Но в то время как низложенный патриарх таял в заточении, дело, начатое им, продолжало волновать русское общество и вызывать усиленную деятельность власти. Собор русских архиереев избрал по жребию из трех кандидатов, преемников Никону, троицкого архимандрита Иосафа, и во главе с избранным передал обсуждению вселенских патриархов вопросы, касающиеся исправлений в русской церкви. Главнейшим из этих вопросов был вопрос о расколе. Вселенские патриархи вполне утвердили приговор русского собора 1666 года, и новый собор, уже с участием вселенских патриархов и греческих архиереев, произнес анафему на раскольников в самых сильных выражениях.
«Сие наше соборное повеление и завещание ко всем вышереченным чином православным предаем и повелеваем всем неизменно хранити и покорятися святей Восточней церкви. Аще ли же кто не послушает повелеваемых от нас и не покорится святей Восточней церкви и сему освященному собору, или начнет преклословити и противлятися нам: и мы таковаго противника, данною нам властию от всесвятаго и животворящаго Духа, аще будет от освященнаго чина, извергаем и обнажаем его всякаго священнодействия и благодати, и проклятию предаем; аще же от мирскаго чина, отлучаем и чужда сотворяем от Отца и Сына и Святаго Духа, и проклятию и анафеме предаем, яко еретика и непокорника, и от православнаго всесочленения и стада и от церкви Божия отсекаем яко гнил и непотребен уд, дондеже вразумится и возвратится в правду покаянием. Аще ли кто не вразумится и не возвратится в правду покаянием, и пребудет в упрямстве своем до скончания своего: да будет и по смерти отлучен и непрощен, и часть его и душа со Иудою предателем, и с распеншими Христа Жидовы, и со Арием и с прочими проклятыми еретиками, железо, камение и древеса да разрушатся и да растлятся, а той да будет неразрешен и неразрушен и яко тимпан, во веки веков аминь. Сие соборное наше узаконение и изречение подписахом и утвердихом нашими руками, и положихом в дому Пресвятыя Богородицы честнаго и славнаго ея Успения, в патриархии богохранимаго царствующаго великаго града Москвы и всея России, в вечное утвержение и в присное воспоминание, в лето от сотворения мира 7175, от воплощения же Бога слова 1667, индикта 5, месяца мая в 13 день».
Этот приговор имел чрезвычайную важность в последующей истории раскола; он утвердил непримиримую вражду между господствующею церковью и несогласными с нею противниками никоновских исправлений. С одной стороны, православная русская церковь с трудом могла снисходительно относиться к заблуждениям и невежеству раскольников, после того, как над ними состоялось такое страшное проклятие, утвержденное вселенскими патриархами; а с другой – раскольники лишены были уже права и возможности надеяться на какую-нибудь сделку с церковной властью и становились непримиримыми врагами существующего церковного строя, а вместе с тем и государственной власти, стоявшей на стороне церкви. Такое положение дел выказалось тотчас же после собора в бунте Соловецкого монастыря.
Этот монастырь, с самого же начала, показал себя против исправлений и все более и более делался пристанищем недовольных. В 1666 году там был архимандрит Варфоломей. Братия не любила его. Царь пригласил его на собор и после собора назначил ему другой монастырь, а в Соловки отправил архимандритом иного, по имени Иосиф. Прежний архимандрит поехал в Соловки вместе с новым, чтобы сдать последнему монастырь. Тут вспыхнул мятеж. Братия не хотела принимать нового архимандрита и прогнала его вместе с прежним. Царь, по окончании собора, отправил в Соловецкий монастырь для увещания спасо-ярославского архимандрита Сергия, того самого, который был приставом у Никона после его осуждения. Его также прогнали. Зачинщиками противодействия были тогда келарь Азарий, казначей Геронтий, а в особенности живший на покое архимандрит Никанор. Этот последний был прежде архимандритом в Саввином монастыре, пользовался расположением царя Алексея Михайловича, воспротивился было исправлению книг, на соборе принес покаяние, но, будучи отпущен в Соловки на покой, показал себя самым заклятым раскольником. «Не принимаем новоизданных книг, – кричали Соловецкие мятежники, – не хотим знать троеперстного сложения, имени Иисусе, трегубого аллилуйя! Все это латинское предание, антихристово учение; хотим оставаться в старой вере и умирать за нее!..»