Рубакин особенно верил в рабочий класс и в его роль в истории человечества.
В автобиографических заметках Рубакин пишет: «В своей революционной, общественной, научно-литературной и просветительной деятельности я считал и считаю главным фактором основного преобразования существующего строя сознательный пролетариат, рабочий класс, выдвигающий свою собственную интеллигенцию».
Он мечтал о новой интеллигенции, которая выйдет из этого класса. Очень характерны в этом отношении его письма к писателю А. А. Демидову, выходцу из крестьян, находившемуся в тесной переписке с Рубакиным. В своем письме к Демидову от 24 апреля 1924 года Рубакин писал: «Трудящийся класс выдвигает из своих недр своих собственных писателей, проникнутых его идеалами и умеющих писать смело, бодро, проникновенно, красиво и жизненно правдиво…»
«Даже в 1886 г., когда я начал писать свои книжки намеренно только для крестьян и рабочих, никто из нас, писателей, еще и не надеялся, что сам трудящийся класс так быстро, так красиво и мощно выдвинет из своих недр свою собственную интеллигенцию и станет создавать свою собственную литературу… А ныне это уже совершившийся факт».
В конце 90-х годов Рубакина особенно привлекали читатели из народа — самоучки, которыми всегда была так богата русская земля.
В июне 1902 года Рубакин получил разрешение уехать из Крыма и поехать к брату Михаилу в Новгород. Там же жила тогда и его мать Лидия Терентьевна. В Новгороде Рубакин продолжал свою работу и, по его словам, даже ухитрился устроить нелегальную библиотеку. Тогда же в Новгороде произошел и окончательный разрыв моего отца с моей матерью. Она приезжала в Новгород, чтобы договориться о форме развода.
Весной 1903 года Николай Александрович Рубакин и Людмила Александровна поехали вместе за границу. Сперва они прожили месяц в местечке Морнэ около Женевы, находившемся на территории Франции.
В Женеве Рубакин познакомился с видными деятелями партии эсеров. Кроме того, он возобновил старое знакомство с известным толстовцем Павлом Ивановичем Бирюковым, жившим в Онэ близ Женевы.
Из Женевы отец поехал в другой конец Женевского озера и поселился в городке Кларане. Здесь он познакомился впервые лично с Георгием Валентиновичем Плехановым.
В Кларане Рубакин работал над предисловием к своему главному труду «Среди книг».
Осенью 1903 года Рубакин переехал на время в Германию, в Штутгарт, где написал целый ряд научно-популярных книжек, а также книжек нелегальных. Но вскоре он заболел и, проболев около двух месяцев, вернулся в Петербург.
Болел мой отец очень часто. В молодости у него был нефрит, от которого он лечился всю жизнь, даже когда нефрит давно прошел. Больше всего его угнетали бронхиты и приступы астмы, которые прекратились только уже в преклонном возрасте. Отец был крайне мнительным, и, как все мнительные люди, он верил одним врачам, а другим не верил, верил тем, кто ему нравился своими диагнозами. Но любопытно, что все эти болезни не помешали ему дожить почти до 85 лет.
1904 год имел большое значение в жизни Рубакина. В январе этого года в Петербурге состоялся всероссийский съезд деятелей по профессиональному и техническому образованию, созванный императорским техническим обществом. Под флагом этого общества устраивали свои съезды и другие общества. В то время такого рода съезды имели и политический характер, служили для высказывания политических мнений и пожеланий. В этом съезде участвовало много деятелей просвещения, писателей, педагогов со всей России. Рубакин сделал на нем блестящий доклад о «самоучках из народа».
Огромный зал, где происходил съезд, был переполнен. Рубакин прочел свой доклад с большим подъемом.
«Пора констатировать этот крайне важный факт нашей общественной жизни: у трудящихся классов быстро нарождается своя собственная боевая интеллигенция… В моей статье «Книжный поток» («Русская мысль») собраны цифры и факты, доказывающие с достаточной очевидностью, что впереди читающей толпы уже давно стоят именно фабрично-заводские рабочие, русский пролетариат и что подъем книгоиздательского дела в России совпадает с 1896 годом — тем самым годом, когда пролетариат впервые выступил «ан масс» на историческую сцену и когда тридцатитысячная петербургская забастовка открыла собою великое русское освободительное как политическое, так и социальное движение».