Подобные убеждения дали основания для выведения эсеров из состава правительства — акта, равносильного роспуску Директории. Когда Манифест Чернова дошел до Омска, председатель Совета министров Вологодский и генерал Болдырев потребовали арестовать ЦК эсеров110. В то же время было возбуждено судебное дело против авторов документа.
Во время этих событий Колчак ездил с инспекцией на фронт; он вернулся в Омск только 16 ноября. На следующий день несколько офицеров и казаков обратились к нему с просьбой принять власть. Среди них был генерал Д.А.Лебедев, представитель Деникина в Омске, некогда близкий соратник Корнилова, ненавидевший эсеров из-за роли, которую они сыграли в корниловском деле. Колчак отказался по трем причинам: в его распоряжении не было военных сил (они находились под командованием Болдырева); он не знал отношения к этому предложению Сибирского правительства; он не хотел нарушать своей лояльности Директории, на службе которой состоял111. Он не только не готов взять на себя диктаторские полномочия, сказал далее Колчак, но вообще подумывает об отставке с поста министра, поскольку эта должность не приносит ему ни малейшего удовлетворения.
Не смирившись с отказом, сторонники диктатуры решили вынудить Колчака принять нужное им решение. В полночь с 17 на 18 ноября, во время сильной бури, отряд сибирских казаков под предводительством атамана И.Н.Красильникова ворвался на частное заседание, проходившее в резиденции заместителя министра внутренних дел. Среди присутствовавших были несколько эсеров, в том числе Авксентьев и Зензинов. Эти двое и хозяин были арестованы; заместитель Авксентьева, Аргунов, был арестован позже той же ночью. Переворот, направленный против эсеров в правительстве и спланированный, по-видимому, Лебедевым, явился для всех, в том числе и для Колчака, полнейшей неожиданностью.
Поскольку об обстоятельствах, приведших Колчака к власти, распространялось множество легенд — легенд, которые имели весьма грустные последствия для его взаимоотношений с демократическими кругами в России и вне ее, — необходимо отметить некоторые факты. Во-первых, Колчак не являлся автором заговора: нет ни одного факта, свидетельствующего, будто он принимал участие в его составлении или даже знал о его существовании. Нет причин поэтому не доверять его версии событий, а именно, что он узнал о том, что произошло, только посередине ночи, получив соответствующий телефонный звонок112. Согласно мнению биографа, «Колчак был, пожалуй, единственным членом Совета министров, о котором можно с уверенностью сказать, что он не был посвящен в планы готовящегося Красильниковым переворота»113. Нет никакого основания и для того, чтобы поверить заявлению французских генералов, будто омский переворот был подготовлен британской миссией114. Свидетельства, частично ставшие доступными только после Второй мировой войны, заставляют согласиться с генералом Ноксом, утверждавшим, что «переворот был проведен Сибирским правительством без предварительного оповещения Великобритании и без какого бы то ни было соучастия с ее стороны»115. Архивные материалы свидетельствуют — за десять дней до переворота, когда о нем уже ходили слухи, Нокс предупреждал Колчака, что подобный шаг может стать «фатальным» 116.