Однако вскоре несколько взаимосвязанных кризисов вскрыли некоторые подспудные особенности нэпа. Первым был кризис цен. После отмены жесткого контроля периода военного коммунизма цены взмыли вверх. В августе 1921 года был учрежден комитет по ценам, в мае 1922 года организована комиссия по вопросам внутренней торговли, но обе эти организации оказались совершенно бесполезными. Голод горожан на сельскохозяйственные продукты был значительно острее голода крестьян на промышленные товары, так что вначале цены на продовольствие стремительно росли по сравнению с ценами в промышленности. Промышленность, лишенная оборотного капитала и источников кредита, могла обеспечивать себя, только продавая свою продукцию на рынке по неуклонно падающим ценам, что вело к дальнейшему падению цен на промышленные товары. Этот процесс, который достиг апогея летом 1922 года, повлек за собой кризис рабочей силы. При военном коммунизме рабочей силы, как и всякого товара, не хватало, о безработице не могло быть и речи. Мобилизация на принудительные работы давала одно преимущество: занятые на них люди обеспечивались продовольственными пайками. Теперь же принудительные работы почти нигде не использовались, кроме исправительно-трудовых лагерей, и возобновились отношения свободного найма и оплаты труда. Профсоюзы от имени своих членов начали вести переговоры о заключении коллективных договоров. Но рабочих мест стало гораздо меньше, чем людей, ищущих работу. Работодатели в течение долгого времени продолжали обеспечивать своих рабочих продовольственными пайками, но теперь это был платеж натурой, рассчитанный по рыночным ценам, вместо денег. Причуды ценообразования превратили зарплату в постоянный предмет споров, в которых рабочий имел отнюдь не первое слово. Зарплата часто не выдавалась из-за того, что предприятия не могли найти наличных денег.
Статус профсоюзов определялся результатами малозначительного компромисса, достигнутого на X съезде партии, состоявшемся в марте 1921 года. Поверхностность этого компромисса проявилась уже два месяца спустя на съезде профсоюзов. Томский, не сумевший предотвратить обсуждение этого вопроса, уже рассмотренного на партийном съезде, получил строгий выговор и по приказу партийного руководства был освобожден от поста председателя ВЦСПС и отправлен в командировку в Центральную Азию. Довольно существенно, что на посту председателя его сменил Андреев, который вначале поддерживал взгляды Троцкого на профсоюзы. Но эти перемещения не восстановили спокойствия в профсоюзах. В январе 1922 года Политбюро еще раз выступило с резолюцией, где признавалось существование «ряда противоречий между различными задачами профсоюзов» — речь явно шла о противоречии между «защитой интересов трудящихся масс» и ролью профсоюзов как «участников госвласти и строителей всего народного хозяйства в целом». По-видимому, эта формулировка отсрочила приговор, вынесенный Томскому, который на следующем съезде профсоюзов в сентябре 1922 года был восстановлен на посту председателя ВЦСПС. На этом съезде еще раз попытались определить роль профсоюзов. Они должны были «безоговорочно защищать интересы трудящихся». С другой стороны, им вменялось в обязанность следить за повышением производительности труда, что рассматривалось как вклад рабочих в строительство социалистического государства; хотя забастовки формально не были запрещены, единственно верным путем улаживания конфликтов признавались переговоры между профсоюзами и работодателями или соответствующим административным органом. Интересно, что в это время не проводилось никаких существенных различий между ролью профсоюзов на государственных и на частных предприятиях. И те, и другие участвовали в производстве продукции; главное было не мешать этому процессу.
Усиление власти и влияния так называемых красных управляющих разжигало недовольство рабочих. Во время гражданской войны для создания Красной Армии и командования ею привлекались бывшие офицеры царской армии; таким же образом для восстановления основных отраслей промышленности под контролем членов партии и рабочих были взяты на службу бывшие управляющие как специалисты и бывшие владельцы заводов и фабрик как управляющие национализированными предприятиями. Это позволило наладить квалифицированное управление. Подобная практика закрепилась, и к ней все чаще прибегали при нэпе, когда безымянные тресты и синдикаты заняли место главков периода военного коммунизма. Красные управляющие, несмотря на их буржуазное происхождение и связи, получили общепризнанное и уважаемое место в советской иерархии; некоторые из них были приняты в партию — награда за выдающиеся заслуги. Для оплаты их труда были установлены ставки, намного превышавшие уровень обычных расценок; их голоса приобретали все большее значение в управлении промышленностью и формировании политики ее развития. Их часто — и нельзя сказать, что несправедливо, — обвиняли в жестокой и властной манере поведения с рабочими, характерной для старого режима; эти обвинения свидетельствовали о зависти и недовольстве, вызванном таким резким отходом от всего, за что боролась революция.