Шляхетське рушення східних воєводств виглядало відверто слабко у порівнянні з арміями бунтівників, і з початком 1596 р. уряд уперше мобілізував проти них коронні війська — тридцять гусарських і дванадцять козацьких хоругв, чотири роти найманої піхоти й вісім рот вибранців, а також дві тисячі жовнірів кварцяних рот. Усього було мобілізовано вісім тисяч вояків, яким мали надавати допомогу чотири тисячі литовських військ. Командування цієї потужної сили було доручено досвідченому воєначальнику польному гетьману Станіславу Жолкевському.
Стратегічний задум коронного командування полягав у використанні незгоди, яка панувала між старовинним козацтвом Лободи і Шаули та різнорідною за своїм соціальним походженням «збиранкою» Наливайка. Першими Жолкевський планував розбити більш радикальних наливайківців. Для цього він здійснив стрімкий марш на Волинь, під Степань, де Наливайко облаштував собі зимову резиденцію. Завчасно повідомлений своїм шпигуном із Луцька про наближення коронних військ, козацький зверхник зумів відірватися від переслідування і вивести свої загони з Волині на Подніпров’я. Наприкінці весни неподалік Білої Церкви загони наливайківців об’єдналися із запорожцями Лободи, Шаули та Саська. Гетьманом єдиного війська обрано Шаулу. Тут же, неподалік урочища Гострий Камінь, каральне військо вдарило по супротивникові, але досягти головного — розірвати вози, які оточували табір, — не змогло. Після жорстокої січі, в якій загинуло чимало вояків як з одного, так і з іншого боку, повстанцям під покровом ночі вдалося вийти з-під вогню і в районі Трипілля перейти на Лівобережжя. У битві було тяжко поранено Шаулу, і командування перейшло до Наливайка.
Вихід на Лівобережжя та перекриття доступу туди коронним військам надало козакам місячну перерву. За цей час козацький табір суттєво зріс кількісно, щоправда, не за рахунок боєздатних загонів, а дружин і дітей повсталих, котрі втікали від переслідувань каральних військ. Натомість армію Жолкевського посилали коронні війська, що прийшли до нього з Молдавії, з дня на день очікувався прихід литовських хоругв. Тож, коли жовнірам вдалося форсувати Дніпро, становище козаків стало вкрай складним. До приходу головних сил супротивника їм вдалося закласти в урочищі Солониця, поблизу річки Сула, укріплений табір.
На місце Наливайка гетьманом було обрано Лободу. Військовий досвід останнього дозволив добре укріпити табір, але після того, як до розпорядження Жолкевського з Києва було вислано облогові гармати, шансів на успішне завершення бою практично не існувало. Лобода спробував було домовитися з польним гетьманом і в такий спосіб уникнути численних жертв. Але демонстративна приязнь Жолкевського до заслуженого запорожця коштувала йому не лише гетьманства, а й голови. Запідозреного у зрадницьких намірах Лободу козаки стратили, а на його місце обрали Криштофа Кремпського. А тим часом 5 червня розпочався безперервний обстріл козацького табору з важких гармат.
Численні жертви обстрілу та майже цілковита відсутність води за неймовірної спеки, що встановилася на початку літа, змусили керівництво повсталих до прийняття ультимативних вимог Жолкевського. Наливайко на чолі невеликого загону спробував було вирватися з табору в степ, але був захоплений козаками й переданий полякам. Незважаючи на раніше дану обіцянку відпустити обеззброєних повстанців на волю, шляхта й коронні жовніри вчинили в Солоницькому таборі немилосердну різню. «І так немилосердно сікли, — зауважував тогочасний хроніст Йоахим Бєльський, — що на милю або й далі труп на трупі лежав...» З понад десяти тисяч повсталих козаків, їхніх дружин і дітей у степ вдалося вирватися не більш як півтори тисячі козакам на чолі з Кремпським. Навіть доволі не прихильний до козаччини Пантелеймон Куліш зауважував, що саме на Солониці «народилися оті страхітливі лицарі Хмельницького».
Примирення Речі Посполитої з козацтвом в умовах польсько-шведського протистояння початку 1600-х рр.
Король Зиґмунт III Ваза певний час залишався одночасно й обраним монархом Речі Посполитої, і спадковим правителем на шведському троні. Аж поки в липні 1599 р. шведський риксдаг не позбавив його трону, проголосивши натомість його наступником сина Владислава, а потім і взагалі не відібрав право посідання шведського трону в усієї лінії польських Ваз, передавши владу «шведському» племіннику Зиґмунта III — Карлу IX. У відповідь польський король навесні 1600 р. оголосив про приєднання до Речі Посполитої «шведської» Естонії. Натомість шведи атакували «польські» Інфлянти. Шведській армії доволі швидко вдалося оволодіти важливими портами Фінської затоки — Парнавою, Фелліном, Каркусем і Дорпатом. На початку наступного року війська Карла дійшли до Двіни, створивши загрозу Ризькій фортеці. Переважна частина провінції потрапила до шведів.
Нова війна Варшави — тим паче, така, що спершу складалась для неї не вельми вдало, — надавала шанс українському козацтву позбутися принизливого статусу банітів та спробувати повернути собі права й вольності, здобуті в ході тієї ж Лівонської війни від Стефана Баторія. До того ж так само навесні 1600 р. в короля виникла потреба в наданні допомоги своєму ставленику в Молдавії — господареві Єремії Могилі, котрого відсторонив від влади волоський господар Михай Хоробрий. Варшаві необхідно було негайно відновлювати втрачені позиції. Отже, примирення з козаками і спрямування їхньої потуги за вже звичним для них маршрутом до Молдавії для Варшави ставало нагальним завданням поточної політики.
Налагодити стосунки Речі Посполитої із Запорозькою Січчю навесні 1600 р. було доручено Яну Оришовському. Авторитет реєстровця справив належне враження на низовиків. Запорожці погодилися допомогти королю. Проте висунули низку умов: зняти баніцію та повернути козацькі вольності, надані запорожцям Баторієм, заборонити владі чинити їм кривди, визначити достойну платню за їхню службу, а також надати королівську хоругву.
У Молдавській кампанії гетьмана Яна Замойського взяли участь близько 5 тисяч козаків. Ще близько 2 тисяч низовиків коронний гетьман спрямував у Семиграддя (Трансільванію). Найвизначнішим епізодом цієї війни стала битва під селом Буковем в околицях Плоєшті, що відбулася 20 листопада 1600 р. У ній козацька піхота становила праве крило військ Замойського, і саме вона спільно з коронною піхотою, поставленою в центрі, розпочала бій. Власне, ці сили й довели бій до переможного кінця, так і не надавши змоги проявити себе головним силам. Надана козаками послуга була належним чином оцінена польським командуванням. Втім, усі розуміли, що скасувати накладену на Військо Запорозьке баніцію може лише вальний сейм. Його скликання було призначено на початок 1601 р.
Сейм, зайнятий підготовкою до війни зі Швецією, дійсно пішов на певні поступки козацтву. Зокрема, козаки, які ставали на службу до короля, звільнялись від сплати певних податків, їхнім сім’ям гарантувався королівський захист від утисків місцевої адміністрації тощо. Утім, повернути колишню автономію в управлінні та судочинстві, вийшовши з-під влади місцевих урядників, козакам не вдалося. Та проте навіть такі незначні поступки сприяли мобілізації близько чотирьох тисяч козаків, котрі на чолі з Самійлом Кішкою взяли участь у Лівонській кампанії. У Прибалтиці козаки служили вартовими, здійснювали розвідувальні операції.