Одним из первых деяний нового короля стала инкорпорация, то есть включение литовских, малороссийских и белорусских земель в состав Польского королевства. В связи с этим Ягайло потребовал от удельных князей присяжных грамот на верность «королю, королеве и короне польской», что по нормам феодального права означало переход этих князей вместе с подвластными им землями в подданство к польскому королю.
В 1386 г. вместе с князьями литовских и белорусских земель присяжные грамоты подписали киевский князь Владимир, волынский князь Федор Данилович и новгород-северский князь Дмитрий-Корибут. Примечательно, что Новгород — северские князья и бояре, в свою очередь, поручились за своего князя, обещая не поддерживать его в случае, если он вознамерится выйти из-под власти Польского королевства. Федор Данилович и другие волынские князья в 1388 г. поручились за волынского князя Олехна.
Обратить население Великого княжества Литовского в католичество оказалось нелегко. Католиков там к 1385 г. почти не было. Православие в Литве распространялось почти 150 лет, но очень медленно, поскольку, как писал С. М. Соловьев, оно «распространялось само собой без особенного покровительства и пособий со стороны власти». Так, к примеру, в столице Вильно около половины жителей исповедовали православие. В сельских же местностях Литвы население было почти на сто процентов язычниками. Соответственно, население Малой и Белой Руси было на сто процентов православным.
Католические миссионеры рьяно взялись за обращение в свою веру населения Литвы. Чтобы склонить феодалов к переходу в католичество, король 20 февраля 1387 г. дал «привилей» литовским боярам, принявшим католичество, «на права и вольности», которыми пользовалась польская шляхта. Этот «привилей» даровал литовским боярам-католикам право неотъемлемого владения и распоряжения своими наследственными имениями. Крестьяне этих имений освобождались от большинства государственных повинностей, кроме строительства и ремонта замков. Почти одновременно был издан другой «привилей», который разрешал всем литовцам принять католичество, запрещал браки между литовцами-католиками и православными, а православных, состоявших в браке с католиками, под страхом телесного наказания принуждал к принятию католичества. Имения католической церкви освобождались от всех государственных повинностей, а само духовенство — от юрисдикции светского суда.
Тем не менее, большинство православных и язычников в Литве сохранило свою веру. Православным остался даже родной брат Ягайло Скиригайло.
При Ягайло в Литве появились первые «православные мученики», ставшие жертвами католического фанатизма. Видимо, и православные периодически давали отпор. Так, известно, что Андрей Ольгердович, княживший в Пскове, двинулся в Литву и вторично овладел Полоцком. При этом Андрей заявил, что Ягайло, приняв католичество, не имеет более права владеть православными областями. Андрей объединился с немецкими рыцарями, которые опустошили литовские владения больше, чем на сто верст. Война эта кончилась тем, что другой брат Ягайло, Скиригайло, взял Полоцк, захватил в плен Андрея, а его сына убил.
Следствием унии стала и ликвидация удельных княжеств на русских землях, находившихся в вассальной зависимости от великого князя московского.
В 1387 г. у удельного князя острожского Федора Даниловича по приказу Ягайло изымается Луцкая земля и передается во владение «до королевской воли» (то есть во временное владение) Витовту. Старостой же Луцка, то есть соправителем Витовта, Ягайло назначает поляка — сандомирского каштеляна{42} Креслава из Курозвенков. В 1390 г. князь Федор Любартович по воле короля потерял последнюю волость своего Волынского княжества — Владимир Волынский с окрестностями. Так волынские земли перешли в непосредственную зависимость от Польского королевства. Весной 1393 г., потерпев поражение в сражении под Докудовом с войском Витовта и Скиригайло, лишился своего удела новгород-северский князь Дмитрий-Корибут Ольгердович. Наместником же в Новгород-Северское княжество король назначает утратившего свой волынский удел князя Федора Любартовича.
Весной 1393 г. Витовт во главе польского королевского войска вторгся в Подолию и занял замки Брацлава, Каменца, Смотрича, Скалы и Чернева. Подольский князь Федор Кориатович бежал в Закарпатье, а Витовт получил Брацлавщину от короля в вассальное владение. Западная Подолия с центром в Каменце стала еще более зависима от Польши, издавна претендовавшей на эти земли. В 1395 г. грамоту короля Ягайло на владение Западной Подолией «на полном княжеском праве» получил краковский воевода Спытко Мелынтинский.