Авторитет русских православных священников после такой блистательной победы в удушающей атмосфере нацистской оккупации еще больше укрепился. Множество людей — верующих и не верующих — собрались в Праге в апреле 1941 года для чествования владыки Сергия в связи с двадцатилетним юбилеем его епископской деятельности. Люди молились за его здоровье и благоденствие…
Как только друзья-священники, епископ Сергий и архимандрит Исаакий, узнали о нападении фашистской Германии на Советский Союз, они незамедлительно начали служить молебны, прося Бога о даровании победы над фашистами. М. В. Шкаровский писал: «Отец Исаакий присоединился к призыву проживавшего в США митрополита Вениамина (Федченкова) оказать поддержку русскому народу и призвал свою паству к участию в сборе пожертвований для русских.
Он исповедовал скрывавшихся советских военнопленных… Как бывший кадровый офицер, отец Исаакий публично с восхищением отмечал храбрость и мужество русских солдат, что было небезопасно в оккупированной Чехословакии…».
По свидетельству современников, владыке Исаакию было во сне знамение: будто Вячеслав Чешский предсказал победу России над Германией. М. В. Шкаровский приводит воспоминания самого отца Исаакия об этом чудесном пророчестве. Во сне он оказался возле статуи святого Вячеслава, начал молиться, и вдруг: «…слышу шорох и вижу, что статуя ожила, — рассказывал владыка, — одежда цветная, и говорит мне на Вы: Скажите своим друзьям, русским, и моим друзьям-чехам, что я упросил Бога пощадить славян, и они выйдут победителями из этой войны. Это — за то, что Вы усердно молитесь Богу и почитаете меня…»
Многим русским приходам удалось выжить во время войны благодаря стараниям и усилиям епископа Сергия и архимандрита Исаакия. А в Успенской церкви в пражских Ольшанах в военные годы даже работали русские художники во главе с Т. В. Косинской. Здесь они продолжали расписывать стены храмы фресками по эскизам известного русского художника Ивана Билибина…
Многие русские эмигранты покинули Прагу перед приходом советских войск в 1945 году, спасаясь от репрессий. Епископу Сергию и архимандриту Исаакию тоже предлагали уехать на Запад, но они отказались. Русские священники для поднятия бодрости духа уставших от оккупации жителей чешской столицы даже провели крестный ход. Мужественные друзья-священнослужители встретили хлебом-солью советских солдат-освободителей Праги, а также отслужили благодарственный молебен во славу одержанной над фашистской Германией победы.
Епископа Сергия арестовали в 1945 году, но потом отпустили, и он продолжил свой священный труд. Архимандрит Исаакий захотел добровольно вернуться на родину, но тоже был арестован и вывезен в Россию под конвоем. Но по заступничеству Патриарха Алексия вскоре его освободили. Однако отец Исаакий после тюрьмы в Прагу не вернулся и остался жить в России…
Жизненный путь, равно как и разговор с Богом, — у каждого свой…
Нелегкий выбор
Оккупация Чехословакии нацистскими войсками положила конец «Русской акции» Масарика. Наряду с чешскими учебными заведениями было закрыто большинство русских научных и образовательных учреждений. Материальная поддержка русских эмигрантов практически прекратилась.
Перед каждым из русских, находящихся в то время в Праге, встал нелегкий выбор. Колония эмигрантов разделилась условно на две части. Одни все еще верили, что смогут вернуться на родину после того, как фашистская Германия освободит Россию от большевиков, а потому всячески искали компромиссы с оккупационным режимом в Праге с целью во что бы то ни стало продолжать работать, сохранив якобы тем самым научный и творческий потенциал для будущего его применения на освобожденной родине.
Другие справедливо считали, что той России, откуда они вынужденно бежали в далекие двадцатые годы, уже нет и не будет. А так как фашистский режим был также неприемлем ими, то единственным выходом для них стала новая эмиграция. И какая-то часть так и поступила.