Наиболее оригинальная по своему решению центральная композиция сохранилась лишь во фрагментах, но последние дают возможность восстановить ее былой облик. Картина «Поклонение Троице» представляла собой групповой портрет семьи Винченцо Гонзага, по существу, занимавший весь нижний передний план, в то время как в небесах были изображения Саваофа, Христа и бога — духа святого в окружении ангелов. Согласно мистическим установлениям Контрреформации, мир горний и земной, столь часто и легко смешиваемый воедино в эпоху Возрождения, четко разделен и местоположением и, что главное, в своем образном толковании. Портретным образам придан подчеркнуто земной, чувственно-конкретный характер, в то время как персонажи христианской легенды трактованы в идеализирующем духе академизма, обязанного своим распространением в Италии братьям Карраччи. Властители земного мира взирают на властителей небес и оказываются посредниками между ними и простыми смертными, своими подданными. Художник говорит языком обобщенных монументальных форм, живой риторике которого, поискам свободы изъяснения он посвятит следующие годы жизни в Италии. В его произведениях разных жанров этого времени можно обнаружить близкие стилистические черты — прием активного воздействия на зрителя, эмоциональную приподнятость образа, обращенность персонажей вовне, использование архитектурных мотивов для усиления образной значительности и тектоники картины.
Увлечение архитектурой становится серьезным делом. Часто наезжая в Геную, в эти годы Рубенс внимательно изучал замечательные архитектурные постройки города, делал их обмеры. В то же время он работал над выполнением большого числа заказов, которые получал от генуэзской знати. Так в 1606 году по заказу Никколо Паллавичини он закончил для церкви Сан Амброджо алтарную картину «Обрезание Христа», которая находится там и поныне. Созданные же им в Генуе портреты явились не только важнейшим этапом в эволюции его собственного творчества, но и целым событием в художественной жизни того времени, определив основные черты стиля барочного портрета XVII столетия. В основном сохранились его женские портреты, полные естественной величавости и элегантности, композиции которых отличаются необычайной красотой ритмического построения, изысканной связью фигуры с архитектурным фоном. В трактовку портретного образа он вносит прием гиперболы — все приобретает бо́льшую значительность, торжественность, велеречивость, благородство. Однако лица сохраняют редкую жизненность характеристики, портретное физическое и психологическое сходство с моделью. Рубенс решительно отмел все, что так культивировал позднеманьеристический портрет, в частности испанский у Пантохи де да Крус, — напряженную замкнутость образа, как бы отгороженность от мира, живописную жесткость. В отличие от маньеристического поколенного или погрудного портрета Рубенс пишет модели во весь рост в длинных платьях, что придает им особую импозантность и своеобразную монументальность. Среди них выделяется портрет Вероники Спинола-Дориа (Кунстхалле, Карлсруэ), где фигура — впрочем, как и в других портретах, — взята несколько снизу и как бы вырастает на глазах, околдовывая гибкой, горделивой грацией осанки и спокойно-ровным, чуть поверх глядящим взором. Рубенс включил бледное лицо Вероники Спинола-Дориа в обрамление слегка приподнятого сзади кружевного воротника, наподобие ореола осеняющего головку маркизы, но также соотнес и с архитектурным фоном, который, как эхо, ритмически повторяет его контур. Через двадцать лет генуэзские портреты Рубенса произведут неизгладимое впечатление на путешествующего по Италии ван Дейка, который воспримет их художественный язык и сделает его своим так естественно, что введет в заблуждение многих людей, которые будут именно ему приписывать честь создания такого типа портретных изображений.
Рубенс смог вложить в них чувство большого стиля, достичь редкой архитектонической красоты и величавости образа. И хотя за время пребывания в Италии им было написано немало картин, многие, восхвалявшие его талант в те годы, прежде всего отмечали в нем портретиста.