от новгородцев окончательного принятия условий договора 1456 г.; они был готовы избавиться от унизительных условий договора при первой же возможности. Влиятельная группа новгородских бояр теперь искала помощи у Литвы. Во главе этой группы стояла женщина — Марфа Посадница. Марфа Борецкая была без сомнения одной из наиболее замечательных русских женщин этого периода. По закону, она не являлась городским головой (посадником) — лишь мужчины могли выбираться в Новгороде на эту должность. Но она была вдовой посадника и матерью посадника, и ее влияние на новгородскую политику, в особенности на политику боярской партии, было значительным. К сожалению, известно о ней немного, поскольку после падения Новгорода архивы Борецких, равно как и большинства новгородских бояр, были уничтожены или конфискованы. Часть государственных документов из архивов Борецких увезли в Москву, а частную переписку, скорее всего, уничтожили.
Московские летописи говорят о Марфе с очевидной предвзятостью и ненавистью. Они утверждают, что Марфа и ее сыновья были «научены диаволом».55 Они уподобляют ее Иезавели, Далиле, Иеродиаде и византийской императрице Евдокии, которая преследовала Св. Иоанна Хризостома.56 Они утверждают, что она хотела порушить греко-православную веру и обратить новгородцев в римский католицизм. Более того, они обвиняют ее в личном тщеславии и утверждают, что она намеревалась выйти замуж за литовского вельможу, которого Казимир должен был послать в Новгород как своего представителя, и таким образом управлять Новгородом от имени Казимира. Последнее обвинение звучит абсурдно, поскольку Марфа была уже пожилой женщиной. В это время Марфе было, вероятно, лет 65, если не больше. Ее муж Исаак Андреевич Борецкий стал важным новгородским официальным лицом уже в 1426 г. В 1439 г., будучи новгородским посадником, он подписал договор с немецкими купцами.57 Умер до 1459 г. Их старший сын Дмитрий стал новгородским посадником в 1471 г.