11 марта 1937 года Гиммлер решил, что «Наследию предков» необходим новый Устав. Этим решением рейхсфюрер ускорил внутреннее развитие «Аненербе», начатое в 1936 году. То, что новый документ не обсуждался, а был спущен в виде предписания рейхсфюрера, говорило о том, что Гиммлер окончательно утвердил свои позиции в «Аненербе» и избавился от соперников в лице Дарре и Вирта, превратив исследовательское общество в структуру СС. Однако не стоило списывать со счетов Германа Вирта, который, хотя и был отстранен от реальной деятельности, но все-таки занимал мифический пост почетного председателя «Аненербе». Статус этой должности не был даже обозначен в новом Уставе. Вирт с трудом перенес переименование «Аненербе» из «Общества духовной истории древности» просто в «Исследовательское общество». Он, как уже говорилось, считал себя изобретателем термина «духовная история древности» и очень гордился этим. Но еще сложнее было пережить изоляцию. Все это фактически раскололо членов «Аненербе» на два лагеря: с одной стороны — единомышленники Вирта, а с другой — Гиммлера, Вюста и Зиверса. Каждый из трех лидеров второго, наиболее авторитетного, лагеря имел свои личные основания для того, чтобы избавиться от неугодного Вирта. К этому добавились слухи о том, что Вирт начал сотрудничество с Розенбергом. В 1937 году Гиммлер как никогда твердо заявил, что не намерен терпеть фантастов в сфере гуманитарных наук. К началу 1938 году Гиммлер окончательно потерял доверие к Вирту. Он более не верил в его способности историка-исследователя. «Хроники Ура-Линды» остались непризнанными научным миром, как, собственно, и большинство работ Вирта. Это не мешало рейхсфюреру в личной переписке с друзьями заявлять, что он не сомневается в подлинности «Хроник», так как в них содержатся факты, которые подтверждаются многими устными преданиями. Но, видимо, сомнения, терзавшие шефа СС на этот счет, взяли верх, и он попросил уважаемого профессора-германиста Отто Маузера провести экспертизу «Хроник Ура-Линды». В 1938 году Маузер дал ответ Гиммлеру, в котором заявил, что не нашел ни одного факта, который мог бы подтвердить их подлинность.
Кроме всего прочего, Вирта отличало своевольное использование финансовых средств. Часть из них он весьма нерационально якобы тратил на исследования, другие, не скрываясь, пускал на личные цели. Для щепетильного на этот счет Гиммлера этого было вполне достаточно, чтобы невзлюбить исследователя. Не имея никаких финансовых полномочий, Вирт тем не менее в 1935–1936 годах фактически растранжирил весь бюджет «Аненербе» и окончательно запутал бухгалтерию. Для Генриха Гиммлера марбургский историк стал невыносимой обузой. Однажды рейхсфюрер вышел из себя, когда узнал, что Вирт занимал деньги у частных жертвователей, прикрываясь его авторитетом. Кстати, деньги Вирт так и не вернул. Кредиторы обратились лично к Гиммлеру с просьбой погасить долг. Примечательно, что Гиммлер вернул долги Вирта, которые не только не вычел из его жалованья, но обеспечил ему шикарное финансирование. В 1937 году он получал ежемесячно 800 рейхсмарок от «Аненербе» и 700 рейхсмарок от Берлинского университета (1500 рейхсмарок — по тем временам сумма почти фантастическая).
Зиверса в фигуре Вирта не устраивало очень многое. Например, прошлые контакты, когда он был фактически подчинен исследователю, что Зиверс, как честолюбец, очень тяжело переживал. Вообще крайне напряженные отношения, которые сложились к 1937 году между Виртом и Зиверсом, можно объяснить только при помощи психологического анализа их неясных связей накануне создания «Аненербе». Несомненно, при создании «Наследия предков» Вирт рассчитывал на поддержку Зиверса. Только этим можно объяснить восстановление отношений, разорванных в 1933 году. Эго подтверждало его письмо, в котором Зиверс писал своей будущей жене, что он вынужден был согласиться на более тесные взаимоотношения с ученым, так как это могло сделать его полностью независимым. Но договоренность с Виртом осталась только словами. С первых же дней работы в «Аненербе» Зиверс начал выступать на стороне Гиммлера. Он прекрасно осознавал, какие возможности давал его пост в решении административных проблем, и собирался использовать его как можно эффективнее. Зиверс пришел в «Аненербе» восторженным романтиком с идеалистичными представлениями о будущей элите Германии. Но постепенно он стал меняться. К 1938 году он превратился в «холодного эсэсовского технократа», чему способствовали его частые встречи и непосредственное подчинение рейхсфюреру СС. Не являясь сторонником эсэсовской идеологии, Зиверс представал в виде расчетливого функционера, готового ради своего карьерного роста поддерживать любую, даже самую бесчеловечную, идею. Он презирал наивную романтику Генриха Гиммлера. Но вместе с тем он полностью отказался от мечтательных теорий Хильшера и мифологических конструкций Вирта. Отныне он руководствовался лишь своим ненасытным честолюбием, а элитарность понималась им исключительно как личные успехи.
Кроме этого, Зиверс был лично заинтересован в том, чтобы избавиться от Вирта, которому он до сих пор продолжал формально подчиняться. Он хотел предать забвению отдельные страницы из прошлого, о коих Вирт был более чем осведомлен. Ранее он был открытым, не определившимся с жизненными ориентирами юношей, который хотел, чтобы Вирт, авторитет для многих молодых людей, сделал его своим учеником. По мере того как Зиверс врастал в структуру СС, он все чаще ловил себя на мысли, что его юношеские увлечения были минутной слабостью. Он цинично решил, что необходимо во что бы то ни стало избавиться от свидетеля его «юношеских заблуждений», пока Вирту самому не пришла в голову мысль использовать эти знания в собственных целях. Зиверсу удалось нанести первый удар, когда в 1936 году он предложил свои услуги для подготовки молодых эсэсовцев. Он мотивировал этот шаг тем, что как никто знал взгляды Вирта, а потому мог легко заменить его.
Это оскорбление Вирт так и не смог никогда простить своему бывшему ассистенту.
Зиверс, сначала как генеральный секретарь, а затем как имперский руководитель общества (организационный руководитель) был в курсе всех дел «Аненербе», к тому же Гиммлер доверял ему. Это был хороший стартовый капитал для карьеры внутри СС. Он полагал, что был просто предназначен для того, чтобы заменить Вирта. Устав 1937 года дал ему возможность осуществить свою мечту. Заручившись поддержкой президента (Вюста), Зиверс начал интригу. Он стал распускать слухи, что назначение его на пост почетного председателя было бы логичным шагом в развитии «Аненербе». Вюст, присутствовавший на этих разговорах, подчеркивал, что это было бы не просто логично, но и целесообразно. Даже Райшле, который когда-то благожелательно относился к Вирту, вторил, что прошли все сроки для того, чтобы образумить нынешнего почетного председателя Вирта. К январю 1938 года Вирт сдал последние позиции в «Наследии предков». В это время Вюст совместно с Зиверсом планировали будущую работу «Аненербе», предоставляя свои наброски лично рейхсфюреру СС. Раньше подобные задачи были сферой деятельности Вирта, к которой Зиверса даже не подпускали.
Пик кризиса в «Аненербе» пришелся на май 1938 года. Тогда Вюст и Зиверс написали Вирту нелицеприятное письмо, в котором заявили, что его чудачества противоречили научным и культурным целям рейхсфюрера СС. Авторы письма с «неподдельным» ужасом обнаруживали, что Вирт не понимал ни структуры, ни важнейших задач, ни объема работ, предстоящих «Аненербе». Вюст и Зиверс приходили к уничижительному выводу, что он подменял цели и задачи «Наследия предков» своими собственными научными и исследовательскими интересами. Далее Вирту было даже заявлено, что и свое свободное духовное творчество он должен был согласовывать с руководством СС. В последних строках письма Вюст и Зиверс подчеркивали, что в сложившихся условиях они как представители «Аненербе» наотрез отказались ходатайствовать перед Имперским министерством воспитания и образования о присуждении Вирту научной степени. Не имея возможности продолжать свою работу в рамках «Наследия предков», Вирт теперь потерял всякие надежды и на научную карьеру. Он был подавлен.