Побеги арестантов и испытуемых из психиатрических больниц вызывают со стороны губернаторов требования усиленного надзора, ввода вооруженной стражи внутрь психиатрических отделений. Такие требования предъявляются в Нижнем-Новгороде, Симферополе, Курске, Кишиневе (в Кишиневе в палаты вводят переодетых стражников для надзора). В Вятке испытуемых помещают в больницу в кандалах под охраной внутри отделения стражи с оружием. Большой конфликт происходит в Петербурге, когда арестованный испытуемый Кумлин в июне 1909 г. был помещен по требованию Тюремного управления в больницу «Николая чудотворца» в кандалах. Больного, в конце концов, перевели обратно в тюрьму, но начальник Тюремного управления Боровитин вошел в Медицинский совет с предложением считать кандалы допустимыми в психиатрических учреждениях. Этот же вопрос Боровитин перенес даже на обсуждение III съезда психиатров в 1910 г.; само собой понятно, что съезд не мог согласиться с Боровитиным. Вследствие побега Пилсудского из больницы «Николая чудотворца», должен был уйти в отставку О. А. Чечотт; в Москве, вследствие побега убийцы своих родных А. Кара, должен был уйти главный врач Преображенской больницы И. В. Константиновский.
В ответ на стремление земств избавиться от содержания арестованных и испытуемых в земских психиатрических больницах Сенат 23 октября 1906 г. постановляет, что «земские учреждения обязаны принимать на лечение и испытание арестованных, требуя за это платы от казны»… И лишь в 1908 г. при окружных психиатрических лечебницах начинают создаваться «крепкие» отделения для арестованных: в Казани на 80 коек, в Виннице на 50, в Вильно на 100, в Москве на 180, в Томске на 100 и в Варшаве на 80 коек. Но этих мест оказалось недостаточно, и во многие земские больницы арестантов помещали вплоть до революции.
Там, где в земских и городских самоуправлениях (в Курске, в Одессе) во главе стояли черносотенцы, они яро обрушиваются на «третий элемент» и на медицинские учреждения вообще. В Одессе, например, в ноябре 1908 г. черносотенная Городская дума постановила сократить число коек психиатрической больницы до 150 и сделала распоряжение об увольнении 90 служителей; у смотрителя Сваричевского, который предупредил служителей об увольнении, был произведен обыск, а сам он арестован. Даже врачебный инспектор вынужден был протестовать против такой «деятельности» черносотенцев. В Курске заведывание хозяйством совершенно изымается из ведения директора психиатрической лечебницы и передается члену управы — черносотенцу; постепенно все врачи были разогнаны: уходят врачи Растегаев, Панафидина, Талаловский, вынужден был уйти директор и устроитель колонии П. Д. Максимов.
Наконец, в 1912 г. правительство и черносотенцы организовали процесс Бейлиса, обвиняя его в совершении ритуального убийства. Психиатр проф. И. А. Сикорский и профессор судебной медицины Военно-медицинской академии Косоротов, приглашенные в качестве экспертов, на предварительном следствии позорно «доказывают» ритуальный характер убийства, но суд присяжных оправдывает Бейлиса.
Политическая борьба находит свое выражение среди персонала психиатрических больниц в ряде конфликтов: еще в 1905 г. был вывезен на тачке младшими служащими главный врач Харьковской больницы П. И. Якобий, не понявший глубокого смысла событий 1905 г. и видевший в них лишь нарушение дисциплины, мешавшее правильному лечению больных; должен был уйти в отставку главный врач Саратовской больницы С. И. Штейнберг, пригласивший во время волнений в больницу полицию. Главный врач больницы «Николая чудотворца» в Петербурге Н. Н. Реформатский, отличавшийся бюрократическими строгостями, также был вывезен на тачке, после чего 39 человек персонала были арестованы, а в больницу была надолго введена полиция. В 1908 г. происходит забастовка младшего персонала в Вологде, и главный врач П. П. Стрельцов должен был выйти в отставку. Происходят конфликты младших врачей с директорами в Московской психиатрической клинике (проф. Сербский), в Саратове (В. А. Муратов), в Смоленске (В. М. Бяшков), в Кишиневе (А. Д. Коцовский). Поводом к конфликту являлось требование ввести, согласно постановлению II съезда психиатров, коллегиальное управление.
Весьма интересна и история возникновения Русского союза психиатров и невропатологов, характеризующая всю эту эпоху (обсуждение и утверждение устава союза длилось с 1894 по 1908 г.). Стремление врачей к участию в общественной жизни страны могло реализоваться лишь в форме созыва губернских съездов врачей и учреждения в 1883 г. Пироговского общества. Даже эта форма объединения была достигнута с большим трудом, и почти каждый съезд преодолевал немало полицейских препон. I съезд отечественных психиатров, происходивший в начале 1887 г., также не вызвал большого одобрения начальства; созыв II съезда встретил большие препятствия.