Долина Тумата и была районом, намеченным для поисковых работ на золото. Смутные сведения о золотоносности этих земель имелись давно, однако побывавший здесь в начале 20-х гг. XIX в. французский минералог Фредерик Кайо не обнаружил месторождений, пригодных для промышленной эксплуатации. То, в чем не преуспел его предшественник, удалось Ковалевскому: в долине Тумата им не только были открыты золотосодержащие россыпи (правда, не слишком богатые), но и налажена их разработка. Тем самым основная задача экспедиции была выполнена, причем с поразительной оперативностью.
Пока у Кассана под присмотром И. Бородина и И. Фомина строилась золотопромывальная фабрика, Е. П. Ковалевский совершил путешествие на юг, в область истоков Тумата, где европейцы до него еще не бывали. «Весело, с гордостью осматривался я вокруг, — вспоминал потом Егор Петрович. — Никто не проникал так далеко внутрь Африки с этой стороны». Обширную равнину к востоку от верхнего течения Тумата, между ним и другим левым притоком Голубого Нила, Дабусом, Ковалевский назвал Николаевской, а протекающую по ней небольшую реку, один из правых притоков Тумата, — Невкой. «Это название, — писал он, — может служить указанием, до каких мест доходил европейский путешественник и к какой нации принадлежал он».
По возвращении в Кассан Е. П. Ковалевский завершил строительство золотопромывальной фабрики и пустил ее в ход, после чего предпринял еще один исследовательский маршрут — на этот раз на юго-запад, к горной вершине Дуль на водоразделе между Туматом и правыми притоками Белого Нила (в этом районе им тоже были обнаружены месторождения золота).
Дальнейшим исследованиям помешали наступление сезона дождей и мучившая Ковалевского тропическая лихорадка. Оставив работавшую полным ходом фабрику на попечение египетских инженеров, Е. П. Ковалевский и его спутники отправились в апреле 1848 г. в обратную дорогу. От того пути, который привел их в долину Тумата, обратный маршрут отличался на участке между Хартрумом и Коромко: от Хартрума экспедиция проследовала через Малую Нубийскую пустыню, или так называемую степь Байюду, до Мероэ и далее двигались вниз по долине Нила — частью на барках по реке, частью посуху. В Аусане русских путешественников ожидал специально присланный за ними из Каира пароход. Доложив египетскому правительству о результатах экспедиции, Е. П. Ковалевский покинул Египет, где в это время свирепствовала холера.
Вернувшись в Петербург, Е. П. Ковалевский представил канцлеру К. В. Нессельроде краткий отчет о своей экспедиции, к которому были приложены записки «Нынешнее политическое и торговое состояние Восточного Судана и Абиссинии» и «Проект торговли России с Египтом и берегами Чермного (то есть Красного) моря».
Научная общественность России узнала о результатах путешествия Ковалевского из его доклада на годичном собрании РГО в январе 1848 г., вскоре опубликованного в печатном органе общества — «Географические известия» (1849, вып. 1), а затем из вышедшей в свет в том же году его двухтомной книги «Путешествие во Внутреннюю Африку». Отдельные путевые очерки Ковалевского были помещены в журналах «Современник» и «Отечественные записки».
Занимаясь исследованиями в бассейне Нила, Е. П. Ковалевский не мог, разумеется, обойти вниманием давно волновавшую умы географов проблему местонахождения истоков этой великой африканской реки. К тому времени было уже осознано, что главной (по протяженности) ветвью Нила является не Голубой Нил, истоки которого были открыты португальским миссионером-иезуитом Педру Паишем в начале XVII в. и затем вторично обнаружены шотландцем Джеймсом Брюсом, посетившим Эфиопию в 1768–1773 гг., а Белый Нил, который в конце 30-х — начале 40-х гг. XIX в. был прослежен египетскими правительственными экспедициями до 4 градусов 42 минут с.ш. Однако истоки Белого Нила оставались окутанными тайной. Участник египетских нильских экспедиций французский инженер Жозеф д'Арна склонялся к мысли о том, что Белый Нил начинается в горах на юге Эфиопии и течет вначале на запад, а потом уже поворачивает на север. К этому мнению присоединились французские исследователи Эфиопии братья Антуан и Арно д'Аббади; более того, они выступили с заявлением, что исток Белого Нила ими уже найден. Этим истоком они считали открытую ими в январе 1846 г. р. Гиббе в эфиопской области Энарея (в действительности речь шла о верховье р. Омо, впадающей в еще неизвестное тогда европейцам бессточное озеро Рудольф).