В 1900 году, подводя итоги деятельности библиотеки в связи с ее 25-летием, Рубакин писал: «Отдел научный должен стоять в правильно организованной библиотеке на первом месте. На втором должен стоять отдел литературный, беллетристический. В этот отдел входят произведения лучших поэтов и мастеров прозы, успевших занять известное место в истории литературы прошлого и настоящего времени, а также произведения моралистов, публицистов и критиков. Состав этого отдела должен быть особенно обширен и богат, так как большинство читателей пользуется прежде всего беллетристикой. Выразители общественных течений, художники, критики и публицисты должны занимать в этом отделе такое же место, какое они занимали в истории общественных течений. При такой постановке отдел беллетристики является отражением истории человеческих стремлений».
Для распространения знаний Рубакину было мало библиотеки. Поддержав инициативу группы учительниц, он организовал при библиотеке в 1892 году «Подвижной музей учебных пособий». Учреждение оригинальное, оно было единственным в своем роде не только в России, но, вероятно, и в Европе. Музей содержал довольно богатые коллекции экспонатов по минералогии, ботанике, зоологии, физике. Все эти экспонаты выдавались подписчикам — а таковыми были главным образом школы — на руки так же, как выдаются книги в библиотеке.
В нем работали Якобсон, М. И. Девель, Е. Д. Стасова, А. М. Коллонтай и другие. Вот что пишет о музее в своих воспоминаниях Е. Д. Стасова: «Большую роль в нашей работе играл «Подвижной музей учебных пособий». Он был создан учительницами воскресных школ, так как мы испытывали большой недостаток в этих пособиях. Каждая из учительниц принесла то, что у нее было: кто гербарий, кто минералы, или спиртовые препараты, или волшебный фонарь и картины к нему, или иллюстрации, вырезанные из журналов и иллюстрированных изданий. Все это помещалось в небольшой комнате, которую выделил нам при своей библиотеке Н. А. Рубакин. Во главе музея стояла учительница математики Мария Ивановна Страхова (она в свое время была моей учительницей). Все предметы из музея выдавались, как книги в библиотеках.
Постепенно музей разросся и занял в том же доме на Большой Подьяческой уже несколько комнат, а затем один из наших абонентов, графиня София Владимировна Панина, построила для музея дом на углу Прилукской и Тамбовской улиц, с астрономической обсерваторией, лабораториями и большим зрительным залом. В этом-то доме в 1906 году и выступил В. И. Ленин под фамилией Карпова».
М. И. Страхова впоследствии почему-то стала утверждать, что создателем музея был не Рубакин, а именно та группа учительниц, о которой говорит Е. Д. Стасова. Дело в том, что Рубакин умел так подать кому-нибудь возникшую у него мысль, что человек потом считал, что мысль эта зародилась у него самого. Так обстояло дело и с Подвижным музеем учебных пособий. Идея создать такой музей возникла у Рубакина, он, видимо, подсказал ее учительницам, которые и выступили с такой инициативой. Почти каждая из этих учительниц внесла свой материальный вклад в музей, пожертвовав ему собранные ею коллекции. Рубакин же предоставил помещение для музея в своей библиотеке. Один из первых и основных сотрудников музея, известный детский писатель А. А. Усов, бывший позже в тесной переписке с моим отцом, в письме к нему, в котором он его называет своим учителем и руководителем, подтверждает, что именно он, Рубакин, был создателем музея.
Любопытно, что в создании коллекций для этого музея принимали участие политические заключенные знаменитой тюрьмы-крепости Шлиссельбург Н. А. Морозов, Вера Фигнер, М. В. Новорусский и другие. С разрешения соответствующих властей музей посылал им в крепость материал и указания для работы.
В 1896 году шлиссельбуржцам было разрешено получать для своих занятий: экспонаты из Подвижного музея пособий, позже музей поручил им самим составлять для него коллекции, обрабатывать их и готовить для экспозиции. Сношения шлиссельбуржцев-заключенных с музеем шли через тюремного врача, доктора Безродного. Заключенные изготовили огромное количество препаратов для музея. Как писала позже Вера Фигнер в своих «Воспоминаниях», «музей сделал нас активными работниками по увеличению его естественноисторических богатств… Новорусский как-то подсчитал все, что мы посылали в музей через д-ра Безродного… и мы сами были изумлены, как много за 3–4 года мы сделали для этого культурного учреждения».