Осенью 1790 г. Карамзин вернулся в Россию в модном фраке, модной высокой прическе, с лентами на башмаках, с множеством французских, немецких и английских книг, с запасом идей, впечатлений и воспоминаний на много лет. Его подготовка к самостоятельной литературной деятельности закончилась. С 1791 г. он начал издавать «Московский Журнал», выходивший два года. Это был превосходный журнал по тем временам, и он имел большой успех. Карамзин печатал в нем много своих повестей и стихотворений: «Бедная Лиза», помещенная в нем, произвела фурор. Московские девушки и юноши, прочитав повесть и умилившись печальной судьбой ее героини, ходили к Симонову монастырю и любовались на пруд, в котором она утопилась. Другие повести Карамзина также читались нарасхват. В своем журнале Карамзин печатал по частям и «Письма русского путешественника» – литературно обработанные записки своего путешествия. Слава пришла к Карамзину, когда ему было всего 25 лет; молодежь поклонялась ему; скоро он стал признанным авторитетом в литературе.
В 1792 г. Новиков был заключен в крепость, и масонская организация в Москве была окончательно разгромлена. Карамзин, давно разошедшийся с масонами, тем не менее мужественно выступил в печати с осуждением расправы над ними; он опубликовал свою оду «К'милости», в которой достаточно прозрачно высказал свое отношение к действиям Екатерины по отношению к Новикову и его друзьям. Между тем, и сам Карамзин был на подозрении у властей, прежде всего как ученик масонов. Реакция свирепствовала в литературе, и правительство проявляло подозрительность выше меры по отношению ко всякой сколько-нибудь независимой мысли. Карамзин не мог не негодовать, видя разгул реакции. Все это вместе взятое привело к тому, что Карамзин принужден был сократить свою литературную активность. Он чувствовал себя опальным. Прекратив издание «Московского Журнала», дававшего ему хотя бы умеренный заработок, он издал в 1793 и 1794 гг. два тома альманаха «Аглая», в значительной мере наполненные произведениями самого редактора-издателя; в 1794 г. он напечатал сборник своих повестей и стихотворений «Мои безделки». В 1796–1799 гг. вышли три томика стихотворного альманаха, собранного Карамзиным, – «Аониды».
Карамзин занимался литературой профессионально; более того, литература была его единственным делом; она приносила ему и средства к жизни. В этом отношении он также явился новатором. До него только «мелкотравчатые» писатели, вроде Матвея Комарова, зарабатывали литературой на пропитание. Уже Чулков или Эмин служили, были чиновниками, и литературная работа была для них дополнительным занятием и источником дохода. Писатели же дворяне вообще не смотрели на литературу как на профессию, приносящую средства к жизни, хотя и им иногда приходилось прибегать к своему перу ради заработка (например Княжнину).
Карамзин первый среди ведущих писателей открыто сделал литературу профессией, притом профессией почетной, уважаемой. Он поднял в этом смысле авторитет писателя, он нисколько не стеснялся того, что его кормит его благородная профессия, и именно он узаконил право писателя получать деньги за свой творческий труд. Он нигде не служил, не был помещиком, не имел чинов, не имел никаких особых званий; он был дворянин и литератор, и добился такого положения, что восторженные юноши в Петербурге мечтали о том, чтобы хоть пешком пойти в Москву посмотреть на него. Роль Карамзина в истории писательского дела в России была очень велика и положительна. Следует также подчеркнуть, что Карамзину удалось расширить круг читателей хорошей книги в России. Его повести, «Московский Журнал», альманахи проникли в провинцию, читались людьми самых разных степеней культуры. Его успех приохотил к чтению серьезней книги многих, ранее читавших только «низовую» книгу. Он подготовил возможность восприятия сравнительно широким кругом русских людей не только поэзии Жуковского, но поэзии Пушкина.
В царствование Павла I, в период жесточайшей реакции, Карамзину пришлось совсем туго; он занимался в это время главным образом переводами, знакомя русских читателей со многими, до тех пор неизвестными им произведениями западных литератур; но и с переводами было трудно: цензура не хотела пропускать переводы из Демосфена, Цицерона, Саллюстия, потому что они были республиканцами. В 1802 г., при Александре I, Карамзин вновь принялся за издание журнала «Вестник Европы»; это был журнал не только литературный, но и общественно-политический, первый прообраз журналов XIX в.