23 декабря 2005 г. подписан Договор между администрацией Амурской области и Министерством обороны Российской Федерации «О порядке и условиях эпизодического использования районов падения отделяющихся частей ракет космического назначения «Старт-1» на территории Амурской области».
24 декабря 2005 г. первый заместитель Министра обороны Российской Федерации уведомил администрацию Амурской области о принятом решении по расформированию космодрома «Свободный» в 2007 г. в связи отсутствием экономической выгоды от функционирования космодрома и тем, что решаемые министерством задачи могут быть выполнены с использованием других космодромов.
2006 год
6 марта 2006 г. заинтересованными исполнительными органами государственной власти и местного самоуправления Амурской области был согласован и утвержден начальником космодрома «Свободный» план обеспечения безопасности в районах падения отделяющихся частей РКН Старт – 1, разработанный в соответствии с договором между администрацией Амурской области и Министерством обороны Российской Федерации «О порядке и условиях эпизодического использования районов падения отделяющихся частей ракеты космического назначения «Старт-1» на территории Амурской области» от 23 декабря 2005 г.
5 апреля 2006 г. начальник космодрома «Свободный» С. Д. Суслов направил губернатору Амурской области Л. В. Короткову уведомление о планируемом на 25 апреля 2006 года в 20:47 московского времени пуске ракеты-носителя «Старт-1».
26 апреля 2006 г. с космодрома «Свободный» ракетой-носителем легкого класса «Старт-1» на околоземную орбиту выведен израильский космический аппарат «EROS- 1B».
14 июня 2006 г. губернатор Амурской области Л. В. Коротков направил заместителю Председателя Правительства Российской Федерации – Министру обороны РФ просьбу о пересмотре решения о ликвидации космодрома в пользу сохранения космодрома «Свободный» с учетом намерений всех заинтересованных в положительном решении сторон.
20 июня 2006 г. полномочный представитель Президента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе К. Ш. Исхаков обратился к Президенту Российской Федерации В. В. Путину с письмом о преимуществах космодрома «Свободный» и была высказана просьба дать поручение, обеспечивающее сохранение и развитие космодрома «Свободный».
10 июля 2006 г. Указом Президента Российской Федерации «Об утверждении границ закрытого административно-территориального образования – поселка Углегорск Амурской области» утверждены границы ЗАТО.
22 июля 2006 г. заместитель Председателя Правительства Российской Федерации – Министр обороны Российской Федерации направил губернатору Амурской области информацию о перспективах космодрома «Свободный», где указывалось что затраты на его содержание не соответствуют эффективности решаемых задач. При этом в плане строительства Вооруженных сил Российской Федерации на 2006–2010 гг., было предусмотрено расформирование космодрома «Свободный» в 2007 г.
22 августа 2006 г. в адрес руководства космодрома «Свободный» поступил план работы межведомственной группы на космодроме с 23 по 25 августа 2006 г., утвержденный руководителем межведомственной группы, заместителем секретаря Совета Безопасности РФ. Межведомственная группа образованна для определения возможностей развития российских космодромов в соответствии с поручением заместителя Председателя Правительства Российской Федерации А. Д. Жукова от 10 августа 2006 № АЖ-П16-3821 о рассмотрении письма Экспертного управления Президента Российской Федерации от 24 июля 2006 № А67-2423 по восстановлению и развитию наземной космической инфраструктуры космодрома «Свободный».
В соответствии с планом намечался осмотр объектов РКК «Старт-1.2» и СК КРК «Стрела» (площадка 78). В штабе космодрома намечено заслушивание командования космодрома, представителей администрации Амурской области, ФГУП «НПО машиностроения», ФГУП «НПО МИТ», главы администрации ЗАТО Углегорск, представителей МВД, ФСБ и прокуратуры.
25 августа 2006 г. в штабе космодрома «Свободный» состоялось заслушивание докладов участников межведомственной группы. Заслушано сообщение представителя администрации Амурской области – заместителя губернатора Амурской области, начальника департамента экономического развития и внешних связей области А. В. Гордеева с предложениями администрации Амурской области по дальнейшему развитию космодрома с учетом мнения, изложенного в письме Экспертного управления Президента Российской Федерации от 24 июля 2006 г. № А67-2423. Заслушан доклад главы муниципального образования ЗАТО Углегорск Амурской области В. И. Токарева о сохранении космодрома имеющихся специалистов и инфраструктуры. Представителем Министерства обороны Российской Федерации отмечено, что выбор места для космодрома «Свободный» сделан на основании всестороннего анализа по результатам деятельности рекогносцировочной комиссии в 1993 г. По ряду показателей возможности 2-го космодрома дополняют возможности космодромов Байконура и Плесецка, а по ряду показателей существенно превосходят их возможности. Отмечалось, что спрос имеющегося комплекса «Старт 1.2» ориентирован только на зарубежные коммерческие пуски. Потенциал востребованности сохраняется и по КРК «Стрела». Только размещение на космодроме «Свободный» перспективных комплексов может быть экономически оправданным и, в этом случае, Министерство обороны Российской Федерации готово участвовать в развитии космодрома «Свободный». Но на развертывание тяжелых ракет-носителей типа «Ангара» на космодроме «Свободном» выделение средств до 2015 года не предусмотрено. Соответственно, перспективы развития космодрома Министерством обороны Российской Федерации не рассматривались. Учитывая отсутствие у Министерства обороны Российской Федерации средств в плане строительства вооруженных сил Российской Федерации на 2006–2010 гг., предусмотрено расформирование космодрома в срок до 2008 г. с обязательным выполнением обязательств по РКК «Старт-1.2» и временным сохранением измерительного комплекса.