И Мельгунов блестяще справился с поручением, проявив при этом незаурядное знание исторической географии. Так, из Костромской провинции в Ярославское наместничество он возвратил тяготевший к Ярославлю город Любим, объединил разделенные Волгой города Романов и Борисоглебск, превратил в города Рыбную слободу, Мологский посад и села Мышкино, Пертому, Даниловское и Петровское, а Ярославль — в подлинную столицу губернии. Согласно его и высочайше утвержденному 19 марта 1778 года генеральному плану, административный ансамбль из трех корпусов присутственных мест противостоял Ильинской церкви на одноименной площади, окруженной венцом из Семеновской, Власьевской, Богоявленской и Соборной площадей и Казанского, Кирилло-Афанасьевского и Спасского монастырей и соборного ансамбля, Ярославль прорезали длинные прямые улицы, которые пересекали полукольцевые, протянувшиеся от Волги до Которосли, а для того чтобы деревянная застройка быстрее сменилась каменной, за слом деревянных и строительство каменных зданий выплачивались деньги.
Этот опыт пригодился и после того как Мельгунов получил указ от 5 сентября 1778 года: «Всемилостивейше повелеваем Нашему Действительному Тайному Советнику, Ярославскому и Костромскому Генерал-Губернатору Мельгунову, по изданным от Нас в 7 день ноября прошлого 1775 года учреждениям для управления губерний Нашей Империи исполнить равномерно и в Костромской Губернии, составя сие новое Наместничество, по приложенному при сем росписанию… для городов Ветлуга и Кологрива избрать селения Генерал-Губернатору по лучшей удобности»8. И Ветлугой и Колог- ривом по избрании Мельгунова стали крупные торговые села Воскресенское и Кичино, выкупленные у их владельцев.
Как и в Ярославле, где, по словам Л. Н. Трефолева, Мельгунов «вынужден был вступить в борьбу с предрассудками наших предков, которые дорожили прежним, испокон веку заведенным порядком или, вернее сказать, беспорядком», костромичей Мельгунову пришлось убеждать «в благотворных последствиях открытия наместничества именно в Костроме». «К счастью, между совещателями, говорившими не в пользу Костромы, произошло разногласие: одни видели губернским городом Кинешму, другие — Юрьевец, третьи — Макарьев-на-Унже как более всего центральный город в губернии; но перевес остался на стороне защитников Костромы».
29 января 1779 года началось генеральное межевание земель Костромского наместничества, еще через два дня открылось наместническое правление в Трапезном корпусе Богоявленского монастыря и до конца года были открыты также уголовная и гражданская палаты, уездный, совестный и сиротский суды, верхняя и нижняя расправы, приказ общественного призрения и пр.
Генеральный план Костромы, составленный в 1779 году и высочайше утвержденный 6 марта 1781 года, в отличие от ярославского, предполагал оппозицию административного и торгового ансамблей и площади на перекрестках, но, как и в Ярославле, улицы были проложены так, чтобы не повредить ни одну из трех десятков каменных церквей. Каменная же гражданская застройка, предусмотренная планом, однако отмененная полвека спустя, наверняка уберегла бы Кострому от общегородских пожаров 1847 и 1887 годов.
«Кончив теперь все распоряжения, какие следовало исполнить к приготовлению учреждаемого Костромского наместничества, с помощиею Божиею начну производить открытие сей губернии с 4-го числа сего декабря месяца», — сообщал А. П. Мельгунов императрице, и действительно в назначенный день под звон колоколов и пушечную пальбу объявил об открытии наместничества и принял присягу от чиновников, завершившуюся театральным представлением и народным гулянием, но свою миссию счел законченной лишь после того, как состоялись выборы губернского и уездных предводителей дворянства, судей и заседателей губернского и уездных судов, бургомистров, ратманов и городских голов, а также после того, как 31 июля 1779 года были высочайше утверждены составленные им гербы всех городов наместничества.
За Костромским наместничеством наступил черед Вологодского, учрежденного императрицей 25 января и открытого Мельгуновым 30 июня 1780 года, уездные города которого Вельск, Грязовец, Кадников, Красноборск и Никольск ранее были известны как ярмарочные села. Соответственно, фокусом трехлучевой композиции генерального плана Вологды, высочайше утвержденного 24 февраля 1781 года, являлся Кремль (Архиерейское подворье). Это напоминает Санкт-Петербург, однако не следует забывать, что Вологду своей резиденцией хотел сделать еще Иван Грозный.