«С именем Андрея Рублева связан принципиально новый этап в развитии русского иконостаса — становление так называемого «высокого иконостаса». Это одно из самых больших художественных чудес, которыми одарил нас XV век» (В. А. Плугин).
Судьба иконостаса 1408 года оказалась сложной. В 1770-х годах при реставрации Успенского собора ветхие, потемневшие, многократно записанные иконы были заменены пышным, в новом вкусе резным иконостасом в стиле барокко. Оказавшиеся здесь ненужными, древние образа были куплены крестьянами села Васильевского Шуйского уезда Владимирской губернии для местной церкви. Здесь их и обнаружила экспедиция реставрационных мастерских в 1918 году. Часть их попала в Москву и вошла в собрание древнерусской живописи Третьяковской галереи. Остальные были переданы в Ленинград, в Русский музей. Починки, поновления, нелегкие условия, в которых эти произведения хранились, привели к тому, что одни безвозвратно погибли, а другие дошли до нашего времени с большими утратами. Сейчас от древнего иконостаса сохранились: «Спас в Силах», «Богоматерь», «Иоанн Предтеча», «Иоанн Богослов», «Андрей Первозванный», «Григорий Богослов», «Иоанн Златоуст», «Архангел Гавриил», «Архангел Михаил», два подобных же изображения из алтарных дверей, «Благовещенье», «Вознесение», «Сошествие во ад» (Третьяковская галерея), «Апостол Петр», «Апостол Павел», «Никола», «Василий Великий», «Крещение», «Сретение», «Вход в Иерусалим», «Преображение», «Рождество Богоматери», «Введение во храм», «Рождество Христово», «Успение», «Пророк Захария», «Пророк Софония» (Русский музей).
Всего двадцать восемь произведений, причем лишь на двадцати, в разной степени сохранная, осталась подлинная живопись.
Сейчас неизвестно, из скольких изображений состоял иконостас 1408 года. На основании обмеров собора и сохранившихся икон, учитывая данные старинных описей, а древнейшая из них относится к 1708 году, исследователи предлагают различные варианты реконструкции первоначального состава этого живописного ансамбля, причем предполагаемое число произведений значительно колеблется. Главным художникам, мастерам здесь мог принадлежать общий замысел ритмического и цветового строя, композиция икон, письмо лиц в некоторых из них. Учитывая, что мастера фресковой живописи были в то время наперечет, а хороших иконописцев, которые не владели, однако, секретами редкой техники стенописи, хватало, следует считать, что Андрей с Даниилом были значительное время заняты непосредственно стенописью. Созданием иконостаса они руководили и, возможно, принимали в нем частичное участие. Во всяком случае, это предположение подтверждается тем, что некоторые неплохо сохранившиеся «праздники» целиком написаны мастерами, чья манера не схожа ни с Рублевым, ни с Даниилом.
Другая трудность состоит в очень слабой сохранности живописи, поздних вставках, осыпях, потертостях, многочисленных реставрационных тонировках. Даже специалисту порой затруднительно бывает разобраться в каждой детали столь пострадавшей, запутанной живописной поверхности. Вот как выглядят, например, описания сохранности икон, которые находятся в Третьяковской галерее, в научном каталоге этого собрания:
«…На месте утраты древнего левкаса оставлены записи XIX века (золотой фон, текст Евангелия)…