С 1944 г. о. Александр в эмиграции в Германии (гг. Эрфурт в Тюрингии, Наугейм, Ганау, Арользен, Гутенберг). Основал православную миссию в Наугейме в 1946 г. и ряд храмов в лагерях Ди-Пи. С 1948 г. проживал в г. Цинциннати, штат Огайо, США, где организовал православную миссию, помогал русским в переезде из европейских беженских лагерей в Америку. С 1950 г. — миссионер в г. Хьюстон, штат Техас. В 1957 г. протоиерей Александр принял монашество с именем Алексий и удостоен сана архимандрита.
В конце октября 1958 г. архимандрит Алексей (Черной) получил назначение на должность администратора русских православных общин в Южной Африке. Указ был подписан первоиерархом РПЦЗ, митрополитом Анастасией (Грибановским).
Русский приход, образованный в ЮАР за семь лет до этого и посвященный в честь святого князя Владимира, не имел собственного помещения — богослужения совершались в боковом приделе английского собора. В 1960 г. русским пришлось покинуть это помещение и временно воспользоваться гостеприимством пастора шведской протестантской церкви. Русская колония в Йоханнесбурге состояла приблизительно из 50 человек. В основном это были представители первой волны эмиграции.
Священнику предоставили небольшую квартирку в центре города. В одной из комнат на следующее же утро по прибытии архимандрит Алексий устроил часовню. С 1969 по 1975 г., дабы не обременять общину, архимандрит Алексий работал в представительстве британской библейской миссии и часть своего жалованья употреблял на нужды русского храма и общины.
В ЮАР русские эмигранты создали прекрасный хор, который, по отзыву прибывшего батюшки, не уступал в мастерстве лучшим русским церковным хорам в США.
В тесном контакте с русскими находилась более многочисленная сербская община — в основном это были люди, вынужденные эмигрировать в результате Второй мировой войны. В ЮАР имелась большая греческая община, церковной жизнью руководил экзарх митрополит Никодим. Архимандрит Алексий находился с ним в близком контакте, как и со сменившим его митрополитом Павлом. Дружеские отношения поддерживались с настоятелем греческого собора о. Кириллом.
В 1961 г. община арендовала у одного эмигранта литовского происхождения дом, в котором разместились русский храм в честь святого князя Владимира и квартира священника. В связи с этим поступила телеграмма со словами приветствия и благословения от митрополита Анастасия, что воодушевило русскую паству в ЮАР. Начались работы по оборудованию помещения для нужд православного богослужения, храм стал духовным оплотом для всех русских и сербов от мыса Доброй Надежды до Кении. Греческие иерархи Александрийского патриархата в ЮАР неоднократно совершали службы в русской церкви. Дважды посещавший ЮАР по случаю закладки, а затем освящения греческого собора в Претории Александрийский патриарх Николай IV также дважды совершал божественную литургию в русской церкви. В свою очередь, на торжества греческой колонии (около 40 000 человек в Йоханнесбурге) приглашался архимандрит Алексей с членами приходского совета. Русский священник совершал также богослужения в Кейптауне, где использовалась англиканская часовня в приюте для мальчиков, и в Претории, где проживало всего 4 русских, — в греческой церкви, англиканском, или католическом, храмах.
Поездки в отпуск в США архимандрит Алексий использовал для посещения других мест в Африке. Он специально делал остановки по пути следования. Таким образом, русский священник навещал свою паству в Родезии, Бельгийском Конго ив г. Найроби (Кения).
Возвратившись из Америки после совершения паломничества в Иерусалиме и Каире, батюшка имел остановку в Аддис-Абебе, где служил в русской церкви, устроенной на участке земли, подаренном женой абиссинского императора. Постоянного русского священника тогда в столице Эфиопии не имелось, поэтому для нескольких семей наших соотечественников богослужение, совершенное архимандритом, было истинным утешением. Далее архимандрит Алексий посетил г. Виндхук, столицу протектората Юго-Западной Африки.
В связи с сокращением русской общины, ухудшением здоровья и преклонным возрастом архимандрит Алексий в 1975 г. вернулся в США, где жили его дети. Последним местом служения до 1980 г. был приход св. Иоанна Кронштадского в Лос-Анджелесе. Далее он проживал в Сан-Диего, где оформил книгу своих мемуаров.