30 мая 1996 г. Постановлением № 299, подписанным исполняющим обязанности главы администрации Амурской области А. В. Суратом, создана комиссия по выбору земельного участка для строительства космодрома и эпизодического использования районов падения отделяющихся частей ракет. Члены комиссии указывали на то, что для предоставления земельного участка под стартовый комплекс космодрома необходимо провести государственную экологическую экспертизу и ее результаты представить на рассмотрение комиссии.
Отсутствие экологической экспертизы препятствовало подготовке материалов о предоставлении земельного участка под стартовый комплекс. Государственный комитет Амурской области по земельным ресурсам и землеустройству так же отмечал, что за воинской частью 2-го государственного испытательного космодрома числилось 291 га нарушенных земель, которые, в соответствии с действующим законодательством РФ, необходимо рекультивировать и возвратить прежнему землепользователю. Окончательно земельный вопрос был решён только в начале 2000-х годов.
20 августа 1996 г. директором ЦНИИмаш В. Ф. Уткиным было утверждено заключение о воздействии на окружающую природную среду ракетно-космического комплекса «Старт-1» в применении к космодрому «Свободный». Указывалось, что «…риск отрицательного воздействия на здоровье населения, связанного с пуском ракеты, не выходит за пределы принятых в ряде стран допустимых значений (10-6) и на два порядка ниже, чем при эксплуатации автомобиля. Использование ракетно-космического комплекса «Старт-1» на космодроме представляется допустимым». Заключение готовилось с учетом результатов исследований, проведенных Институтом биофизики, Институтом прикладной геофизики, Санкт-Петербургским филиалом ВНИИ противопожарной обороны и АО «ТрансРЭС».
В 1996 году представителями администрации Амурской области и Министерства обороны Российской Федерации был подготовлен проект договора «О порядке и условиях эпизодического использования земельных участков для падения отделяющихся частей ракет-носителей «Старт-1.2» на территории Амурской области».
1997 год
4 марта 1997 г. в 05:00 декретного московского времени (ДМВ) с космодрома «Свободный» был осуществлен первый пуск РН «Старт 1.2» с российским космическим аппаратом связи «Зея». Первоначально планировался запуск американского аппарата для дистанционного зондирования Земли «Эрсуотч» по линии российско-американского сотрудничества, но в установленное время он не был готов к запуску.
Параллельно ВКС РФ осуществляли деятельность, направленную на разработку федеральной целевой программы развития космодрома «Свободный» (курировал работу начальник оперативного управления штаба). В феврале администрацией Амурской области в адрес ВКС РФ направлена копия ранее подготовленных для ФЦП предложений.
На данном этапе с предлагаемым Министерством обороны РФ подходом к финансированию работ по созданию космодрома (через разработку ФЦП) не согласились Минэкономики и Минфин России, поэтому предложения в федеральную программу эти ведомства не внесли.
Учитывая сложившуюся ситуацию, ВКС РФ подготовили проект распоряжения Президента РФ, в котором предлагался алгоритм финансирования работ по созданию космодрома. В проекте Министерства обороны РФ администрации Амурской области, совместно с МИД России и Миноборонпромом России, предлагалось разработать и во 2-м квартале 1997 г. представить на утверждение в Правительство Российской Федерации проект ФЦП развития космодрома «Свободный».
В проекте предусматривалось развитие не только космодрома «Свободный» (с ориентиром на применение РН «Рокот», «Старт», «Стрела» и «Ангара»), но и населённого пункта Углегорск. В качестве одной из задач определялась необходимость привлечения к работам по развитию инфраструктуры космодрома местных предприятий промышленности, транспорта, строительства и сферы социального обслуживания.