Библиографические указатели и каталог, по мысли Рубакина, должны были не только служить для данной библиотеки, то есть для руководимой им. Они должны были лечь в основу составления любой библиотеки, став, так сказать, тем, что теперь называют «типовыми проектами». Как писал Рубакин: «…каталог является руководящим началом для приобретения книг в библиотеку, а не только перечислением всего того, что там имеется. Книги, внесенные в этот каталог, могут быть по материальным причинам еще не приобретены библиотекой, но они тотчас приобретаются по первому требованию подписчиков».
В библиотеке моего отца были заведены книги требований подписчиков, которым он придавал огромное значение. Записи читателей в эту книгу, как писал Рубакин, «помогают не только пополнению библиотеки, но и правильному обращению книг в среде читающей публики».
Библиотека составила свыше 20 рекомендательных каталогов, и целью их, как он писал сам, была «революционизация книжного дела». Одни из них были предназначены для рабочих и крестьянских кружков, другие для пропагандистов и агитаторов, третьи для учащейся молодежи, четвертые для библиотекарей, пятые для учителей и т. д. Уже это показывает, что они составлялись не механически, а с учетом положения тех, кому они предназначались. Но в учет этого положения входили и возможности данных лиц вести революционно-пропагандистскую работу. Любопытно, что печатались эти каталоги обычно без подписи Н. А. Рубакина.
Если библиотека, по мысли Рубакина, «отражение вселенной», то правильно построенные каталоги, вернее система каталогов, должны отражать книжный состав библиотеки и вместе с тем привлекать и приближать книги к читателям. Рубакин разработал целую систему каталогов, считая их лучшим средством против «залежалости» книг, в том числе малочитаемых, «забытых». Каталог должен быть составлен так, чтобы читатель мог его читать с интересом и выбирать сам книги по нему.
«Центром библиотеки, — писал Рубакин, — является не книга, а живой человек и социальный коллектив». Соответственно этому Рубакин формулирует и цель каждой библиотеки: это «вооружение читателя знанием, пониманием, активным настроением в работе над самообразованием». «Библиотека, — говорил он, — это не место для пассивной выдачи книг читателю, как отпускают товар в лавке; это оружие, и оружие острое, это искры, которые зажигают человека интересом к науке, знанию, борьбе».
Для самого Рубакина библиотека служила тем материалом, из которого он черпал содержание своих научно-популярных книг. Писать он мог только в библиотеке, в окружении книжных полок с выстроенными на них книгами, журналами, газетами, брошюрами, каталогами. Он перерабатывал собранный и изученный им книжный материал на основании изучения языка читателей, их запросов, интересов.
Большинство ученых, занимающихся вопросами библиотечного дела, изучали крупные библиотеки — академические, публичные, национальные. Рубакин пошел по другому пути. Исходя из своих убеждений о том, что книга и библиотека должны идти к читателю, а не только читатель к библиотеке, он придавал особое значение библиотекам кружков и библиотекам для самообразования. Эти библиотеки были в непосредственной живой связи с читателями, и по ним легче всего можно было судить об интересах и пожеланиях читателей. И все теории Рубакина о книжном деле относились главным образом к таким библиотекам. Эти библиотеки должны были быть энциклопедическими — иметь книги по всем отраслям наук. Именно для них Рубакин и разработал теорию «библиотечного ядра», то есть основной группы книг, которые они должны иметь.
Впервые им были развиты эти теории в 1893 году в докладе «Книжное оскудение», сделанном в Вольном экономическом обществе в Петербурге. Более подробно и глубоко эти мысли изложены в «Этюдах о русской читающей публике» (1893 г.). Отсюда они перешли в более развитой и совершенной форме в предисловие к первому изданию «Среди книг» (1906 г.), а затем еще более подробно во Введение к 1-му тому второго издания этого же труда.
Рубакин не был в принципе противником децимальной системы классификации книг в библиотеке, но для общеобразовательных библиотек он предложил свою систему, основанную на естественной классификации явлений природы и областей жизни.
Здесь была изложена и теория подбора книг для библиотечного ядра: на основе классификации психических и социальных типов читателей. По его мнению, в общеобразовательной библиотеке должны быть книги для всех главнейших типов читателей, наиболее распространенных в данной области.