Да ўсяго меў дачыненне ў краі сатрап Мураўёў, даваў ён указанні і па рэарганізацыі музея, каб тут надалей былі «живые свидетельства искони присущей здешнему краю русской жизни». Для пяцідзесяцігадовага Я. Тышкевіча гэта азначала крах яго надзей. На яго вачах экспанаты музея «рэвізавалі» і як «шкодныя» адпраўлялі ў Маскву. Але і гэта яшчэ не ўсё. Бадай, найбольшую крытыку вытрымаў вядомы вучоны з боку польскіх экстрэмістаў, якія абвінавачвалі яго як кіраўніка музея і Археалагічнай камісіі ў самых розных грахах. Словам, ён атрымліваў удары як справа, так і злева.
Я. Тышкевіч вельмі перажываў за ўнікальныя музейныя калекцыі, з якімі ўлады паступалі бесцырымонна. Супрацьстаяць гэтай афіцыёзнай кампаніі місіянераў было проста бессэнсоўна, і ён прымае рашэнне зняць з сябе паўнамоцтвы куратара-кіраўніка музея. З вялікім болем у душы археолаг у 1865 годзе пакідае Вільню і пасяляецца ў невялікім мястэчку Біржы, якое належала яго сваяку Язэпу Тышкевічу, таксама археолагу. Сум па музейнай справе, заняпад грамадскага жыцця пасля задушэння паўстання, закрыццё некаторых перыядычных выданняў, паўсюдная русафобія — усё гэта канчаткова выбіла Я. Тышкевіча з каляіны нармальнага жыцця. Не вельмі ўзрадавала яго і вестка аб пераглядзе рашэння мураўёўскай камісіі і вяртанні з Масквы ў Вільню вывезеных экспанатаў. Назад трапілі далёка не ўсе прадметы, толькі 206 адзінак захавання. Не вярнулася, напрыклад, унікальная аршанская кальчуга са славянскімі пісьмёнамі. Яна і да сённяшняга дня экспануецца ў Дзяржаўным гістарычным музеі ў Маскве.
Я. Тышкевіч зразумеў, што больш яму не давядзецца вярнуцца да музейнай дзейнасці. Частка яго збораў з Віленскага музея старажытнасцей пазней трапіла ў калекцыю польскага этнографа З. Глогера, а потым у Нацыянальны музей у Варшаве. Толькі невялікая частка з тых калекцый засталася ў Вільні. Нават не дасведчанаму ў гэтых справах чалавеку было зразумела, што тут задумана стварыць фактычна новы музей паводле мураўёўскага ўзору. Неўзабаве так яно і здарылася. Толькі дзякуючы старанням беларускага археолага І.Луцкевіча частка Тышкевічавых збораў увайшла ў фонд Беларускага нацыянальнага музея ў Вільні (1921–1945). У пасляваенны час новымі ўладамі тыя калекцыі былі падзеленыя і трапілі ў розныя музеі Летувы, а старыя супрацоўнікі рэпрэсіраваныя{21}.
Як ужо гаварылася, Я. Тышкевіч з дваццацігадовага ўзросту апынуўся ў палоне захаплення археалогіяй. Начытаўшыся пра загадкі старажытнага свету, ён вырашыў грунтоўна разабрацца ў тыпах помнікаў на нашай зямлі, высветліць, ці ёсць тут якая заканамернасць і сувязь з культурай плямёнаў, што жылі на тэрыторыі Беларусі, і пачаў, як і большасць археолагаў, з даследаванняў курганоў. Я. Тышкевіч вёў іх раскопкі самым прымітыўным спосабам, ён нібы капаў траншэю, а як толькі дасягаў пэўнай глыбіні, асцярожна здымаў слой за слоем, пакуль не выяўляліся астанкі чалавека. Яўстах Тышкевіч хутка пераканаўся ў бесперспектыўнасці свайго метаду і стаў прымяняць новы, а менавіта перакрыжаваны. Не выключана, што такі метад ён мог пераняць у іншых вучоных, а магчыма, гэта было падказана ўласнай практыкай.
Нешта падобнае назіралася і ў публікацыях Я. Тышкевіча. Самыя раннія з іх грашылі прымітыўным апісальніцтвам, былі без высноў, без ацэнак. Аднак з гадамі да вучонага прыходзіў вопыт, разважанні яго сталі глыбейшымі, а самае галоўнае, ён абапіраўся на фактычны матэрыял, стаў больш упэўненым у сваіх заключэннях.
Нагадаем, як у першай публікацыі «Пра магілы ў Менскай губерні і Літве» ён пісаў пра знаходкі ў курганах і будаваў свае высновы на інтуіцыі. Эмоцый у аўтара хапала, а вось лагічнага, адэкватнага выяўленым прадметам заключэння не было.
Раскапаўшы дзесяткі курганоў, углядаючыся ў старажытны абрад пахавання, Я. Тышкевіч шукаў самыя нязначныя адрозненні. І ў сваёй ранняй публікацыі прыйшоў да вываду пра аднатыпнасць пахаванняў і што «магілы (курганы. — Г.К. і А.К.) гэтыя былі насыпаныя тады, калі ўжо спыніўся абрад спальвання целаў, г. зн. у пачатку ўвядзення хрысціянства». Развіваючы гэтую думку, Я. Тышкевіч піша пра характэрныя прыкметы той пары, а менавіта пра тое, што пасудзіна ў якасці «слязніц» ставілася каля галоў нябожчыкаў, а вуголле клалі пад целы памерлых дзеля іх захавання. Так, малады археолаг даследаваў курганы розных часоў, ужыўшы метад тыпалагізацыі.
Найбольш разнастайныя знаходкі былі ў жаночых курганах. Яны таксама служылі арыенцірам для характарыстыкі старажытнай эпохі.
Я. Тышкевіч пастаянна шукаў, вучыўся, сумняваўся, даказваў. Практычна ён перачытаў усю гістарычную літаратуру, якая датычыла гэтага пытання, напрыклад, «Кнігу вялікаму чарцяжу, або старажытную карту Расейскай дзяржавы» (1838) насуперак розным тагачасным аўтарытэтам лічыў павярхоўнай і шмат у чым памылковай, хоць яна была значна лепшая за аналагічныя ранейшыя выданні. На карце старажытнай Беларусі яму прыемна было прачытаць знаёмыя назвы Полацак, Завалочча, Себеж, Невель, Азярышча ў басейне Дзвіны, але быў абураны, чаму няма на ёй Віцебска. Зусім не знайшоў на той карце старадаўніх гарадоў Цэнтральнай Беларусі. І прыйшоў да высновы, што трэба весці даследаванні, даказваць іх гістарычную важнасць і ствараць новыя кнігі і карты.