Тем не менее, возвращаясь после прогулки с найденным пуделем, Фауст открывает Библию и начинает переводить первую фразу книги Бытия.
В этом состоянии кризиса Фауст заключает договор с дьяволом на условиях «отложенной продажи». Мефистофель будет исполнять любое желание Фауста, предложит ему все жизненные искушения и удовольствия, но сможет получить душу доктора, как только тот почувствует пресыщение и захочет остановить личное время:
После заключения сделки Фауст бросается в море жизни. Но ему кажутся скучными развлечения и радости простонародья (глава «Погреб Ауэрбаха в Лейпциге»), он отказывается и «жить без размаху», погрязнуть в обыденности, возделывая свое поле или сад (к этой мудрости приходил герой философской повести Вольтера «Кандид, или Оптимизм», 1759), даже визит на кухню ведьмы оставляет его равнодушным. Однако волшебное зелье ведьмы возвращает герою молодость.
Кульминация первой части «Фауста» – история любви. Герой юношески влюбляется в Маргариту (Гретхен), соблазняет ее и погружает девушку и ее семью в череду бедствий. Философская фабула приобретает здесь черты мрачного «готического» романа: от яда гибнет мать Маргариты, Фауст убивает ее брата и бежит из города. Во время шабаша ведьм, Вальпургиевой ночи, к Фаусту является призрак Гретхен, в нем пробуждается совесть, и он требует от дьявола спасения женщины, которая оказалась в тюрьме за убийство рожденного ею ребенка. На вороных конях прилетев в тюрьму и сломав засов, Фауст предлагает любимой побег, но Маргарита (в этой сцене она похожа на безумную Офелию из «Гамлета») отказывается и в ожидании казни подчиняет себя Божьей воле.
Финал первой части строится как продолжение спора Бога и дьявола в «Прологе на небесах». «Она / Осуждена на муки!» – радостно восклицает Мефистофель. «Спасена!» – звучит «голос свыше».
Гёте сочиняет не психологический роман, а философскую драму. Во второй части «Фауста» герой предстает не кающимся грешником, а человеком, который проявляет себя теперь уже не в личной жизни, а на общественном поприще. Здесь Фауст оказывается при дворе императора, потом – в таинственной пещере, потом – в глубокой древности, откуда приводит мифологическую Елену Прекрасную. Рожденный от их брака сын вскоре умирает. А Фауст получает от императора земли на берегу моря и начинает осушать их, чтобы построить общество всеобщей гармонии и счастья. Ожидая завершения работ, снова постаревший и ослепший Фауст произносит наконец магическую, давно ожидаемую Мефистофелем фразу.
После этих слов Фауст умирает. Однако торжество Мефистофеля оказывается недолгим. Появляющиеся ангелы отбивают душу Фауста у бесов и уносят на небеса. Трагедия на самом деле оканчивается апофеозом: души Фауста и Маргариты встречаются и вместе они воспаряют к престолу Богоматери.
Ангелы, которые «парят в высшей атмосфере, неся бессмертную сущность Фауста», объясняют мотивы Божьего прощения: