Всъщност след уволняването си от армията Хасуханов се връща в Грозни. Като единствения чеченски офицер с академично образование, той е поканен от Масхадов да работи за чеченското правителство. През 1999 г. това е официалният финансиран от Москва републикански кабинет, а самият Масхадов — законно избраният президент на Чечня, е признат и от Москва. „Военният надзор“, за който той кани Хасуханов, е изключително необходим. Чеченската бюрокрация е безсрамно корумпирана, както и московската, и републиканското правителство се нуждае от образован и опитен човек, способен да контролира паричните потоци в армията, по-специално тези от руската федерална хазна. Какво нелегално въоръжено формирование е това?
Из съдебните протоколи:
„— Смятате ли действията на президента Масхадов за законни? [пита прокурорът].
— Да. Нямаше как да знам, че Масхадов, правителството и силовите министерства след време ще бъдат обявени извън закона. За мен Масхадов беше президентът, признат и от руските ръководители, те се срещаха с неговите министри, отпускаха се финансови ресурси, затова нямах ни най-малка представа, че се присъединявам към незаконно въоръжено формирование.
— Работата ви включваше ли инспекция на финансите и общата администрация на Министерството на вътрешните работи на Чеченската република Ичкерия?
— Да, докладвах за резултатите от тези инспекции на Масхадов през юни 1999 г. Направих списък на всичко, за което са били похарчени пари. Получих информацията от Министерството на вътрешните работи на Руската федерация. Тя пристигна изцяло по официални канали. Нямах причина да предполагам, че има нещо незаконно.“
И наистина работата на Хасуханов преди войната е включвала инспекция на финансите и администрацията, както и създаване на система за надзор и контрол на финансовите ресурси, отпускани за поддържането на сигурността в Чечня: за Министерството на вътрешните работи, националната и президентската гвардия и генералния щаб. През лятото на 1999 г. той установява, че през генералния щаб преминават значителни суми за покупка на оръжия и униформи, но че ракетните установки например, които Министерството на отбраната поръчва от фабриката „Червен чук“ в Грозни, са практически неизползваеми за бойни действия. Това е нагло източване на пари. Същото се случва и със закупуването на военните униформи. Те се шият в чеченския град Гудермес на цена 60 рубли за комплект, но в придружаващите ги документи пише, че са „направени в Прибалтика“ на по-висока цена.
Хасуханов докладвал за всичко това на Масхадов и веднага си навлякъл проблеми с президентските гвардейски части, които участвали в измамата. След като изкарал само седмица във военния надзор, Масхадов го назначил за началник на генералния щаб само защото спешно се нуждаел от честен приближен човек.
Това станало в края на юли 1999 г. Хасуханов поел длъжността си в генщаба през август, няколко дни преди началото на Втората чеченска война, в която обаче отказал да участва.
Ако прочетете протоколите от съдебните заседания (провеждани при закрити врати) няма как да не усетите, че процесът е скалъпен. Някой е решил, че Хасуханов трябва да бъде наказан за много сериозно прегрешение, но никой не казва какво е то. Дали заради нещо, открито през 1999, което се връща като бумеранг срещу него през 2002/3 г.? Или пък защото е разобличил тайната схема за източване на федералните фондове?
Съществува подозрение, че тази измама е до голяма степен и поводът за започването на Втората чеченска война, която е трябвало да замаже завинаги следите на престъпниците. А може би точно това е причината висшите ешелони на руските въоръжени сили все още да оказват такава съпротива срещу мирните преговори?
Ето още един цитат от обвинителния акт:
„Хасуханов активно участва в действията на незаконното въоръжено формирование и през 1999 г. се включва в дейности по финансирането му. Той създава и въвежда система за надзор на ресурсите, отпуснати на незаконните национална гвардия, генерален щаб и Министерство на вътрешните работи на самопровъзгласилата се «Република Ичкерия». Показва организационни способности и ефективност на заемания от него пост и затова в края на юли Масхадов го назначава за началник на генералния щаб. Тъй като участва активно в работата на гореспоменатите незаконни въоръжени формирования, Хасуханов се включва и във вземането на важни решения, свързани с борбата срещу опитите на федералното правителство да възстанови конституционния ред на територията на Чеченска република Ичкерия, като тази борба включва и въоръжена опозиция.“