Запис у щоденнику Володимира Дурдуківського від 31 грудня 1928 року
Володимира Дурдуківського заарештували за «антирадянську діяльність» у справі «Спілки визволення України» 4 липня 1929 року. Він дуже важко переносив ув’язнення, допити; через хворобу перебував під постійним наглядом лікаря. Показовий судовий процес проходив у Харківському оперному театрі з 9 березня до 19 квітня 1930 року.
Як свідчили очевидці, до Києва Дурдуківський повернувся немічною, хворою людиною, яка, не відчуваючи за собою ніякої провини, сподівалась на розуміння й підтримку колег, вихованців, педагогів. Але його зустріла серія публікацій у провідних українських журналах, де він особисто і керована ним школа піддавалися брутальній, нищівній критиці, звинуваченням у «буржуазному націоналізмі», «українському фашизмі».
У періодичній пресі почалося цькування Дурдуківського. У журналі «Шлях освіти» було опубліковано статтю С. Чавдарова «Шкідництво на педагогічному фронті», спрямовану проти Дурдуківського та його колег: «Це все оголив пролетарський суд, виявив він ідеолога бандитизму Єфремова, хамелеона Гермайзе, верткого спекулянта на педагогіці Іваницю... Він (Дурдуківський) не тільки агітує за ніби аполітичний ідеал гармонійного виховання, він діє цілком політично, як свідомий класовий ворог. Як же інакше розцінювати його рецепт гармонійним вихованням вилікувати і оздоровити народне та державне життя. Народне для Дурдуківського — то не державне й державне — не народне. Це ж неприхована антирадянська агітація зарозумілого контрреволюціонера».
Збірник Володимира Дурдуківського «З практики трудової школи» та ідеї, висвітлені в ньому, розцінювалися як теоретичні засади «педагогіки українського фашизму». Цей збірник вийшов у 1923 р. і нічого «контрреволюційного» чи «фашистського», звісно, не містив. Але прискіпливий погляд рецензента майже за 10 років після публікації угледів крамолу в декларованому Дурдуківським індивідуальному підході до виховання та його бажанні забезпечити гармонійний розвиток дитини.
Наприкінці грудня 1937 pоку Дурдуківського знову заарештували. 31 грудня 1937 року особливою нарадою УНКВС Київської області його було засуджено до розстрілу.
У 1964 році слідчу справу № 408370 було переглянуто. Постанову Особливої трійки від 31 грудня 1937 року відносно Володимира Дурдуківського було відмінено, а справу закрито «за відсутністю складу злочину». Ухвалою Верховного Суду України від 11 серпня 1989 року було закрито всю справу «Спілки визволення України» через відсутність складу злочину з повною реабілітацією всіх осіб.
Санівський Олександр. В. Ф. Дурдуківський — видатний український педагог 20-х років ХХ століття // Психолого-педагогічні проблеми сільської школи: зб. наук. пр. Уманського держ. пед. ун-ту ім. П. Тичини. — Умань, 2012. — Вип. 42, ч. 2. Режим доступу: https://goo.gl/IV0VQw
Дурдуківський Володимир Федорович // Українська педагогіка в персоналіях: У 2 кн. — Кн.2: Навч.посібник / За ред. О. В. Сухомлинської. — К.: Либідь, 2005. Режим доступу: https://goo.gl/MAhy7T
Даниленко Віктор. Один з 45-ти. В. Дурдуківський // З архівів ВУЧК—ГПУ—НКВД— КГБ. — 1998. — № 1/2 (6/7). Режим доступу: https://goo.gl/9aeXnR
Куліш Аліна. Школа — моє життя (до 140-річчя від дня народження Володимира Федоровича Дурдуківського): [Електронна колекція тврів на веб-сайті Педагогічного музею України Національної академії педагогічних наук України]. Режим доступу: https://goo.gl/J7GDcM
Три роки колонії молодий активіст отримав за, як зазначалось у вироку, «распространение заведомо ложных измышлений, порочащих советский государственный и общественный строй». У справі також проходили генерал Петро Григоренко та поет Ілля Габай. Григоренка було відправлено на примусове психіатричне лікування, проти нього було застосовано каральну психіатрію.
Габай і Джемілєв вимагали від суду перевірки фактів та документів справи, від чого суд ухилився. Стенограму процесу було оприлюднено у самвидаві, а промова Мустафи Джемілєва стала одним з найяскравіших документів в історії правозахисного руху в СРСР: «Каким бы я ни подвергался репрессиям и преследованиям, я твердо могу сказать, что никто, никогда и ни при каких обстоятельствах не сможет меня заставить отказаться от исполнения обязанностей, налагаемых честью, национальным достоинством и гражданским долгом».