Тип фарисея в то время был олицетворением самого узкого и фанатического национального партикуляризма: они считали себя совершенно отличными от всех остальных людей. Фарисей считал, будто уже только по одному тому, что он иудей и, тем более фарисей, он есть непременный и достойнейший член славного Царства Мессии. Сам же Мессия, по воззрению фарисеев, должен быть подобным им иудеем, который освободит всех иудеев от чужеземного ига и создаст всемирное царство, в котором они, иудеи, займут господствующее положение. Никодим, разделявший, очевидно, эти общие для фарисеев воззрения, в глубине души, возможно, чувствовал ложность их, и потому пришел к Иисусу, о замечательной личности Которого распространилось так много слухов, узнать, не Он ли тот ожидаемый Мессия? И потому он сам решил пойти к Господу, чтобы удостовериться в этом. Господь же с первых слов начинает свою беседу с того, что рушит эти ложные фарисейские притязания на избранность: "Истинно, истинно говорю тебе: если кто не родится свыше, не может увидеть Царствия Божья". Или, другими словами, недостаточно быть иудеем по рождению, нужно полное нравственное перерождение, которое дается человеку свыше, от Бога, и надо как бы заново родиться, стать новою тварью (в чем и состоит сущность христианства). Так как фарисеи представляли себе Царство Мессии царством физическим, земным, то нет ничего удивительного в том, что Никодим понял эти слова Господа тоже в физическом смысле, то есть что для входа в Царство Мессии необходимо вторичное плотское рождение, и высказал свое недоумение, подчеркивая нелепость этого требования: "Как может человек родиться, будучи стар? Неужели может он в другой раз войти в утробу матери своей и родиться?" Тогда Иисус объясняет, что речь идет не о плотском рождении, а об особом духовном рождении, которое отличается от плотского как причинами, так и плодами.
Это – рождение "от воды и Духа". Вода – средство или орудие, а Дух Святой – Сила, производящая новое рождение, и Виновник нового бытия: "Если кто не родится от воды и Духа, не может войти в Царствие Божье". "Рожденное от плоти есть плоть", – когда человек рождается от земных родителей, то наследует от них первородный грех Адама, гнездящийся во плоти, мыслит сам по плотски и угождает своим плотским страстям и похотям. Эти недостатки плотского рождения можно исправить рождением духовным: "Рожденное от Духа есть дух". Тот, кто принял возрождение от Духа, тот сам вступает в жизнь духовную, возвышающуюся над всем плотским и чувственным. Видя, что Никодим все же не понимает, Господь начинает объяснять ему, в чем именно состоит это рождение от Духа, сравнивая способ этого рождения с ветром: "Дух [в данном случае Господь подразумевает под духом ветер]дышит, где хочет, и голос его слышишь, а не знаешь, откуда приходит и куда уходит: так бывает со всяким, рожденным от Духа". Иными словами, в духовном возрождении человеку доступна наблюдению только перемена, которая происходит в нем самом, но возрождающая сила и способ, которым она действует, а также пути, по которым она приходит, – все это для человека таинственно и неуловимо. Также мы чувствуем на себе действие ветра: слышим "голос его", но не видим и не знаем, откуда приходит он и куда несется, столь свободный в своем стремлении и ничуть на зависящий от нашей воли. Подобно этому и действие Духа Божья, нас возрождающего: очевидно и ощущаемо, но таинственно и необъяснимо.
Однако, Никодим продолжает оставаться в непонимании, и в следующем его вопросе "Как это может быть?" выражены и недоверие к словам Иисуса и фарисейская гордыня с претензией все понять и все объяснить. Это-то фарисейское высокомудрствование и поражает в Своем ответе Господь с такой силой, что Никодим не смеет потом уже ничего возражать и в своем нравственном самоуничижении мало-помалу начинает подготавливать в своем сердце почву, на которой Господь сеет потом семена Своего спасительного учения: "Ты – учитель Израилев, и этого ли не знаешь?" Этими словами Господь обличает не столько самого Никодима, сколько все высокомерное фарисейское учительство, которое, взяв ключ от понимания тайн Царства Божья, ни само не входило в него, ни других не допускало войти. Как же было фарисеям не знать учения о необходимости духовного возрождения, когда в Ветхом Завете так часто встречалась мысль о необходимости обновления человека, о даровании ему Богом сердца плотного вместо каменного (Иезек. 36:26). Ведь и царь Давид молился: "Сердце чистое сотвори во мне, Боже, и дух правый обнови внутри меня" (Псал. 50:12)