Библиотека старалась во всем идти навстречу подписчикам. Учитывая большой спрос читателей на новые журналы, библиотека в 1893 году сделала такой опыт — удешевила плату за пользование новейшими журналами.
Опыт этот вполне удался, и с 1 января 1901 года была введена удешевленная плата за одни только газеты — одновременно выдавалось по пять газет в день, но на кратчайший срок и с обязательством вернуть их в этот срок. В 1900 году библиотека ввела доставку книг на дом четыре раза в неделю за плату 1 рубль 50 копеек в месяц.
Было проведено и много других мероприятий, облегчающих получение книг подписчиками. Все эти мероприятия стоили библиотеке денег и, разумеется, не окупались. Отец не был сторонником полной отмены залога, так как надо было охранять книжные сокровища «от порчи и расхищения» их подписчиками. «Библиотека может существовать, — писал Рубакин, — лишь при том условии, если книги, входящие в ее состав, не будут подвергаться порче и расхищению». Словом, и тут были извечные жалобы всех библиотек на отношение к книгам со стороны подписчиков.
С 1892 года, когда Рубакин взял библиотеку в свои руки, начинается быстрый ее рост. К 1900 году — к моменту своего двадцатипятилетия — библиотека насчитывала уже 57 тысяч томов (40 тысяч названий). В фонды ее стали вливаться отчасти благодаря покупкам, отчасти в результате пожертвований и даров другие библиотеки частных лиц. В нее поступили библиотеки (целиком) известных тогда педагогов А. Н. Бетхера, И. Ф. Рашевского, А. Кирпотенко, профессора Н. И. Незеленова.
Библиотека приобрела полностью издания Ф. Ф. Павленкова, К. Т. Солдатенкова, Л. Ф. Пантелеева, О. Н. Поповой, товарищества «Знание», «Библиотеки для самообразования» И. Д. Сытина, товарищества «Просвещения», товарищества «Общественная польза» и других.
С 1892 по 1907 год книжный фонд библиотеки увеличился более чем в 15 раз — с семи тысяч книг до 115 тысяч. Фонд расширялся не только за счет покупки отдельных частных коллекций и библиотек — целый ряд крупных частных библиотек был куплен по очень низким ценам, покупки книг у издательств, но и за счет бесплатных поступлений. Рубакин умел добывать книги всеми способами — от авторов, от издательств, от знакомых, все шло в общий котел.
Книги шли к отцу как будто сами всю его жизнь. Они, как ручейки с гор, вливались в его библиотеку, быстро и непрерывно растущую. Позже, когда его спрашивали, почему ему все шлют свои книги — и учреждения, и издательства, и отдельные люди, и притом почти всегда бесплатно (у отца все равно никогда не было достаточно денег для покупки книг в массовом масштабе), он с удивлением отвечал: «А к кому же должны идти книги, как не ко мне?» Ему это казалось совершенно естественным.
В 1900 году в России было около тысячи частных библиотек, были и местные кружковые и общественные библиотеки. Рубакин завязал с ними связь для обмена книгами, для облегчения им приобретения новых книг по дешевой цене, посылал им свои авторские экземпляры, рассылал дублеты и т. п.
С 1894 по 1902 год было разослано таким образом свыше 10 тысяч книг. Создалась сеть междубиблиотечных взаимоотношений, то есть то, что приняло такое широкое распространение теперь в СССР.
Рубакин, по существу, и руководил работой этих библиотек.
Мы видим, таким образом, еще одну сторону колоссальной активности Рубакина. Кажется просто невероятным, как мог один человек писать сотни научно-популярных книг и статей, вести отделы в издательствах, переписываться с читателями и руководить десятками библиотек, не считая своей собственной. При этом все им делалось бескорыстно, большинство его начинаний, за исключением собственной писательской работы, было совершенно бесплатным, это можно было бы назвать капиталовложением ума и знаний в сокровищницу народного просвещения.
Получив библиотеку в свое распоряжение, Рубакин сразу же начал ее перестраивать. Его перестройка была характерной и новой для того времени. В противоположность другим частным библиотекам Рубакин решил сделать основной упор на научную литературу, а не на беллетристику, и прежде всего на литературу научно-популярную. Это было большим риском, но Рубакин решил продолжать дело в такой форме, даже если библиотека поначалу будет давать убыток.