Эта тщательная и хорошо продуманная инструкция представляет собой, по выражению А. И. Андреева, «большую научную работу». Инструкция была рассчитана на ученого более крупного размаха, чем Фишер. Видимо, тот не обратил на нее никакого внимания. Позже ею как руководством воспользовался Паллас.
Миллер оставался еще два года в Сибири (главным образом в Тобольске) и осматривал архивы в нескольких городах, но в то же время начал уже писать свою «Историю Сибири». Что касается личной его жизни – в Верхотурье он женился (1742). Вернулся в Петербург 14 февраля 1743 года.
Миллер привез из Сибири громадное количество архивных и других материалов, составивших богатейший фонд для научного изучения русской истории.
В академии Миллер был встречен враждебно Шумахером и некоторыми другими недоброжелателями, в том числе Фишером, когда тот вернулся в Петербург в 1750 году.
Начались всякие дрязги.
В 1748 году Миллер принял русское подданство и получил звание историографа с обязательством сочинить «генеральную российскую историю».
Дело об издании «Истории Сибири» затянулось. Миллер написал ее по-немецки. Переводчик, которого ему подыскали, оказался плох. Нашли другого, перевод которого был приемлем. Перевод этот Шумахер разослал нескольким лицам, в частности русскому историку В. Н. Татищеву. Тот дал благоприятный отзыв. «С великим моим удовольствием, – писал он Шумахеру, – присланное от Вас начало Сибирской истории прочитал… Сие есть начало русских участных [областных] историй, и нельзя иного сказать, как хваления и благодарения достойное в ней».
Первый том «Истории Сибири» Миллера был наконец напечатан в 1750 году. Следующие два тома оставались еще в рукописи. Находя, что Миллер затягивает писание книги, академия поручила Фишеру писать продолжение ее. «Сибирская история» Фишера (напечатана по-немецки в 1768 г., в русском переводе в 1774 г.) есть не продолжение Миллера, а сокращенный пересказ сочинения Миллера (как напечатанного первого тома, так и части, оставшейся в рукописи).
Миллер перестал писать продолжение истории Сибири и занялся подготовкой писания русской истории. Он был одним из первых русских ученых, заинтересовавшихся более поздними этапами русской истории. Среди его трудов есть «Опыт новейшей истории России» и «Известие о дворянах российских».
В 1765 году указом Екатерины II Миллер был назначен главным надзирателем новоучрежденного в Москве воспитательного дома с оставлением за ним звания историографа. Как Миллер сам написал в автобиографии, принял он эту должность «в уповании, что при том возможно мне будет пользоваться московскими архивами для российской истории, о чем я и был обнадежен».
Ввиду переезда в Москву Миллер просил академию разрешения взять туда все привезенные им из Сибири архивные материалы. Просьба его была удовлетворена. Уже в 1766 году он был уволен из воспитательного дома и назначен «членом государственной коллегии иностранных дел при московском архиве». Через год Миллер был назначен начальником архива.
Миллер поставил себе целью сделать из архива научное учреждение. Он создал целую школу ученых архивариусов: Штриттер, Малиновский, Бантыш-Каменский. В этот архив Миллер положил и свои «портфели», среди которых было тридцать фолиантов актов, списанных из сибирских архивов.
Но заняться писанием «российской истории» Миллер был уже не в силах. В 1767 году он написал Екатерине II, что рекомендует ей для этой задачи князя М. М. Щербатова.
В 1772 году Миллер был поражен параличом, но тем не менее продолжал неустанно работать до самой своей смерти (1783).
Миллер заложил прочный фундамент для занятий русской историей, собрав громадное количество актового архивного материала и показав необходимость на нем основывать исследование русской истории. Несколько поколений русских историков и издателей документов по русской истории пользовались сокровищами миллеровских «портфелей».