В отличие от Греции, Русь предпочла другой тип — «Умиление». Младенец прижимает Свою щеку к щеке Матери, лицо которой выражает, скорее, нежность, чем величие. В Новгороде почитали еще и третий тип иконы Богородицы, который также был заимствован у греков. В Византии этот тип изображения назывался «Эммануил». Мария изображалась молящейся (Oranta) с воздетыми кверху руками, с медальоном на груди, внутри которого Божественный Младенец до Своего рождения. На Руси эта икона называлась «Знамение», в память о выдающемся политическом событии 1169 года. Считалось, что победа республиканской новгородской армии над коалицией князей под руководством Андрея Боголюбского была достигнута благодаря заступничеству этой иконы Богородицы, которая стала, таким образом, Покровительницей города.
Другие «местные» иконы на иконостасе посвящались святому или празднику, в память или во имя которого был освящен храм, а также другим почитаемым святым, среди которых первое место занимает святитель Николай Чудотворец. На боковых дверях обычно изображались два архангела — Михаил и Гавриил — прекрасные юноши в эллинистическом стиле. Царские врата, состоящие из двух, решетчатых или сплошных, створок также украшались небольшими иконами, обычно их было шесть, причем две изображали Благовещение, а четыре угловых — евангелистов или отцов Церкви.
Второй, меньший по размерам, ряд икон представлял 12 главных («двунадесятых») праздников церковного календаря, общее количество которых часто превосходило предписанное число. В разных храмах число рядов могло варьироваться. Обычно один ряд посвящался пророкам с Богородицей, сидящей посредине, еще один ряд — апостолам с расположенной посредине композицией, именуемой в России «Деисус» — от искаженного греческого «deesis» (моление). В центре композиции — икона Христа, восседающего на престоле в образе Судии; по обеим Его сторонам располагаются Богородица и святой Иоанн Креститель. Иоанн в накидке из верблюжьего волоса и с крыльями за спиной, символизирующими его аскетическое, подобное ангельскому, совершенство. Он и Дева Мария склоняются пред Судией, восседающем на престоле, в молитве за грешное человечество. За этими тремя центральными фигурами (собственно «deesis») следуют по обе стороны два архангела; завершают же этот ряд апостолы, по шесть с каждой стороны, возглавляемые Петром и Павлом. Их лица повернуты к Христу, и, таким образом, вся композиция, хотя и состоит из отдельных икон, представляет собой единое целое: небесные участники Страшного Суда.
Наряду с иконостасом, отдельные иконы висят на стенах, в частности на четырех центральных столбах. Они лежат также на аналоях (столиках для чтения) и даже помещаются снаружи над входом или на большей апсиде. Для русского благочестия икон никогда не бывает слишком много. Однако сохранилась и настенная живопись. В большинстве случаев от древних времен осталось только несколько фрагментов фресок. Но там, где под слоем позднейших «поновлений» они сохранились целиком, мы видим, что вся поверхность стен была покрыта живописью — евангельскими сценами или отдельными фигурами. От чисто декоративной живописи не осталось почти ничего.
В куполе сохранил свое место Пантократор — погрудное изображение Иисуса Христа с суровым выражением лица, со сжатыми — но не для благословения — пальцами рук. Эта рука держит всю вселенную. В Новгороде рассказывалась легенда о Пантократоре в куполе святой Софии. Считалось, что в Своей руке Христос держит Великий Новгород; в день, когда рука разожмется, Новгород погибнет. Ниже Пантократора, в четырех треугольниках (парусах), связывающих барабан купола с четырьмя столпами, изображались четыре евангелиста. Западная стена, как и в римско–католических базиликах, посвящена грандиозной картине Страшного суда. Ее композиция аналогична западным на ту же тему. Иногда она расчленяется на отдельные эпизоды, которые покрывают прилегающие части северной и южной стен. Украшая эти стены, художники или их заказчики пользовались большой свободой. На знаменитых фресках Ферапонтова монастыря стены расписаны в три ряда: верхний ряд иллюстрирует отдельные части акафиста Пресвятой Богородице, средний посвящен сценам из Евангелия (редкая тема для средневековой Руси), взятым, как правило, из литургических чтений Великого поста и Пасхального периода (Постной и Цветной Триоди). Ниже, а также на центральных столпах помещены мученики, изображенные в римских доспехах как Христовы воины.