Сприятливим моментом вирішили скористатися шукачі трону з клану Шуйських. На хвилі невдоволення москвичами від перебування в місті поляків, уночі з 26 на 27 травня Шуйські інспірували народні хвилювання, під час яких й убили царя. Його труп виставили на наругу на Красній площі, а через три доби спалили, змішали з порохом і вистрелили з гармати в той бік, звідки самозванець прийшов у Москву. А тим часом прибічники Шуйського, навіть не скликаючи Земського собору, «прокричали» новим царем нащадка Олександра Невського Василя Івановича Шуйського.
Проте сходження на трон ще одного Рюриковича не заспокоїло ситуації. Один за одним на окраїнах держави з’являлись нові «дивом урятовані царевичі». Уже в липні 1606 р. на Путивльщині вибухнуло вельми потужне повстання під проводом колишнього холопа з Чернігівщини Івана Болотнікова. Болотніков, який видавав себе за воєводу царя Дмитрія, розсилав грамоти із закликом до боротьби зі зрадником Шуйським. На них відгукнулись як селянські маси, так і запорозькі й донські козаки й навіть московські служиві люди та дворяни.
Запорозьке козацтво активно підтримало й виступ «царевича Петра» — самозванця, що видавав себе за онука царя Івана Грозного, піднявши на повстання терських козаків. До виступу примкнули донські й волзькі козаки. А на шляху самозванця на Путивль до нього прийшло чимало й запорожців, принаймні вже після арешту Лжепетра три тисячі його колишніх прибічників, що вийшли з України, шукали собі нового «роботодавця».
Але наймасовішою участь запорожців була в поході на Москву «чудом урятованого» під час московського бунту «Дмитрія Івановича». Лжедмитрій Другий, об’явившись навесні 1607 р. в Шклові, здобув масову підтримку на Сіверщині, де зумів мобілізувати навколо себе досить потужне військо. Підтримку самозванцю надали українські князі Роман Ружинський і Вишневецькі, а також відомий шляхетський авантюрник Олександр Лісовський. Кістяк армії Лжедмитрія становили козаки під командою отамана Івана Заруцького.
У травні наступного року самозванцю вдалося здобути переконливу перемогу над військами Шуйського під Волховом, а на початку червня наблизитися до Москви. Взяти столицю приступом не вдалось, і Лжедмирій заклав свою ставку в селі Тушино. Раніше непримітне підмосковне село дуже швидко перетворилося на потужний адміністративний центр. У Тушино функціонувала боярська дума, прикази, суди. Сюди приїжджали іноземні посольства й купецькі місії. Там скупчувалися й військові сили, необхідні самозванцю для захоплення Москви. Кількість запорозьких козаків у Тушинському таборі на кінець 1608 р. становила 10—13 тисяч, навесні наступного року прийшло ще близько 8 тисяч. Тоді ж декілька тисяч запорожців під командою полковника Кернозицького за наказом самозванця ходили в похід аж до Новгорода Великого, захопивши по дорозі Торжок і Твер, чинячи «промисел» під Старою Русою.
Очікуючи наступу на столицю, багатотисячне й слабо дисципліноване вояцтво розбрідалось мало не по всій Московщині, відбираючи в місцевого населення продовольство, фураж, одяг та чинячи при цьому над ним значні насильства. Гіркий спомин залишили по собі й козацькі ватаги. Московські церковні кола, намагаючись консолідувати сили для боротьби з войовничими одновірцями з України, не скупились на їдкі епітети на адресу непроханих гостей. Так, патріарх Ґермоґен у своїх грамотах закликав рішуче протистояти цим «губителям християнским, отступившим от Бога и православной веры».
Запорожці у війні Зиґмунта III з Москвою
Укладення на початку 1609 р. Василем Шуйським союзної угоди зі Шведським королівством надало перебігу протистояння в Московії принципово нового звучання. Шведський король був ворогом Речі Посполитої, а тому його з’єднання з Москвою у Варшаві трактувалось як відверто недружній акт уряду Шуйського. Більше того, в тексті угоди зі шведами Шуйський мав необережність титулувати себе, зокрема, і «князем Полоцьким», що опосередковано вказувало на його наміри відвоювання земель, які за попередніми договорами увійшли до складу Великого князівства Литовського. Маючи на руках такі серйозні ідеологічні козирі, польський король не відмовив собі у задоволенні розпочати війну проти Московського царства. Успіхи різного роду авантюристів на московських теренах вселяли королю впевненість у реальності скинення з трону Шуйського та перебирання «держави» і «шапки Мономаха» до своїх рук. А об’єднавши зусилля Речі Посполитої і Московського царства, було б не складно повернути собі й шведську корону. Для того ж, аби прихилити на свій бік шляхетський загал, оточення Зиґмунта III мотивувало необхідність війни з Москвою потребою повернення раніше втрачених Смоленська й Сіверщини.
Утім, незважаючи на намальовані королем привабливі перспективи від перемоги на сході, шляхта поставилася до королівських задумів досить прохолодно і сейм 1609 р. дозволу на додаткові фінансові витрати короля не дав. Проте Зиґмунт III жадав перемог і сеймова нехіть до війни не могла його втримати від московської авантюри. Король вирішив вести війну по-козацькому, а саме: набираючи війська «не на те, що є, а на те, що буде», тобто на рахунок майбутніх трофеїв і здобутків. Тож по всій Україні, як з гнівом писав князь Януш Острозький у листі до Зиґмунта III, «іменем Вашої Королівської Милості корогви носять і різні люди називають слугами Вашої Королівської Милості», вербуючи козаків на нову війну. Наслідком цього вербунку стало прибуття під Смоленськ на початку жовтня тритисячного козацького війська з України. Тиждень по тому ще одна козацька ватага приходить з-під Тушино. А вже наступного дня прибуває козацьке посольство з-під Вязьми, пропонуючи військові послуги тритисячного «вибраного» козацького війська. Загалом же в королівському таборі під Смоленськом на кінець року зібралось до сорока тисяч запорозьких і городових козаків з України. Узимку та навесні 1610 р. мобілізація козацтва на Смоленську війну короля не припиняється і під корогви Зиґмунта III приводять свої кількатисячні загони шляхтич Харлінський, Кульбака та інші.
Тим часом з відтоком шляхти й козаків на королівську службу Тушинський табір розпався, Лжедмитрій II зі жменею своїх прибічників був змушений утікати в Калугу, а московські бояри з колишнього оточення самозванця запросили на царство сина польського короля Владислава. Після цього Зиґмунт III спрямував частину королівської армії під командою гетьмана Жолкевського з-під Смоленська на Москву. Спроби Дмитрія Шуйського на чолі 36-тисячного війська перекрити Жолкевському шлях не мали успіху. 24 липня 1610 р. поблизу села Клушино, що неподалік Можайська, Шуйський був розбитий і становище царя Василя Івановича стало безнадійним. Проти нього визрів заколот. Дворяни за підтримки посадський людей Москви скинули його з трону, силоміць постригли в ченці й передали в руки полякам, які в середині вересня вступили в російську столицю.
До короля під Смоленськ для обговорення умов вступу Владислава на царство було відправлено представницьке посольство від усіх станів Російської держави. Проте Зиґмунт III не поспішав залагоджувати справу, вимагаючи здачі Смоленська. Усе вказувала на те, що його більше цікавило відвоювання раніше втрачених Річчю Посполитою земель, аніж посідання сином царського трону. Переговори безперспективно затяглися. Смоленськ королю вдалося здобути лише 13 червня 1611 р. Але сейм, незважаючи на очевидні військові й політичні успіхи Зиґмунта III, коштів на продовження війни не виділив. І в умовах наростання у Московії загального невдоволення супроти іноземного панування шансів на утримання за Владиславом трону було не вельми багато.
Враховуючи фінансову скруту, король знову закликав на допомогу недорогі в оплаті козацькі загони. Великий козацький корпус сидів у залозі в Москві. Вочевидь, ще більший — під орудою литовського гетьмана Лева Ходкевича — влітку 1612 р. намагався прорватися в царську столицю. Значну, якщо не головну, роль відігравали козацькі загони на Сіверщині. Принаймні король у грамоті від початку 1613 р. високо оцінював заслуги козацтва в опануванні цього краю, складав їм за службу дяку та висловлював надію на їхню допомогу в затриманні його за Річчю Посполитою.