Таким образом, уже в 1896 году Рубакин отмечает существование новой интеллигенции из народа, указывает на новые настроения среди крестьян и фабричных рабочих, отмечает появление нового читателя.
И вот, увидев и поняв этого нового читателя, Рубакин и построил свою литературную и издательскую деятельность так, чтобы, несмотря на все препоны цензуры и издателей, ответить на его запросы. Он в это время работал в издательствах И. Д. Сытина и О. Н. Поповой.
Работая в издательствах, Рубакин редактировал книги по всем областям знания, и в то же время для выполнения своей программы он писал свои собственные книги по всем наукам, он действительно был настоящим энциклопедистом. Он писал книжки по математике, физике, астрономии, геологии, физической географии, биологии, психологии, по социальным наукам, экономическим, политическим, юридическим, по истории, истории культуры, статистике, социологии, религии и истории религии, философии, этике. Все эти книги носили четкий и определенный характер: они были написаны особым, «рубакинским», языком, который был понятен и ясен даже самому начинающему читателю. Все они были проникнуты и насыщены «тайной революционностью». Рубакин всегда особо подчеркивал этот их характер. Ясно, что в ту эпоху невозможно было открыто печатать революционные книги — цензура не только не пропустила бы их, но не пропустила и в их тексте всего того, что считала подрывающим устои самодержавия и социального строя. Но Рубакин ухитрялся даже через такую цензуру проводить революционные мысли и, как он говорил, «революционизировать» читателей. Достигал он этого следующим образом. Взяв какую-нибудь область знания, он не просто знакомил с ней, рассказывая о развитии ее в России, он писал о развитии ее в других странах, выбирая при этом самые демократические или же самые реакционные. Так, в книжках о религии он разбирал и резко критиковал религиозные отношения в католических или в мусульманских странах, показывал ее мракобесное влияние на человека, говорил о ней как о помехе развитию знания, но ни словом не упоминал о влиянии религии на общество в России. Описывая и восхваляя свободы в демократических странах или же борьбу за них в этих странах, он ни слова не писал о том, что делается в этой области в России. Но любой читатель не мог не сравнивать то, что делалось в смысле политических свобод в демократических странах Европы или Америки, с тем, что происходило в России. Критикой религии и церкви в зарубежных странах он подрывал, ничего даже не упоминая о них, и религию в царской России. Недаром наиболее хитроумные из российских реакционеров и жандармов быстро это заметили и пытались разоблачать Рубакина. А его книги тем временем широко читались огромными массами русских трудящихся.
В середине 90-х годов Рубакин был выслан царским правительством в Рязань.
В Рязани, которая тогда была захолустным губернским городом, запомнился мне день коронации царя Николая II. В тот день всем жителям велено было поставить горящие плошки на всех тумбах около домов. И вот вечером действительно на каждой тумбе появилась глиняная плошка, наполненная деревянным маслом, в котором плавал фитиль. Темные, никогда не освещаемые улицы города, в особенности на окраине, засияли сотнями тусклых огоньков в плошках. Старушки потихоньку крали масло из плошек на лампадки. У отца тогда много смеялись над этой «иллюминацией», и я не понимал почему, так как мне она казалась удивительно красивой, и вечером я долго не хотел идти спать, глядя в окно на мигавшие в темноте огоньки.
В это же время там находился в ссылке известный профессор истории, впоследствии, после февральской революции, ставший министром иностранных дел Временного правительства, П. Н. Милюков. Отец мой чуть не с раннего детства чувствовал необычайное и, я бы сказал, неумеренное уважение ко всем людям науки, в особенности имеющим научные звания, за всю свою жизнь он не мог отрешиться от этой слабости, которая сильно мешала ему в его оценке людей науки. Профессорское звание Милюкова имело для него большое значение в то время, и в ссылке он подружился с ним. Понадобилась революция, чтобы наконец оторвать симпатии моего отца от Милюкова, — они оборвались, когда отец прочитал в газетах заявление Милюкова о том, что революционеров надо расстреливать. Впрочем, может быть, он об этом узнал и не из газет.
Для отца эта эпоха была эпохой его энергичного творчества. Здесь, в Рязани, он составил свою книгу «Опыт исследования программы для народного чтения». Здесь же, кажется, была им написана книга очерков публицистически-беллетристического характера «Искорки», вышедшая в 1901 году.