Сезон-58 «Искра» завершила на 14-м месте, сумев опередить лишь команды Ульяновска и Волжского. На выступлениях казанцев сказалось отсутствие опыта встреч на серьёзном уровне и тренерская чехарда.
В 1959 году «Искру» возглавил 50-летний специалист Николай Иванович Сентябрёв. На ближайшие 12 лет должность старшего тренера команды оказалось занятой. Ни до, ни после Николая Ивановича никому не удавалось превзойти этот срок. Ранее Сентябрёв играл в сборной Иваново и возглавлял ивановский «Текстильщик». Результаты работы Николая Ивановича не заставили себя долго ждать.
«Искра» сделала сразу 9 шагов вверх по турнирной таблице, остановившись на 5-м месте. По сравнению с прошлым сезоном заметно повысилась результативность – в два раза уменьшилось количество пропущенных мячей. Двое искровцев – защитник Виктор Сурков и вратарь Ильяс Галимов – были включены в состав сборной РСФСР. Так в казанском футболе началась эпоха Сентябрёва, с именем которого неразрывно связаны все успехи команды 60-х.
Сезон 1960 года команда провела ещё более успешно. После первого круга, потерпев лишь одно поражение от пермской «Звезды», казанцы находились в числе лидеров зоны. Однако, вторую половину «Искра» провела намного слабее, в итоге 4-е место. Этот сезон памятен ещё и тем, что в июне «Искра» посетила Польшу и сыграла свои первые международные товарищеские матчи: с командой «Скра» (Ченстохова) – 1:0, со сборной г. Тешина – 0:0, с «Вислой» (Плоцк) – 8:0.
В 1960 году в Казани состоялось открытие Центрального стадиона. 21 августа 1960 года «Искра» провела дебютный матч на новой арене против «Металлурга» из Каменск-Урапьского (2:1).
В 1961 году казанцы снова сильно провели первую половину чемпионата и заметно сдали во второй. Отставание от лидеров в итоге выразилось лишь одним очком. Яркой игрой в атаке запомнился Амир Туфатуллин, который забил 17 мячей в 22 матчах. В том же году «Искра» пробилась в 1/16 финала кубка СССР, где в переигровке уступила московскому «Динамо».
На следующий год в команде дебютировал будущий любимец болельщиков, один из наиболее техничных и результативных форвардов клуба за всю его историю – Виктор Тетёркин.
В 1962 и 1963 годах казанцы заняли ставшее уже традиционным 3-е место – высокое, но не дающее перспектив на повышение в ранге. Однако всё это время шла кропотливая работа по созданию команды, способной не только добиться результата, но и развить успех на более высоком уровне.
Переломным стал сезон 1964 года. Состав команды усилили молодые воспитанники клубных команд города Ислам Миннибаев и Альберт Файзуллин. Не слишком успешное начало чемпионата компенсировали 15 беспроигрышных матчей подряд на его финише. В итоге – 2-е место в зоне и возможность продолжить борьбу за выход в класс «А». Но полуфинальная пулька, которая проводилась в Орджоникидзе и Нальчике, с первой попытке казанцам не покорилась. Минимальное поражение в двух стартовых матчах от «Ростсельмаша» (0:1) и орджоникидзевского «Спартака» (2:3) оставили «Искру» за чертой участников финала.
В межсезонье произошло историческое событие. Правление спортклуба предложило сменить название команды на красивое и звучное – «Рубин». Идея оказалась удачной. Уже в первый под новой «вывеской» сезон 1965 года команда добилась наивысшего на тот период времени успеха. Но обо всём по порядку.
Костяк команды, сложившийся уже несколько лет назад, остался неизменным: защитники Николай Марков, Виктор Сурков, Анатолий Фомин, полузащитники Виталий Голубев и Виктор Новичков, нападающие Виктор Тетёркин, Алексей Берючевский и Ислам Миннибаев. На протяжении всего чемпионата «Рубин» находился в числе лидеров зоны, обеспечив себе в итоге 2-е место в группе, и отправился по уже знакомой дороге на полуфинальный турнир сильнейших команд класса «Б». Обыграв по 2 раза обоих соперников по подгруппе, в том числе хозяев – калининградскую «Балтику», казанцы переехали в Нальчик, где через 3 дня стартовал финальный турнир. Решающей стала игра с саратовским «Соколом», в которой «Рубин» благодаря голам Тетёркина и Голубева одержал победу со счётом 2:1 и впервые в истории завоевал путёвку в класс «А», вместе с хозяевами турнира, нальчикским «Спартаком», которые в итоге стали его победителями. «Рубин» вернулся в Казань с серебряными медалями в ранге вице-чемпиона России.