Вопрос об отношениях профсоюзов и государства вызвал гораздо более ожесточенные споры. Должны ли профсоюзы, подобно другим советским организациям, стать неотъемлемой частью аппарата рабочего государства? Или же они должны сохранить функции защиты интересов рабочего класса независимо от других органов рабочего государства? Меньшевики и некоторые большевики стояли за полную независимость профсоюзов от государства, аргументируя это тем, что, поскольку революция еще не переросла буржуазно-демократическую стадию, профсоюзы должны играть свою традиционную роль. Но Зиновьев, председательствующий на съезде, без труда обеспечил нужное большинство голосов официальной линии большевиков, согласно которой в процессе революции профсоюзы должны неизбежно превратиться в органы социалистического государства и в этом качестве «взять на себя основную нагрузку организации производства». Резкий спад производства и в целом кризисная ситуация жизненно требовали этого. Поднимать производительность труда, крепить трудовую дисциплину, регулировать зарплату и предотвращать забастовки — все это были обязанности, которые должны были взять на себя профсоюзы совместно с ВСНХ и другими государственными органами. Различия функций профсоюзов и Народного комиссариата по труду (Наркомтруда) стали чисто формальными, и с этого времени в основном профсоюзы стали выдвигать чиновников на крупные посты Наркомтруда.
Гражданская война воскресила и поддерживала энтузиазм, порожденный самой революцией, и поэтому в чрезвычайных условиях войны строгие дисциплинарные меры казались приемлемыми. В апреле 1919 года, в разгар гражданской войны, была введена всеобщая воинская повинность; и вскоре вошло в практику использование труда военных на самых необходимых работах. Примерно в то же время начали функционировать трудовые лагеря для нарушителей закона, приговоренных к этому виду наказания ВЧК или судами и обязанных выполнять работы по требованию советских организаций. В самых жестоких из этих лагерей, известных под названием концентрационных, содержались приговоренные к особо тяжелым работам за контрреволюционную деятельность во время войны. Но также стал делаться упор на добровольную самодисциплину. В мае 1919 года Ленин призвал трудящихся принять участие в так называемых коммунистических субботниках, когда несколько тысяч рабочих в Москве и Петрограде добровольно вызвались работать сверхурочно и без оплаты, чтобы ускорить отправку на фронт солдат и боеприпасов; через год снова прошел коммунистический субботник. Именно в это время появились ударники, которые быстро, с большой производительностью выполняли особо важную работу. Без сочетания жесткого принуждения и стихийного энтузиазма вряд ли была бы выиграна гражданская война.
В самом начале 1920 года, когда были разбиты Деникин и Колчак, с чрезвычайной военной ситуацией было покончено. И тут же на передний план выдвинулась не менее тяжелая реальность — почти тотальная экономическая разруха; казалось вполне логичным, что для решения этой проблемы необходимо использовать те же формы дисциплины, которые принесли победу на фронте. Народный комиссар по военным и морским делам Троцкий стал ярым приверженцем трудовой повинности и милитаризации труда, что, по его мнению, должно было привести к возрождению экономики. В течение периода военного коммунизма профсоюзы не играли никакой роли. Для работы в тылу была введена трудовая повинность, а после окончания войны воинские части были преобразованы в трудовые батальоны, им предстояло восстанавливать народное хозяйство. В январе 1920 года на Урале была сформирована первая революционная трудовая армия. Однако теперь, когда гражданская война закончилась, настроения изменились. Те, кто с самого начала не одобрял мер принуждения по отношению к рабочим, те, кто выступал за независимость профсоюзов, а также те, кто по каким-либо другим причинам выступал против возвышения Троцкого и его ведущей роли в партии, объединились в нападках на его жесткую, авторитарную линию в этом вопросе. В марте 1920 года на IX съезде РКП(б) он защищал свою политику перед растущей оппозицией и был поддержан Лениным. Начало войны с Польшей заглушило голоса недовольства. Но когда осенью 1920 года война закончилась, а на Юге были погашены последние очаги гражданской войны, в партии возникло яростное сопротивление сохранению трудовой повинности и пренебрежению профсоюзами. Троцкий, столкнувшись с гигантскими насущными проблемами восстановления экономики, к тому же весьма раздраженный противодействием профсоюзов его планам, подлил масла в огонь, потребовав «перетряски» всей профсоюзной системы. Ленин был согласен с Троцким в этом вопросе; в течение всей зимы шли жесточайшие дебаты небывалого размаха, и когда в марте 1921 года X съезд партии отменил политику военного коммунизма, они разгорелись с новой силой.