Так Екатерина, не имея годных к власти надежных людей, не могла ни на кого опереться. Она была одинока, и это замечали даже иностранные послы. Они видели и то, что Екатерина переживала вообще трудные минуты. Придворная среда относилась к ней с некоторой требовательностью; как люди, возвышенные ею, так и люди, имевшие силу ранее, осаждали ее своими мнениями и просьбами, потому что видели ее слабость и одиночество и думали, что она им обязана престолом. Французский посол Бретейль писал: «В больших собраниях при дворе любопытно наблюдать тяжелую заботу, с какой императрица старается понравиться всем, свободу и надоедливость, с какими все толкуют ей о своих делах и о своих мнениях... Значит, сильно же чувствует она свою зависимость, чтобы переносить это».
Это свободное обращение придворной среды было очень тяжело Екатерине, но пресечь его она не могла, потому что не имела верных друзей, боялась за свою власть и чувствовала, что сохранить ее она может только любовью двора и подданных. Она употребляла все средства, чтобы, по выражению английского посла Букингама, приобрести доверие и любовь подданных.
Были у Екатерины действительные основания опасаться за свою власть. В первые дни ее правления среди армейских офицеров, собранных на коронацию в Москву, шли толки о состоянии престола, об императоре Иоанне Антоновиче и великом князе Павле. Некоторые находили, что эти лица имеют больше прав на власть, чем императрица. Все эти толки не выросли в заговор, но очень тревожили Екатерину. Значительно позднее, в 1764 году, обнаружился и заговор для освобождения императора Иоанна. Иоанн Антонович со времени Елизаветы содержался в Шлиссельбурге. Армейский офицер Мирович сговорился со своим товарищем Ушаковым освободить его и его именем совершить переворот. Оба они не знали, что бывший император в заключении лишился ума. Хотя Ушаков утонул, Мирович и один не отказался от дела и возмутил часть гарнизона. Однако при первом же движении солдат, согласно инструкции, Иоанн был заколот своими надсмотрщиками, и Мирович добровольно отдался в руки коменданта. Он был казнен, и его казнь страшно подействовала на народ, при Елизавете отвыкший от казней. И вне войска Екатерина могла ловить признаки брожения и неудовольствия: не верили смерти Петра III, говорили с неодобрением о близости Г.Г. Орлова к императрице. Словом, в первые годы власти Екатерина не могла похвалиться, что имеет под ногами твердую почву. Особенно неприятно ей было услышать осуждение и протест из среды иерархии. Митрополит ростовский Арсений (Мацеевич) поднял вопрос об отчуждении церковных земель в такой неудобной для светской власти и для самой Екатерины неприятной форме, что Екатерина нашла нужным поступить с ним круто и настояла на его расстрижении и заключении.
При подобных условиях Екатерина, понятно, не могла сразу выработать определенную программу правительственной деятельности. Ей предстоял тяжелый труд сладить с окружающей средой, примениться к ней и овладеть ею, присмотреться к делам и главным потребностям управления, выбрать помощников и узнать ближе способности окружающих ее лиц. Понятно, как мало могли помочь ей в этом деле принципы ее отвлеченной философии, но понятно, как много помогли ей природные способности, наблюдательность, практичность и та степень умственного развития, какою она владела вследствие широкого образования и привычки к отвлеченному философскому мышлению. Упорно трудясь, Екатерина провела первые годы своего царствования в том, что знакомилась с Россией и с положением дел, подбирала советников и укрепляла свое личное положение во власти.
Тем положением дел, которое она застала, вступая на престол, она не могла быть довольна. Главная забота правительства – финансы были далеко не блестящи. Сенат не знал точно цифры доходов и расходов, от военных расходов происходили дефициты, войска не получали жалованья, а беспорядки финансового управления страшно запутывали и без того плохие дела. Знакомясь с этими неприятностями в Сенате, Екатерина получала понятие о самом Сенате и с иронией относилась к его деятельности. По ее мнению, Сенат и все прочие учреждения вышли из своих оснований: Сенат присвоил себе слишком много власти и подавил всякую самостоятельность подчиненных ему учреждений. Напротив, Екатерина в известном своем манифесте 6 июля 1762 года (в котором она объясняла мотивы переворота) желала, чтобы «каждое государственное место имело свои законы и пределы». Поэтому она постаралась устранить неправильности в положении Сената и дефекты в его деятельности и мало-помалу свела его на степень центрального административно-судебного учреждения, воспретив ему законодательную деятельность. Это было сделано ею очень осторожно; для скорейшего производства дел она разделила Сенат на шесть департаментов, как это было при Анне, придав каждому из них специальный характер (1763), с Сенатом стала сноситься через генерал-прокурора А.А. Вяземского и дала ему секретную инструкцию не поощрять Сенат на законодательную функцию; наконец, повела все свои важнейшие мероприятия помимо Сената своею личною инициативою и авторитетом. В результате была существенная перемена в центре управления: умаление Сената и усиление единоличных властей, стоявших во главе отдельных ведомств. И все это достигнуто исподволь, без шума, крайне осторожно.