Вопреки ожиданиям, комиссия Ванновского взяла сторону студентов, возложив вину за февральские события на полицию. Комиссия пришла к выводу, что забастовка не была ни заговорщической по происхождению, ни политической по духу, но явилась стихийным проявлением протеста студентов против обращения с ними. Ванновский предлагал вернуться к Университетскому уставу 1863 года, а также провести ряд конкретных реформ, включая легализацию студенческих обществ и землячеств, а также сокращение часов, посвященных изучению латыни, и послабление требований к знанию греческого. Власти не вняли рекомендациям Ванновского, предпочтя обратиться к карательным мерам10.
29 июля правительство издало «Временные правила», согласно которым студенты, повинные в политических выступлениях, теряли право на отсрочку от воинской службы. Когда эти правила только появились, было широко распространено мнение, что они призваны лишь напугать смутьянов и никогда не будут применены на деле. Однако их все-таки применили.
В ноябре 1900 года, после полуторагодового затишья, вновь вспыхнули студенческие волнения, на сей раз в Киеве в связи с исключением двух студентов. Во многих университетах страны прошли митинги в поддержку киевского студенчества. 11 января 1901 года Боголепов, воспользовавшись вышеупомянутыми правилами, распорядился отдать в солдаты 183 студента Киевского университета. Когда из солидарности выступил С.-Петербургский университет, такому же наказанию подверглось 27 его учащихся. Месяц спустя студент П.В.Карпович выстрелил в Боголепова и смертельно ранил его: министр стал первой жертвой новой волны террора, в следующие годы унесшего тысячи жизней. Современники считали, что меры Боголепова и его гибель ознаменовали начало новой революционной эры11.
Забастовки вспыхивали в университетах Харькова, Москвы и Варшавы. Сотни студентов были исключены в административном порядке. В 1901 году правительство, желая разрядить обстановку, назначило Ванновского, которому тогда было уже семьдесят восемь лет, на место Боголепова. Ванновский ввел изменения в университетские правила, легализовав студенческие общества и ослабив требования к знанию древних языков. Однако эти уступки не успокоили студентов, и студенческие организации отвергли их на том основании, что они только обнажили слабость режима и не затрагивали политических требований12. Ванновский не справился со студенческим движением и получил отставку.
С той поры российские высшие учебные заведения стали опорой политической оппозиции. В.К.Плеве, крайне консервативный директор департамента полиции, считал, что «почти все цареубийцы и большое число замешанных в политических преступлениях» были студентами13. По мнению кн. Е.Н.Трубецкого, либерального ученого, университеты были теперь насквозь политизированы и студенты все менее заботились об академических правах и свободах, увлекаясь лишь политикой, что делало невозможным нормальное течение академической жизни. В 1906 году Трубецкой описывал университетские волнения 1899 года как начало «общего кризиса государства»14.
Волнения в высших учебных заведениях протекали на фоне возрастающих оппозиционных настроений в учрежденных в 1864 году органах местного самоуправления — земствах. В 1890 году, в эпоху контрреформ, права земств были урезаны, что вызвало такое же недовольство среди земцев, какое Университетский устав 1884 года вызвал у студентов. В конце 90-х годов земцы стали устраивать полулегальные совещания с политическим оттенком15.
На этой стадии правительство еще стояло на распутье: оно могло либо посредством различных уступок примирить оппозицию, пока еще не выходящую за рамки образованных слоев общества, либо обратиться к еще более суровым репрессивным мерам. Пойти путем уступок было бы, очевидно, более мудро, ибо оппозиция представляла собой слабо связанные разнородные элементы, наиболее умеренные из которых можно было примирить ценою сравнительно небольших уступок и тем самым отторгнуть от элементов революционных. Репрессии же, наоборот, заставляли эти разнородные элементы теснее сплотиться и радикализировали умеренных. Твердая приверженность Николая II абсолютизму проистекала отчасти из верности данной при коронации клятве сохранить вверенный ему отцом режим, отчасти — из глубоко коренящегося убеждения, что интеллигенция не способна править империей. Не отвергая в принципе возможности определенных уступок, способствующих воцарению порядка, Николай II никогда не мог проявить требуемого терпения и, если сделанные им уступки не приносили немедленно ожидаемого результата, сворачивал с этого пути и обращался к полицейским мерам.