После установления советской власти в центре возвратился на Урал, умело организуя и там переход к новой власти. С декабря 1917 года был членом Екатеринбургского комитета РСДРП(б), комиссаром по военным делам Уральского областного Совета. В январе 1918 года — комиссар юстиции Урала, а с мая — военный комиссар Уральского военного округа. Формировал красногвардейские и красноармейские части и отряды для борьбы с войсками атамана А. И. Дутова, затем с восставшими белочехами! В конце июня 1918 года послан в Москву для выяснения решения центра о судьбе бывшего императора Николая II и его семьи, находившихся в заключении в Екатеринбурге. 14 июля Голощекин возвратился из Москвы и доложил президиуму Уральского областного Совета, что «центр» предоставил им право решать этот вопрос самостоятельно. В сентябре 1918 — январе 1919 года — начальник политотдела 3-й Армии, член Сиббюро ЦК РКП(б) Ф. И. Голощекин проводил партийно-политическую работу в армии, в тылу войск адмирала Д. В. Колчака, создавал подпольные большевистские организации, руководил партизанским движением. Член РВС Туркестанской армии Восточного фронта, председатель Челябинского губревкома, вместе с В. В. Куйбышевым и М. В. Фрунзе — член Туркестанской комиссии ВЦИК и СНК РСФСР. В 1921 году — председатель треста «Главруда» в Москве.
Постепенно одна беда уходила (заканчивалась Гражданская война), но пришла новая (голод в Поволжье). Необходимо было твердой рукой организатора, а таким был Ф, И. Голощекин, найти решение остро стоявшего на местах продовольственного вопроса. Где и как найти резервы и использовать их по назначению, наладить сбор продналога, выполняя решения X съезда РКП(б), провозгласившего в марте 1921 года переход к новой экономической политике. Одной из губерний Центральной России, которая могла помочь в этом, была Костромская. Сюда и направили Филиппа Исаевича.
Вот так, очевидно, выглядела картина его приезда в нашу губернию. 10 августа 1921 года к костромскому вокзалу, находившемуся тогда за рекой Волгой, подошел московский поезд. Секретарь губкома партии П. А. Бляхин и председатель губисполкома А. И. Муравьев подошли к выходившему из вагона представительному мужчине во френче. Это был чрезвычайный уполномоченный ВЦИК и Наркомпрода по Костромской губернии Ф. И. Голощекин с мандатом, предписывавшим всем советским и партийным органам в обязательном порядке оказывать ему всяческое содействие в решении продовольственного вопроса. Медлить было нельзя и 12 августа Голощекин издал свое первое распоряжение: «События… связанные с тяжелым голодом Поволжья и Юга республики, возложили на Костромскую губернию почетную и серьезную обязанность помощи семенами и продовольствием голодающему населению…». Один из путей решения этой задачи виделся в установлении тесной связи между центром и местами, активизации деятельности продорганов и их работников. Как следует из материалов газет того времени, борьба начиналась теперь уже на продовольственном фронте. «Красный мир» пестрел своеобразными сводками с этого фронта. Голощекин призывал всех проникнуться серьезностью положения и требовал строжайшей дисциплины и ответственности от комиссара до курьера, от всех чиновников любого ранга, в противном случае эти люди будут караться по законам революционного времени. Была предпринята попытка навести порядок в работе губпродкома. Начались поездки по уездам не только Голощекина, но и его помощников. К концу августа 1921 года на продовольственную работу мобилизовали 303 человека. Проводились курсы продинспекторов. Ф. И. Голощекин посетил Костромской, Нерехтский, Галичский, Буйский уезды. Выяснилось, что работа была слабо поставлена в Костромском, понадобились служебные перемены в Буйском продаппарате. Голощекин переживал, что кампания по сбору семссуды может быть недовыполненной; плохо обстояло дело со списками плательщиков. В работе с людьми он был разным, прибегал даже к смещениям и арестам нерадивых руководителей. Так было сделано в отношении Буйского упродкомиссара Киселева, председатель же уездного исполкома Голубев и уполномоченный губисполкома Владимирский получили выговор. В то же время организовывал совместно с губкомом партии боевые двухнедельники, субботники помощи голодающим, Всероссийскую неделю помощи, совещания, денежно-вещевые лотереи, платные спектакли. И положительные результаты не замедлили сказаться… Уже к 23 августа по данным оргзагототдела Костромской уезд сдал в семфонд 47 % задания, Нерехтский — 37 %. Только за один день 23 августа было ссыпано 8 тысяч пудов семенной ржи. Собранный хлеб доставляли на баржи, другой транспорт и отправляли в голодающие районы. 4 сентября в газете «Красный мир» в постоянной рубрике «На борьбу с голодом» была опубликована заметка «Результаты боевого задания» за подписью Ф. И. Голощекина, А. И. Муравьева, И. И. Усачева. «Костромская губерния должна была собрать и отправить в неурожайные губернии 358 тысяч пудов озимых семян. 1 сентября показало, что выполнили боевое задание, отправив 100 % наряда — Ковернинский, Нерехтский, Костромской, Макарьевский; 2-е место — у Галичского, Буйского; на 3-м — Кологривский, Солигаличский, Чухломский, Варнавинский уезды». В целом, по уездам Костромской губернии было собрано более 200 тысяч пудов. Отправлено в голодающие губернии Поволжья семян ржи 133 тысячи пудов. Выступая в ноябре 1921 года на VI губпартконференции, Голощекин подчеркнул, что три четверти сложного пути по преодолению голода, налаживания продовольственного дела пройдено благодаря помощи партийной организации. Из его уст делегаты еще раз услышали то, что введение НЭПа было правильным шагом, так как страдания рабочего класса уже перешли через край, начались их выступления против власти. На этой же конференции его избрали членом бюро губкома. Будучи членом губисполкома, на XII губернском съезде Советов в декабре 1921 года стал его председателем. Став во главе губернской власти, Ф. И. Голощекин с большей энергией продолжил работу по преодолению последствий голода. Результаты борьбы с голодом были впечатляющими. Костромичи пожертвовали, собрали и сдали 280 млн рублей, 10 тысяч пудов хлеба, 30 тысяч пудов овощей, на 400 млн рублей вещей. В Марийскую республику отправили муки ржаной более 5 с лишним тысяч пудов, овса и ячменя более 3 тысяч пудов, картофеля более 16 тысяч пудов. В феврале 1922 года костромичи приняли более тысячи взрослых и 956 детей из голодающих районов.