Чехия была объявлена «Протекторатом Богемии и Моравии», подконтрольном наместнику рейха. На территории Протектората объявили режим военного положения. Как и во время Первой мировой войны, Чехия стала одним из промышленных центров Третьего рейха, откуда на фронт поставлялась значительная часть немецкого оружия. Не согласные с фашистским режимом чехи либо эмигрировали, либо были схвачены гестапо и брошены в концентрационные лагеря.
Столица сопротивления
Прага, как и во все времена, стала объединяющим центром народного неповиновения гитлеровским порядкам.
Уже через месяц после «мюнхенского предательства» начались первые массовые демонстрации неповиновения новым властям. Произошли столкновения с полицией и гестапо. Имя студента Карлова университета Яна Оплетала, скончавшегося от полученных ран во время беспорядков на улицах Праги, стало символом борьбы против оккупантов для студентов всего мира.
Восстание молодежи было подавлено. По особому указу из Берлина в Праге были закрыты все высшие учебные заведения. Введены дополнительные ограничения гражданских свобод.
Однако ничто и никто не мог сломить стремление к независимости, заложенной в сознание пражан легендарной прародительницей Либуше. Движение Сопротивления гитлеровскому режиму не только не ослабело, но разворачивалось все с большей силой. Ярким примером сплоченности рядов борцов за освобождение от поработителей является случай с покушением на наместника рейха в Протекторате Рейнхарда Гейдриха, который впоследствии скончался от полученных ран.
Парашютисты, устроившие покушение, какое-то время скрывались в пражском храме христианских святых первоучителей Кирилла и Мефодия. Только из-за предательства одного из участников операции они были убиты. В массовых репрессиях гитлеровцев, последовавших после этого покушения, пострадали не только жители Праги, но и священнослужители. Гестапо арестовало и епископа Горазда. После пыток он вместе с другими представителями православного духовенства был расстрелян осенью 1942 года.
Нацисты запретили деятельность Чешской православной церкви.
Офицер-священник Андрей Коломацкий
Несмотря на гонения, православная церковь Чехии, как всегда, оставалась верной своей пастве и в годы Второй мировой войны. Священнослужители во главе с епископом Гораздом старались воодушевлять людей в непростое военное время. Еще до своей гибели епископ Горазд писал: «Если справедливость должна победить, — в чем я нисколько не сомневаюсь, — то я убежден, что победа последует за Советским Союзом, на который вероломно, ни за что напала гитлеровская Германия… Мы должны что-то делать… Весь наш народ борется не на жизнь, а на смерть, равным образом как русский, сербский и другие народы. Пусть будет, что будет, но мы не можем отстать от начатой справедливой борьбы…»
После ликвидации нацистами Богемско-Моравской епархии в 1942 году ряд православных общин ушли в подполье. Одной из таких общин в Праге руководил сподвижник казненного владыки Горазда — архимандрит Андрей, хорошо известный не только среди пражских прихожан, но и во всей Чехии. В прошлом бывший русский офицер Андрей Коломацкий, решивший после эмиграции в Прагу посвятить себя Богу, был наделен Божьим даром строителя-созидателя.
С благословения епископа Горазда, он построил в Чехии много православных храмов, сооружал иконостасы.
Несмотря на смертельную опасность со стороны гитлеровских оккупантов, Андрею Коломацкому удалось пробраться в Прагу, где священник в одном из частных домов паствы тайно проводил богослужения, здесь же он бесстрашно выполнял свой долг, совершая обряды венчания, крещения, отпевания, исповедовал прихожан. Впоследствии многие люди с благодарностью вспоминали моральную помощь и поддержку, которую оказал им русский священник Коломацкий…
Как отмечал историк и писатель, исследователь истории Православной церкви Михаил Витальевич Шкаровский, сразу после освобождения Чехии от гитлеровской оккупации советскими войсками началось не только возрождение Православной церкви Чехии с помощью великой восточной Русской церкви, но и постепенный переход чешской епархии под юрисдикцию Московского Патриархата, который завершился к 1948 году. А весной 1946 года главой экзархата Русской церкви в Чехословакии стал епископ Ростовский и Таганрогский Елевферий (Воронцов), получивший титул Пражского и Чешского архиепископа.