После создания «Тьюб Эллойс» Томсон был послан в Канаду в качестве офицера связи и впоследствии начал посещать заседания американского комитета «S1» в Вашингтоне. Однако к концу 1942 г. Томсону стало ясно, что от него многое скрывалось. В других местах Соединенных Штатов происходило то же самое. «Это приводило в замешательство моего американского друга в такой же степени, как и меня самого,— рассказывает другой британский ученый.— Я посетил его лабораторию, и мы начали обсуждать нашу работу. Отвечая на один из моих вопросов, американский ученый выглядел очень неловко и затем с трудом добавил: «Видите ли, мне не позволено говорить вам об этом».
К началу 1943 г. принцип равноправного партнерства нарушился столь решительно, что Черчилль был вынужден протестовать. Он поднял этот вопрос на конференции в Касабланке, и Гарри Гопкинс обещал разобраться. Гопкинс 16 февраля получил от Черчилля следующую телеграмму: «Я был бы очень признателен за какие-нибудь новости об этом, поскольку в настоящее время американское военное ведомство просит нас информировать его о наших экспериментах и в то же время отказывает нам в любой информации об их работах». Гопкинс просил прислать ему копию стенограмм соответствующих переговоров или памятные записки, которые, по его словам, «выявили бы характер недоразумения».
Р. Шервуд нашел в «Документах Белого дома» Гарри Гопкинса некоторые любопытные заметки, относящиеся к этому эпизоду. Будучи больным, Черчилль послал 27 февраля Гопкинсу две большие телеграммы, одна из которых содержала полные записи всех англо-американских соглашений, начиная с первых обменов мнениями в 1940 г. Премьер-министр выражал уверенность, что эти записи подтверждают его право требовать восстановления принципа совместной работы обеих стран. Он заявлял, что «крайне нужные решения относительно британской программы как здесь, так и в Канаде зависят от того, насколько будет восстановлено полное сотрудничество между ними, и я вынужден просить Вас сообщить мне самым срочным образом твердое решение относительно американской политики в данном вопросе». Ответы из Соединенных Штатов были неудовлетворительными. Переговоры продолжались много месяцев, и однажды англичане даже предложили, не взирая на восстановление полного обмена информацией, разорвать ядерный альянс и продолжать исследования и разработки независимо,— угроза, которая вряд ли могла особенно обеспокоить американцев.
Такое положение не следовало приписывать целиком американскому маккиавелизму. Во многом оно было обязано своим происхождением армейскому представлению о безопасности, которое выразилось в огромном давлении системы «изолирования»— теории о том, что одна научная группа должна знать как можно меньше относительно исследований другой. Было это также связано со старомодным представлением американцев о национальных интересах.
Кроме того, у американцев могло существовать некоторое подозрение, что англичане, предоставив американцам расходовать их энергию и ресурсы в колоссальных индустриальных усилиях, необходимых для изготовления бомбы, могли в то же время обратить слишком много собственных усилий на решение проблем не бомбы, а ядерного реактора, с помощью которого можно было получать плутоний, а также обеспечить послевоенный мир почти неограниченной энергией. Сами американцы, конечно, делали то же самое, уже в декабре 1942 г. осуществив первую в мире самоподдерживающуюся цепную реакцию. Согласно результатам исследований, значение реактора заключалось не только в том, что в нем можно было получить делящийся плутоний, но в том, что знания, приобретенные в ходе исследовательских работ с медленными нейтронами, помогли выяснить широкую картину ядерной физики в целом. Однако практические выгоды, которых можно было ожидать от реактора, т. е. от работ с медленными нейтронами, могли быть получены лишь после победоносного окончания войны. В сентябре 1942 г. кембриджская группа под руководством Халбана, работавшая исключительно в области медленных нейтронов, после соответствующего соглашения с канадским правительством была переведена в Монреаль.
Этот англо-канадский проект возник в результате предложений, исходивших от «Тьюб Эллойс» еще в 1942 г. Чувствовалось, что кембриджскому коллективу следовало работать поближе к своим американским коллегам в Чикаго, и сначала выдвигалось предложение о присоединении этого коллектива к ним. Американцы не согласились. Тогда М. Перрен посетил канадского премьер-министра Маккензи Кинга, канадского министра снабжения С. Хови и С. Маккензи, физика, который некогда работал с Резерфордом и в 1939 г. провел первые в Канаде работы по ядерному делению. Вскоре канадцы и англичане пришли к соглашению на следующей основе: «Научный персонал выделяется поровну Соединенным королевством и Канадой. Научный директор должен избираться обеими сторонами. Проект будет находиться под административным контролем национального исследовательского совета. Канада должна принять на себя все расходы, за исключением жалованья британскому персоналу». Результатом было то, что канадцы начали разрабатывать свои богатые залежи урановых руд и в то же время вместе с британцами заложили основы канадской послевоенной индустрии по производству атомной энергии.