Через Брешковскую Рубакин познакомился с рядом видных в то время эсеров, он давал им довольно крупные суммы на революционную борьбу из своих литературных заработков, которые тогда достигли своего максимума.
В апреле 1902 года студент Балмашов, член боевой организации партии социалистов-революционеров, выстрелом из револьвера убил министра внутренних дел Сипягина. В организации этого покушения принимала участие Брешковская, о подготовке его знал Рубакин и даже дал на это средства.
Кроме оказания материальной помощи эсерам, Рубакин написал для них ряд революционных брошюр и книжек, которые печатались и широко распространялись: «Правда о бедствиях простого народа», «Долой полицию», «Несправедливое устройство русского государства», «Помогайте вольной русской печати», «Царская милость», «Хватит ли на всех земли».
Но в то же время Рубакин писал и для социал-демократов. Написанная им под псевдонимом «Сергей Некрасов» брошюра «Ничего с нами не поделаешь», в которой рассказывалось о стачке на фабрике и рабочие призывались к политической борьбе за свои права и интересы, позже была переиздана и эсерами. Ее широко распространяли социал-демократы, как об этом вспоминает и Елена Дмитриевна Стасова. Эсеры «дополнили» книжку своими домыслами, которые автору ее не понравились, но ему не хотелось с ними спорить, и он их оставил.
Еще большее распространение получила брошюра отца «Хватит ли на всех земли, если ее правильно разверстать». Всего Рубакин написал 26 нелегальных брошюр революционного содержания.
Вряд ли Рубакин был тогда да и после убежденным эсером, как это уже видно и по тому, кому и как он давал для печатания свои книжки. Немало их он передал Л. Б. Красину, активно работавшему в РСДРП, который время от времени приезжал в Крым, увозил с собой рукописи и печатал их в тайной социал-демократической типографии на Кавказе.
Одновременно Рубакин был связан и с либеральными кругами русской интеллигенции. В Петербурге в 1900 году Рубакин организовал какой-то неопределенного характера «Комитет для борьбы с царизмом».
Профессиональным революционером и революционным деятелем Рубакин, по существу, никогда не был и не мог бы стать. В нем на грани двух столетий перемешались традиции народников с новым подходом к оценке и методам революционной борьбы. Больше всего его влекла к себе литературная работа, главным образом для просвещения народа. В этой области он был настоящим и глубоким революционером, чутко следящим за всем новым в науке и излагающим все научные понятия с точки зрения революционера, тесно связывая их с общественным строем и с интересами трудящихся. В этом была коренная разница между научной популяризацией в книжках моего отца и в книжках других популяризаторов вроде В. Лункевича.
Рубакин всегда глубоко верил в народ, в его творческие способности. Еще в конце 80-х годов, в эпоху самой темной реакции, начиная писать свои научно-популярные книжки и изучая потребности читателя из народа, он писал: «Нет и не было в истории таких времен, когда бы гибло массовое понимание, отзывчивость и альтруистические стремления народа, когда народная масса не выдвигала бы из своей среды не только идейных мыслителей, но и идейных работников, желающих положить душу свою за други своя…»
В другом месте он писал: «Деревенские лучшие люди мыслили всегда, а теперь они мыслят все более и более критически. Критическая мысль начинает сопровождаться упорным действием. И в деревне, как на фабрике, в трудную минуту экономические и всякие другие неурядицы выдвигают именно таких людей, а грамотность и книга дают им такое оружие, какого они никогда не имели».
Рубакина всегда считали народником, а его участие в партии социалистов-революционеров как будто еще больше подтверждает его народнические тенденции. На деле, как мы уже указывали, вся его деятельность была связана прежде всего с рабочим классом, писал он почти исключительно о рабочем классе, выведя первые типы революционных рабочих. Даже его библиографическая работа проводилась при тесном участии виднейших социал-демократов, а не народников — Плеханова, Луначарского и самого Владимира Ильича Ленина.
Было каким-то недоразумением, что он многие годы был связан с социалистами-революционерами, с которыми, по существу, у него было очень мало общего: просто он не мог еще понять их мелкобуржуазной сущности, проводимый же ими политический террор считал главным выражением революционной борьбы. А между тем вся жизнь Рубакина свидетельствует о его близости к рабочему классу, к его интересам. В своих рассказах, таких, как «Искорки», «Взыскующие града», он совершенно отчетливо рисует новые типы рабочих, зарождение революционного сознания в русских рабочих.