По почину Василия Голицына был создан совет для подготовки преобразования русского войска. Результатом деятельности этого совета был указ от 12 января 1682 г. Указ отменял местничество, при котором замещение государственных и военных должностей зависело от «породы», т. е. от знатного происхождения, а не от деловых качеств.
Иностранец Невилль сообщает, что в беседе с ним Голицын делился своим замыслом преобразования русского войска. С этой целью Голицын, по словам Невилля, считал необходимым изменить положение государственных крестьян, предоставив им землю и обложив их особым государственным налогом. Немало других «прожектов» роилось в голове у «великого Голицына», как называл его Невилль. Эти замыслы рождались в тиши покоев, стены которых, вопреки старорусским боярским обычаям, были уставлены книжными полками, увешаны географическими картами, часами и термометрами.
Этот человек мог бы найти свое место среди сподвижников Петра, не свяжи он свою судьбу с политической карьерой властолюбивой правительницы. Софья же чересчур дорожила властью, чтобы сочувствовать преобразовательным замыслам Голицына, осуществление которых восстановило бы против нее боярство, ревниво соблюдавшее «древнее благочестие» и родную старину.
Что касается внешней политики правительства Софьи, то она не была успешной. Правда, заключение «вечного мира» с Польшей в 1686 г., по условиям которого за Россией был закреплен Киев, удовлетворило дворянство. Но последовавшая затем борьба с Крымским ханством, также предусмотренная условиями «вечного мира» с Польшей, окончилась неудачей.
В порядке осуществления договора с Польшей весной 1687 г. почти стотысячное русское войско под командованием Василия Васильевича Голицына двинулось на юг, в степи «Дикого поля», на далекий Крым. На Украине к войску Голицына присоединилось несколько десятков тысяч казаков украинского гетмана Самойловича. В июне начались степные пожары. По сожженной, дымившейся степи армия идти не могла. Не дойдя 100 верст до Крыма, Голицын с огромными потерями повернул назад, свалив всю вину на Самойловича, вместо которого и был избран другой гетман — Иван Степанович Мазепа.
Для Софьи поражение Голицына было большим ударом: она знала непопулярность своего «галанта» среди родовитого московского боярства.
Для того чтобы восстановить престиж Голицына и укрепить собственное положение, Софья вынуждена была дать распоряжение о подготовке к новому походу против Турции.
Настал 1689 год. В феврале этого рокового для Софьи года огромное войско, насчитывавшее более 150 тыс. человек, выступило в дальний поход. Прошли южные степи, оставив там половину воинов, усеяв пыльные «шляхи» костями людей и павших коней.
20 мая показался Перекоп. Укрепления Перекопа оказались неприступными. Голицын не решился их штурмовать и, видя безрезультатность своих усилий, приказал отступать. Русское войско начало откатываться назад, теряя сотни и тысячи ранеными, больными и отставшими, страдая от голода и жажды, болезней и налетов татарских чамбулов.
Вернувшись в Москву из второго похода, Голицын понял, что его карьере нанесен сокрушительный удар. Поняла шаткость своего положения и Софья. Правительница увидела себя одинокой: за ее спиной стояла лишь часть боярской родовитой знати, но и эта часть была бездеятельна. Дворянство, избавившее Софью от буйных и своевольных стрельцов, получив на первых порах и «честь», и «жалованье», было затем забыто ею и глухо роптало. Переговоры с иезуитами и гугенотами, «латинские прелести» и дружба с иноземцами восстановили против Софьи и Голицына русскую церковь во главе с патриархом Иоакимом.
Росло недовольство и в народе. То тут, то там вспыхивали восстания. На Дону поднялись «воровские» казаки Матвея Скалозуба. В ответ на преследования правительством раскольников ревнители «старой веры» уходили на север, в дальние заволжские и северные скиты. Увеличивалось число «гарей». Раскольники поднимали и восстания (как, например, на Донце, где выступил старец Иосиф, поддержанный казачеством). В Конотопе Афанасий Беляев рассказывал о готовящемся в Путивле восстании.
Государственная власть была не в силах справиться с преступлениями и разбоем. Разбойничали даже такие знатные люди, как князь Лобанов-Ростовский, Петр Кикин, Иван Микулин.
Правительница Софья чувствовала, как почва под ее ногами колеблется. И в трудную минуту взоры ее снова обратились к стрельцам. Мечтавшая о царском престоле, заказавшая свой портрет в царском одеянии, Софья еще в 1687 г. поручила своему второму «галанту», Федору Шакловитому, выяснить, как отнесутся стрельцы к венчанию ее на царство. Стрельцы весьма сдержанно и холодно отвечали представителям правительницы. В их памяти были еще свежи воспоминания о сентябрьских днях 1682 г. и о казни Хованских.