В новгородском управлении важное значение имел местный епископ. До половины XII в. его рукополагал русский митрополит с собором епископов в Киеве, следовательно, под влиянием великого князя. Но со второй половины XII в. новгородцы начали выбирать из местного духовенства и своего владыку, собираясь «всем городом» на вече и посылая избранного в Киев к митрополиту для рукоположения. Первым таким выборным епископом был игумен одного из местных монастырей Аркадий, избранный новгородцами в 1156 г. С тех пор за киевским митрополитом осталось лишь право рукополагать присланного из Новгорода кандидата.
Так во второй и третьей четверти XII в. высшая новгородская администрация стала выборной. В то же время новгородцы начали точнее определять и свои отношения к князьям. Усобицы князей давали Новгороду возможность и приучали его выбирать между князьями-соперниками и налагать на выбранного князя известные обязательства, стеснявшие его власть. Сами князья поддерживали эту привычку.
Вместе с успехами самоуправления общественная жизнь Новгорода принимала все более беспокойное, шумное течение и делала положение новгородского князя все менее прочным, так что князья иногда сами отказывались править своевольным городом, даже тайком ночью бегали из него. Один князь в XII в. сказал другому, позванному править на Волхове: «Не хлопочи о Новгороде, пусть управляются сами, как умеют, и ищут себе князя, где хотят». Всеволод III, бесцеремонно нарушавший все вольности, приобретенные Новгородом, иногда позволял им выбирать князя по своей воле, а в 1196 г. он и другие князья дали Новгороду свободу — «где им любо, ту собе князя поимают», берут князя из какой им угодно княжеской линии.
Договоры с князьями. Новгородскими рядами, в которых излагались принимаемые выбранным князем обстоятельства, и определялось его значение в местном управлении. Неясные следы таких договоров, скреплявшихся крестным целованием со стороны князя, появляются уже в первой половине XII в. Позднее они яснее обозначаются в рассказе летописца. В 1209 г. новгородцы усердно помогали великому князю Всеволоду суздальскому в его походе на Рязанскую землю. В награду за это Всеволод сказал новгородцам: «Любите, кто вам добр, и казните злых». При этом, добавляет летописец, Всеволод дал новгородцам «всю волю и уставы старых князей, чего они хотели». Итак, Всеволод восстановил какие-то старые уставы князей, обеспечивавшие права новгородцев, и предоставил городу судебную власть в известных делах, точнее, право самовольной расправы с неугодными согражданами. В 1218 г. из Новгорода ушел правивший им Мстислав Мстиславич Удалой, князь торопецкий. На место его прибыл его смоленский родич Святослав Мстиславич. Этот князь потребовал смены выборного новгородского посадника Твердислава. «А за что, — спросили новгородцы, — какая его вина?» «Так, без вины», — отвечал князь. Тогда Твердислав сказал, обращаясь к вечу: «Рад я, что нет на мне вины, а вы, братья, и в посадниках, и в князьях вольны». Тогда вече сказало князю: «Вот ты лишаешь мужа должности, а ведь ты нам крест целовал без вины мужа должности не лишать». Итак, уже в начале XIII в. князья крестным целованием скрепляли известные права новгородцев. Условие не лишать новгородского сановника должности без вины, т. е. без суда, является в позднейших договорах одним из главных обеспечений новгородской вольности.
Льготы, которых добились новгородцы, излагались в договорных грамотах. Первые договорные грамоты, в которых излагались политические льготы Новгорода, дошли до нас от второй половины XIII в. Их три: они содержат в себе условия, на которых правил новгородской землей Ярослав Ярославич тверской. Две из них написаны в 1265 г. и одна — в 1270 г. Позднейшие договорные грамоты с некоторыми изменениями и прибавками повторяют условия этих договоров с Ярославом. Изучая их, мы видим основания политического устройства Новгорода, главные условия его вольности. Здесь новгородцы обязывают князя целовать крест, на чем целовали деды и отцы и его отец Ярослав. Главное общее обязательство, падавшее на князя, состояло в том, чтобы он правил, «держал Новгород в старине по пошлине», по старому обычаю. Значит, условия, изложенные в грамотах Ярослава, были не нововведением, а заветом старины. Договоры определяли: 1) судебно-административные отношения князя к городу, 2) финансовые отношения города к князю, 3) отношения князя к новгородской торговле.