Второе заседание комиссии проводилось 28 июня 2007 г. на базе администрации ЗАТО Углегорск. От представительства Президента Российской Федерации в ДФО в заседании участвовал помощник полномочного представителя Президента Российской Федерации в ДФО Ю. В. Крупнов. На заседании комиссии представители Роскосмоса доложили, что по результатам своей работы будут докладывать руководству Федерального космического агентства о единственно возможном для размещения космодрома месте – побережье Хабаровского края. При этом членами комиссии было отмечено, что не все факторы, требуемые для принятия данного решения, были учтены.
Заместитель полномочного представителя Президента Российской Федерации в ДФО В. В. Марценко сделал заключение о некорректном подходе комиссии к выбору места для космодрома и необходимости дополнительной проработки вопроса с учетом всей информации, требуемой для решения стоящей перед комиссией задачи.
По результатам командировки в Хабаровск представителем администрации Амурской области А. С. Сусловым был подготовлен краткий сравнительный анализ двух районов планируемого размещения космодрома, включая амурский вариант (ЗАТО Углегорск).
29 июня 2007 г. начальник управления средств выведения, наземной космической инфраструктуры и кооперационных связей Федерального космического агентства по результатам второго заседания комиссии по оценке районов планируемого размещения космодрома на Дальнем Востоке, проведённого 28 июня 2007 г. в ЗАТО Углегорск, предоставил в представительство Президента Российской Федерации в ДФО специальные требования к выбору места расположения космодрома научного и социально-экономического назначения. Представленные материалы дали основание к утверждению о соответствии имеющейся территории космодрома «Свободный» обозначенным требованиям.
29 июня 2007 г. администрацией Амурской области подготовлен уточненный сравнительный анализ потенциальных мест запуска космических аппаратов в Дальневосточном федеральном округе с выводами о преимуществе расположения космодрома на территории Амурской области. Для варианта расположения космодрома в Амурской области подготовлена расширенная информация по критериям оценки района размещения космодрома. Материалы сравнительного анализа и информация по району размещения Свободного направлены заинтересованным лицам (в значительной степени через помощника Полномочного представителя Президента Российской Федерации в ДФО Ю. В. Крупнова).
20 июля 2007 г. руководитель Федерального космического агентства А. Н. Перминов подписал план работы рекогносцировочной комиссии по выбору места возможного расположения на территории Российской Федерации нового космодрома научного и социально-экономического назначения. Намечаемое время работы комиссии – июль-сентябрь 2007 г.
24 июля 2007 г. Роскосмос подготовил справочные материалы для работы рекогносцировочной комиссии. В соответствии с предварительной оценкой и выбору возможных районов строительства космодрома (оценка осуществлялась между возможными территориями расположения космодрома: Капустин Яр, Березняки, Тара, Усть-Кут, Свободный и Советская Гавань) комиссией сделан вывод о приоритете расположения космодрома в районе Советской Гавани. Однако признавалось, что, принимая во внимание предварительный характер полученных оценок для районов Свободного и Советской Гавани, оба этих района могут рассматриваться в дальнейшем для окончательного выбора места расположения космодрома.
30 июля 2007 г. представителем администрации Амурской области А. С. Сусловым и представителями ЗАТО Углегорск В. И. Токаревым и Е. Д. Степаненко в рамках работы рекогносцировочной комиссии подготовлен доклад от администрации Амурской области о преимуществах размещения космодрома в районе ЗАТО Углегорск, Шимановского и Свободненского районов. Доклад содержал возможную ситуационную схему космодрома. Главой администрации ЗАТО Углегорск В. И. Токаревым впервые предложено местоположение ПУ СК МРКС, которое в дальнейшем подтверждено рядом рекогносцировочных комиссий (в настоящее время здесь расположен действующий стартовый комплекс КРК «Союз-2» космодрома «Восточный»). В презентации к докладу был показан максимальный уровень реки Зея в районе космодрома, при условии наибольшего сброса воды Зейского водохранилища, наглядно показывающий, что угроз объектам наземной космической инфраструктуры в период наводнений нет. В докладе сделан акцент на сейсмическом преимуществе района ЗАТО Углегорск Амурской области перед Ванинским и Советско-Гаванским районами Хабаровского края, близких к тихоокеанскому сейсмическому поясу.