Отказ в ассигнованиях на приходские школы старого типа был только частичным осуществлением принципа новых отношений светского вневероисповедного правительства и Церкви. Новая власть через свою обер-прокуратуру предупреждала церковное общество, что впредь отношения государства к православной церкви и другим исповеданиям будут строиться под руководством начала отделения церкви и государства, хотя бы и не в его чистой абстрактной форме. Ежегодные ассигнования в смету св. Синода из государственного казначейства в количестве 55 миллионов рублей (половина бюджета церковного ведомства) должны почитаться временными. Церкви выгоднее для защиты своих позиций и независимости в Учредительном Собрании теперь же, с момента Собора, переходить на собственные средства. Поэтому все издержки по собору были спроектированы новым синодом всецело из сумм синодальной казны. В дополнение к этому Временное правительство выдало на организацию собора лишь скромную сумму в один миллион рублей в том же порядке, как оно выдавало пособия и на другие съезды, например на съезд учителей.
Новая система отношений Церкви к Государству и общественному мнению и подавляющему большинству деятелей Предсоборного Совета мыслилась давно желанным освобождением церкви от унизительной и дух убивающей синодско-консисторской формы зависимости от светской власти. Но радикальное проведение отделения церкви от государства также мыслилось с церковной стороны неприменимым к России, несоответствующим исторической роли православия и вредным для общественной морали. Комиссия Предсоборного Совета, обсуждавшая этот коренной вопрос, состояла из выдающихся русских канонистов (теоретиков и практиков) и профессоров государственного права. Некоторые из них принадлежали к партии конституционно-демократической, и большинство ей сочувствовало. Неудивительно поэтому, что и в программу этой культурнейшей партии, пересмотренную на партийном съезде в Москве (июль 1917 г.), были внесены вновь разработанные пункты о взаимоотношениях церкви и государства, по существу и даже по букве совпадавшие с тем, что сформулировано было и на Предсоборном Совете в С.-Петербурге. Проф. С.А. Котляревский, член партии к.-д., работал над вопросом в Предсоборном Совете и сообщал о результатах сочлену по партии проф. П.И. Новгородцеву, человеку церковно-настроенному, работавшему на съезде в Москве. П.И. Новгородцеву, с его авторитетом, и принадлежит создание этого совпадения либеральной политической мысли с законопроектом церковных кругов.
Вот проект основных положений по данному вопросу, принятый Предсоборным Советом 13 июля 1917 г. Он еще должен был поступить на рассмотрение Собора и уже в исправленном виде быть внесенным в Учредительное Собрание.
«В русском государстве Православная Церковь должна занимать первое, среди других религиозных вероисповеданий, наиболее благоприятствуемое в государстве, публично-правовое положение, приличествующее ей, как величайшей народной святыне, исключительной исторической и культурной ценности, а также религии большинства населения. В соответствии с признанной в новом государственном строе России свободе религиозной совести и вероисповеданий, Православная Церковь должна обладать этой свободой во всей ее полноте. Эти основные начала должны быть выражены в следующих положениях: 1) Православная церковь в России в делах своего устройства, законодательства, управления, суда, учения веры и нравственности, богослужения, внутренней церковной дисциплины и внешних сношений с другими церквами независима от государственной власти (автономна). 2) Постановления, издаваемые для себя Православной Церковью в установленном ею самою порядке, со стороны государства признаются нормами права, имеющими со времени опубликования их церковной властию обязательное значение для всех лиц и установлений, принадлежащих к Православной Российской Церкви, находящихся как в России, так и заграницей. 3) Действия органов Православной Церкви подлежат надзору государства исключительно в отношении их соответствия законам государства; причем эти органы ответственны перед государством только в судебном порядке… …10) Двунадесятые праздники, воскресные и особо чтимые Православной Церковью дни признаются государственной властью неприсутственными днями. 11) Глава русского государства и министр исповеданий должны быть православными. 12) Во всех случаях государственной жизни, в которых государство обращается к религии, преимуществом пользуется Православная Церковь… 17) Православная Церковь получает из средств государственного казначейства ежегодные ассигнования в пределах ее действительных потребностей, под условием отчетности в полученных суммах на общем основании».