Таким образом, второе путешествие В. В. Юнкера продлилось более семи лет. За эти годы, невзирая на трудности и болезни, он проделал огромную работу, ежедневно тщательно ведя свои дневники (восемь объемистых томов) и составляя различные карты, в том числе и карты расселения народностей этого региона. Невозможно переоценить его огромный научный вклад во всестороннее изучение области водораздела Нил — Конго — географическое, климатическое, ботаническое, зоологическое, орографическое, гидрографическое. Не меньшее (если не большее) место в его наблюдениях отводилось и различным сторонам быта населяющих эту область народов. И хотя богатейшие коллекции из его второго путешествия погибли, великолепные записи о народах занде, мангбету и других могут служить важным дополнением для работы с коллекциями, привезенными из первого путешествия.
Результаты второго путешествия В. В. Юнкера были высоко оценены географами-современниками. Русское географическое общество избрало его своим почетным членом. Он был приглашен выступать в Берлине, Париже, Лондоне, Эдинбурге, Брюсселе, Стокгольме и других городах. Особую заинтересованность в исследованиях В. В. Юнкера проявил король Бельгии Леопольд II, глава Независимого государства Конго, дважды приглашавший путешественника к себе для бесед — в мае 1887-го и осенью 1888 г.
Однако В. Юнкера, человека скромного, видимо, не привлекала слава знаменитости. Он мечтал о тихом месте, где спокойно сможет работать над подготовкой к изданию многочисленных собранных материалов. Те небольшие сообщения и картографические материалы, которые появлялись во время его первого и второго путешествий в немецких журналах и изданиях Русского географического общества, не могли вместить в себя всех наблюдений. В России издать описание его одиннадцатилетних африканских наблюдений оказалось сложно, и по разным причинам. Одна из них — высокая стоимость научного издания и опасение, что оно не разойдется. Немаловажным оказалось и то обстоятельство, что официальные круги России не были заинтересованы в исследованиях на африканском континенте. Не следует забывать, что многие русские географы и ученые в то время публиковали свои работы за границей. По-видимому, В. В. Юнкер понимал, что написанные по-русски и изданные в России описания его путешествий, все его наблюдения надолго останутся неизвестными для мировой науки, и, вероятно, поэтому решил издать свой труд за рубежом и на немецком языке, который был для него родным. После некоторых поисков издателя и редактора В. В. Юнкер остановил свой выбор на Вене, где и провел несколько лет над обработкой материалов своих путешествий, предназначенных для издания. Его труд состоял из трех томов, вышедших последовательно в 1889, 1890 и 1891 гг. в Вене (более 2000 страниц, с 25 картами, многочисленными рисунками, фотографиями, планами и двумя генеалогическими таблицами).
Труд В. В. Юнкера получил высокую оценку специалистов, он до сих пор считается серьезным вкладом в научную литературу об Африке. На русском языке его работа была издана в кратком популярном пересказе Э. Ю. Петри в 1893 г. (Более подробный, но далеко не полный перевод вышел в Географгизе в 1949 г.)
Закончив осенью 1891 г. работу над изданием последнего тома, В. В. Юнкер поехал в Петербург, к родным. Свирепствовавший там грипп не пощадил и его, спровоцировал взрыв всех приобретенных в Африке болезней. 13 февраля 1892 г. путешественник скончался. Все его африканские труды остались в Вене и позднее попали в архив Географического института Юстуса Пертеса в Готе.
В отечественной науке В. В. Юнкер больше известен как географ, и еще не использованы те его материалы, которые касаются жизни, быта, хозяйства, материальной культуры народов, обитавших в исследованной им области Африки.