В каком виде выражалась эта власть светского могущества над духовными делами и на какие предметы обращалась мысль, показывает возникший при императоре Мануиле Комнене спор о принесении жертвы Иисусом Христом. Этот император составил такую формулу: вочеловечившийся Бог в произвольном принесении себя в жертву был вместе и приноситель, и приносимый. Император созвал синод в Константинополе с целью, чтоб эта формула была утверждена соборне. Некоторые из епископов воспротивились, хотели было защищать самостоятельность Церкви и — потеряли свои места. Спор распространился в публике, сначала в высшей, придворной, потом— в городской. Император требовал, чтобы все признавали так, как он положил, и кто сопротивлялся, кто находил, что формула составлена неправильно, или задумывал что-нибудь изменить в ней, тому грозила высочайшая немилость: одни теряли свои места, других постигало изгнание или ссылка. Для всенародного ведения государь повелел начертать свое премудрое изречение на каменной доске и повесить доску в Софийской церкви.
Столь же характеристичным было другое богословское дело в царствование того же Мануила Комнена. Для обращающегося из магометанства в христианство существовала формула: богу Магометову — анафема!" Император нашел, что эта формула, в обширном смысле, заключает в себе богохульство, ибо Магомет признавал единого Бога. Собран был синод. Императору возразили, что Магометов бог есть ложный бог. Досадуя, что духовные ему сопротивляются, император собрал другой синод в Скутари, но не явился на него сам лично, а через посредство своего секретаря настоятельно требовал снять анафему с Маго-метова бога. Когда духовные все-таки упорствовали и доказывали, что Магометов бог совсем другой, чем Бог христианский, секретарь именем государя угрожал, что это дело представится на собрание под председательством папы. Духовенство страшилось папской власти: в нем укоренилось омерзение к западному христианству. Папою умели запугать непокорных. После долгих прений, вместо прежней формулы: "Богу Магометову — анафема", написали: "Магомету с его учением и со всеми его последователями — анафема!
В XIV-м веке возник в греческой Церкви спор по поводу понятия о Фаворском свете; сущность его состояла в том, — был ли это свет существенный, или отражение.
Споры с латинскою Церковью, дошедшие в последней половине ХI-го века до разделения, усиливали вражду по мере каждой новой попытки к сближению Церквей. Из многих таких попыток замечательно бывшее при Иоанне II-м Комнене состязание Ансельма гавельборского с епископом никомидийским, Никитою. Разумеется, главным предметом спора был вопрос о Духе Святом: греческая сторона опиралась на тексты св. писания, западная — на прогрессивное движение явления св. Духа, посредством которого то, что лежало в зародыше учения, впоследствии явилось в разнообразных приложениях, и последующие века, сообразно возникающим потребностям, дополняли то, что сделали предыдущие. В этом понимании отразился характер обеих Церквей. Греческая постоянно стремилась удержать неподвижно раз сложенный состав; Западная допускала развитие в Церкви: первая хотела сохранить незыблемо старину, почитая ее совершенною и неизменною святыней; вторая допускала возможность изменений. Кроме спора о св. Духе, происходил спор о Евхаристии. Никита признал, что приготовление хлеба для Евхаристии — из квасного или из пресного теста — не составляет существенного различия Церквей. Но патриотизм грека высказался у него, когда противник его доказывал, что благодать Божия и небесное благоволение явно почиют над римскою Церковью: ибо она едина, а греческая была обуреваема ересями. Греческий архиерей представил, что в греческом мире дейсти-вительно много было ересей, но это от образованности и ученого воспитания. "Ереси, — говорил он, — служат только к укреплению веры, и всегда побеждаются православием. Напротив, латины, в своем невежестве, не могут сказать ни хорошего, ни дурного в делах веры". Состязание это не кончилось ничем; и другие, последующие попытки восстановить разорванное единство Церквей ничем не кончились.