У офицеров и гардемаринов был свой распорядок. Они занимались описью Нагасакского порта и береговых укреплений, составляя при этом карту. В их повседневные обязанности также входили чтение и переводы с иностранных языков. Кроме того, они совершенствовались в управлении гребными судами, катаясь ежедневно по обширному, живописному и превосходному в морском отношении Нагасакскому заливу. Японцы относились к этому весьма неодобрительно, даже пытались на своих лодках мешать им. Если моряки уходили далеко в море, то японцы принимались махать руками, требуя возвращения. В конце концов офицеры не выдержали: японцам объявили, что если их лодки будут подходить близко к русским судам, то их отведут силой дальше. Путятин тоже приказал объявить, что моряки «и так много делают снисхождения, исполняя их обычаи: не ездят на берег; пришли в Нагасаки, а не в Едо, тогда как могли бы сделать это, а они не ценят ничего этого, и потому кататься будем».
Моряки видели, что Нагасаки «представляет много выгод в морском отношении, имея обширные и безопасные рейды и покойную гавань для стоянки судов и исправления всякого рода повреждений. Находясь в руках какой-либо образованной нации, он, в короткое время, занял бы одно из первых мест в ряду приморских городов». Но крепостные сооружения Нагасаки, по мнению русских офицеров, совершенно не соответствовали современным требованиям фортификационного искусства: «При первом взгляде на батареи, и помещенных на них орудий покажется достаточным для отражения значительной морской силы; но при внимательнейшем рассмотрении нагасакских укреплений окажется, что японцы не имеют понятия ни об инженерном, ни об артиллерийском искусстве».
Моряки пытались уговорить губернатора отвести им место на берегу для проверки хронометров и для магнитных наблюдений, а заодно и для прогулок экипажа, но не добились успеха. Впрочем, они скоро поняли, что губернатор Нагасаки обладал весьма ограниченными правами: даже такой вопрос, принимать или не принимать послания или подарки от русских, решал не он, а столичные власти. Когда Путятин вручал губернатору письмо российского государственного канцлера графа Нессельроде для передачи в японский Верховный Совет, тот прочел полученное им из Эдо повеление, в коем разрешалось принять письмо и уведомить русских, что «ответ на оное в скором времени последовать не может». Незадолго до этой встречи скончался сёгун, что, по мнению японца, значительно замедлит получение ответа. Высказав официальное соболезнование от имени российского правительства, Путятин дал понять губернатору, что если в шестинедельный срок со времени получения письма он не получит ответа, то будет действовать согласно данным ему инструкциям, то есть отправится самостоятельно в столицу Японии.
Целый месяц потребовался для того, чтобы добиться перевода «Паллады» поближе к берегу. Губернатор наконец прислал ответ, что если русские желают, то могут встать на внутренний рейд, но не очень близко к берегу, чтобы не мешать движению японских лодок на пристани. В этом разрешении моряки усмотрели некоторый умысел: «Лишь только фрегат вошел бы в проход, японцы выстроили бы линию из своих лодок позади его и загородили бы нам второй рейд, на котором нельзя было бы кататься на шлюпках; а они этого и добивались. Но мы поняли и не согласились. А как упрашивали они, утверждая, что они хлопочут только из того, чтоб нам было покойнее!»
Путятин же хотел, чтобы русские суда растянулись: корвет встал при входе на внутренний рейд, шхуна и транспорт поместились в самом проходе, а фрегат остался бы на втором рейде, чтобы удержать его за собой. 19 сентября «Паллада» и «Восток» перетянулись на новое место. Для буксировки судов пришло 180 японских лодок, вставших вплотную к фрегату. «Гребцы, по обыкновению, голые, — отметил очевидец, — немногие были в простых, грубых, синих полухалатах. Много маленьких девчонок (эти все одеты чинно), но женщины ни одной. Мы из окон бросали им хлеб, деньги, роздали по чарке рому: они все хватали с жадностью».
25 сентября исполнился ровно год, как на «Палладе» подняли флаг и она вышла на кронштадтский рейд. По поводу годовщины начала похода на судне устроили праздник, включавший в себя молебен и большой обед.