При всем своем уважении к Плеханову Рубакин абсолютно не разделял его отношения к империалистической войне: Плеханов выступал как оборонец, как сторонник войны до победного конца. Зная о враждебном отношении Рубакина к войне и желая его разубедить, Плеханов пытался познакомить его с видным чехословацким буржуазным деятелем и юристом, профессором Массариком, будущим первым президентом Чехословацкой республики. Это было, по-видимому, в 1915 году. Но встреча не состоялась, хотя Рубакин не имел ничего против нее.
Еще в 1895 году в сборнике рассказов «Искорки» Рубакин высказывает через своих героев свое отношение к патриотизму. Так, в рассказе «Взыскующие града» он говорит: «…Истинный патриотизм, истинная любовь к отечеству возможна лишь при условии сознательного и критического отношения к нему, к различным сторонам жизни родной страны… Там же, где все это стремятся заменить или даже подменить какой-то гипнотизацией и муштрой, где все стороны жизни, даже самые безобидные, наши доморощенные патентованные просветители норовят показывать непременно с одной стороны, оберегая от знакомств с другими ее сторонами, там истинного патриотизма в народе, кроме разве взрыва народного чувства в минуты общенационального бедствия, — и нет и быть не может…»
В другом рассказе Рубакина мастеровой (рабочий) в поезде дает свое определение отечеству: «Отечество есть доброе для своих граждан общество, на точном основании справедливых законов управляемое».
Несмотря на лишения и на войну, Рубакин продолжал свою работу по составлению книжек и по подготовке нового издания «Среди книг». Так же, как и раньше, время от времени у него собирались близкие знакомые из числа эмигрантов и устраивались музыкальные вечера, на которых организовывались настоящие концерты. Людмила Александровна играла на рояле преимущественно классиков — Бетховена, Баха, Шопена, Листа, Шумана, а партию скрипки исполняла мадам Швоб, француженка, соседка Рубакиных по дому в Кларане.
У отца появились новые сотрудники, которых я не знал, так как за все время войны я не мог к нему приехать — у меня не было швейцарской визы, а по фантазии моего отца раньше я жил в Швейцарии по фальшивому паспорту какого-то польского купца Гуцмана из немцев, хотя и мой возраст и мое положение плохо увязывались с этим паспортом.
Весть о революции в России до глубины души потрясла Рубакина. Дочь работавшего тогда с Рубакиным Феликса Кона, Елена Феликсовна рассказывает, что в начале весны 1917 года, вечером она находилась в библиотеке, когда в момент захода солнца она и все присутствующие с нею услышали из кабинета Николая Александровича его полузадушенный голос: «Все ко мне!» «Мы, — рассказывает она, — кинулись, не зная, что подумать. Лежа в кресле, прерывающимся от волнения голосом он сообщил нам, что из Лозанны ему позвонили по телефону о революции в России, об отречении Николая Романова, о том, что народ вышел на улицы, создано Временное правительство».
С необыкновенным вниманием, восторгом и порою огорчением Рубакин следил за развитием революции в России. Он написал о ней целый ряд статей в швейцарских и французских журналах и газетах, выпустил отдельными брошюрками. Участились и его беседы с Роменом Ролланом, который хотя и приветствовал революцию, но плохо понимал ее социальную сущность и видел в ней только «освобождение духа».
В своем письме А. М. Горькому по поводу празднования первой годовщины Октябрьской революции 1 ноября 1918 года Рубакин писал: «Я приветствую нашу милую, дорогую, близкую и далекую социалистическую республиканскую Россию, осуществляющую мечту моей жизни. Привет русскому трудящемуся классу. Сердцем я всегда у вас, с вами, хотя работаю за тысячу верст от вас — не по моей вине, но всегда и прежде всего для России… Услышьте же мой далекий крик: да здравствует первая на земном шаре, до сих пор еще невиданная великая федерация социалистических республик!»
Как отмечает в своем очерке о библиотеках Рубакина Е. Н. Арефьева: «После Октябрьской революции библиотека Н. А. Рубакина стала своеобразным культурным представительством Советской России в Европе». Между Швейцарией и СССР вплоть до второй мировой войны не было дипломатических отношений. Представлять СССР в Швейцарии было некому. Неофициально многими вопросами, интересующими Советский Союз в Швейцарии, занимался живший в Берне доктор С. Ю. Багоцкий, бывший политкаторжанин, близко связанный с Лениным, когда тот жил в Поронине, в австрийской Польше. Но Багоцкий был представителем Советского Красного Креста, и ему самому приходилось отстаивать свое положение, так как и швейцарские власти и Международный Красный Крест, в котором засели махровые реакционеры, относились к Багоцкому подозрительно, враждебно, хотя все-таки часто были вынуждены с ним считаться. Как известно, именно в Международном Комитете Красного Креста работал некий Лодыжников, один из организаторов убийства В. В. Воровского.