При этом светские власти Болгарии постоянно стремились вытеснить Православную Церковь на периферию общественной жизни. Экзарх Иосиф I был вынужден приехать в Софию, где оставался с 18 мая 1881 до 5 сентября 1882 гг. В результате 4 февраля 1883 г. вступил в силу «Устав экзархата, приспособленный для княжества», выработанный на основе устава 1871 г. В 1890 и 1891 гг. в него были внесены дополнения, а 13 января 1895 г. был утвержден новый устав, дополненный в 1897 и 1900 гг. Согласно этим законам, Церковью в Болгарском княжестве управлял Священный Синод, состоящий из всех митрополитов. Экзарх Иосиф I управлял Церковью в княжестве через своего наместника («делегата») в Софии, который должен был избираться митрополитами княжества с одобрения экзарха.
Во время правления князя Александра I Баттенберга (1879–1886) органы государственной власти редко вступали в конфликты с Болгарской Церковью. Ситуация изменилась в правление (1887–1918) князя, с 1908 г. царя, Фердинанда I Кобургского, католика по вероисповеданию. Наместник экзарха митрополит Тырновский Климент по указанию премьер-министра С. Стамболова был объявлен проводником крайнего русофильства и в 1887 г. выслан из столицы. В 1892 г. в связи с браком князя правительство предприняло попытку, проигнорировав Синод, изменить 38-ю статью Тырновской Конституции таким образом, чтобы и преемник Фердинанда I мог быть неправославным. Впрочем, вскоре Фердинад I, решивший нормализовать отношения с Россией, приказал освободить Тырновского митрополита Климента и объявил о своем согласии на переход наследника престола князя Бориса (будущего царя Бориса III) в православие. 2 февраля 1896 г. в Софии в кафедральном храме Святой Недели экзарх Иосиф I совершил таинство Миропомазания наследника[17].
5 октября 1908 г. в г. Велико-Тырново (столице Второго Болгарского царства) в церкви Святых Сорока мучеников состоялось провозглашение независимости Болгарии, при этом страна была объявлена царством, а Фердинанд I – «царем болгар». Тырновский митрополит Климент (Друмев) торжественно короновал его царской короной[18]. Следует отметить, что в целом после освобождения Болгарии влияние и значение Церкви в государстве постепенно снижались[19].
Во время двух Балканских войн 1912–1913 гг. Святейший Синод Российской Церкви послал в Болгарию утварь для 150 новых храмов и часовен в освобожденных болгарских землях[20]. Поражение Болгарии во Второй Балканской войне летом 1913 г., закрепленное текстами Бухарестского (10 августа 1913 г.) и Стамбульского (29 сентября 1913 г.) мирных договоров, было воспринято в стране как «первая национальная катастрофа»[21]. Это поражение привело и к значительному сокращению территории экзархата: пять епархий отошли к юрисдикции Сербской Православной Церкви, Солунская (Фессалоникийская) – Элладской Церкви, а приходы в Южной Добрудже – Румынской Церкви. Во всех этих местах были закрыты болгарские школы, изгнаны архиереи и частично высланы болгарские священники и учителя. В подчинении Болгарского экзархата за пределами Болгарии осталась лишь Маронийская епархия в Западной Фракии. Экзарх Иосиф I сохранил паству главным образом в Константинополе, Адрианополе (Одрине, Эдирне) и Лозенграде и в 1913 г. принял решение перенести свою кафедру в Софию, но на берегах Босфора было оставлено наместничество, которым до его ликвидации в 1945 г. управляли болгарские архиереи[22].
Несмотря на неблагоприятные для русских политические влияния, оказывавшиеся частью болгарского общества, руководство Болгарской Церкви поддерживало братские отношения с Россией. Так, когда болгарские австрофильские круги попытались навязать болгарскому народу унию с Римско-Католической Церковью, экзарх вместе с Синодом обратился с увещательным посланием от 19 декабря 1913 г. к своей пастве, призывая ее хранить святую православную веру и духовное единство с русским народом. Это было последнее послание и завет болгарскому народу экзарха Иосифа I, 3 июля 1915 г. он скончался. Вскоре первенствующий член Святейшего Синода митрополит Петроградский Владимир (Богоявленский) выразил телеграммой искреннее соболезнование наместнику-председателю Болгарского Синода по случаю кончины экзарха.