Правительство учредило военно-полевые суды, вешавшие и расстреливавшие всех захваченных с оружием через несколько часов после ареста. Каждый день газеты возвещали о казнях десятков революционеров по приговорам военно-полевых судов. Десятки тысяч революционеров, крестьян-аграрников (как тогда называли участников крестьянских волнений) заполняли тюрьмы, ссылались без суда в Сибирь и в другие «места отдаленные». Было ясно, что раньше или позже доберутся и до Рубакина, тем более что он был знаком с руководителем «боевой организации» эсеров Азефом, который, разумеется, знал все о его деятельности, а у Рубакина уже тогда были сильнейшие подозрения против этого знаменитейшего из провокаторов.
Близость Рубакина к партии эсеров не осталась тайной для полиции, как, вероятно, и его нелегальные произведения за подписью Сергея Некрасова. Ему надо было б уехать опять за границу, но сделать это сразу было трудно, он мог не получить заграничного паспорта. Поэтому отец решил сперва переехать в Финляндию, в Выборг.
В конце мая 1906 года Николай Александрович и Людмила Александровна уехали из Петербурга и поселились на даче в деревне Папуля в нескольких верстах от Выборга.
В те времена Финляндия, хотя и находилась под владычеством русского самодержавия, все же пользовалась некоторой свободой. Полицейский гнет чувствовался там гораздо меньше: не было там охранного отделения, тайная полиция и шпики бездействовали. Поэтому туда охотно переселялись интеллигенты, бывшие на плохом счету у охранки, жившие большей частью на нелегальном положении, то есть с фальшивыми паспортами. Паспорта для них доставали финны. На границе между Финляндией и Швецией надзор был сравнительно слаб, несравненно слабее, чем между Россией и другими странами (Австрия, Германия). Поэтому многие революционеры бежали за границу через Финляндию.
Уезжая из Петербурга и, видимо, уезжая надолго, Рубакин должен был позаботиться о библиотеке. Нечего было и думать о том, чтобы взять с собой эту громадную библиотеку, достигшую к тому времени 115 тысячи томов. Продавать ее ему претило — у Рубакина была одна характерная черта: он не любил покупать книги. Но и продавать книги он не терпел, у него была какая-то уверенность в том, что книга не должна быть предметом купли-продажи, а только предметом распространения и чтения. Поэтому-то он и решил передать бесплатно всю свою громадную библиотеку в Петербурге одной из самых мощных, хотя и недавно возникших просветительных организаций — Всероссийской лиге образования. Только небольшую часть наиболее нужных для своей работы книг он оставил себе, и они легли в основу созданной им уже за границей второй громадной библиотеки. Передавая библиотеку этой лиге, Рубакин сказал в своей речи:
«Мы присутствуем не только при политическом возрождении нашей родины. Перед нами стоит во всем его грозном величии вопрос социальный. Вокруг нас кипит борьба труда и трудящихся во имя перестройки всего общественного здания на новых, справедливых началах, т. е. во имя того принципа, что все блага, созданные природой или обществом, все богатства, сделанные коллективным трудом всех, по самому существу своему представляют общественное достояние, которое лишь при современном социальном строе превращается в частную собственность и, следовательно, для восстановления справедливости рано ли, поздно ли должно перейти в общественное владение.
В умы широких масс все больше и больше входит сознание, что весь народ есть и должен быть истинным собственником, распорядителем и потребителем всего культурного, материального и духовного богатства.
И вот, исходя из этих соображений и стоя перед лицом величайшего исторического периода и делая неизбежный логический вывод из основных посылок того миросозерцания, которое я имею честь разделять со студенческой скамьи, я, скромный работник в области народного просвещения, считаю делом своей чести и совести служить победе этого миросозерцания не только одним пером, а потому передаю мою частную собственность в нераздельное общественное владение Московской части Петербургского отдела Всероссийской лиги образования, а в ее лице петербургскому населению и прежде всего петербургскому пролетариату и трудовой интеллигенции».