По мнению Путятина и других офицеров, старшие полномочные по имени Тсу-Тсуй-Хизено и Ковадзи-Сойемон-но, обладая «бойким здравым умом и искусной диалектикой», мало чем отличались от образованных европейцев. Русские убедились, что японцы не напрасно считаются самой образованной и вежливой нацией из всех народов Дальнего Востока. Чиновники постоянно проявляли знаки радушия и гостеприимства, выражая этим, по их словам, искренность намерений японского правительства вступить в дружеские связи с Россией. Моряки заметили, что сановники из Эдо, в отличие от нагасакских, шли на уступки русским, правда, иногда после продолжительных возражений. Но приглашение посетить фрегат они приняли не только беспрекословно, но и с видимым удовольствием, что моряки отнесли к весьма замечательным и небывалым событиям.
Губернатор Нагасаки получил из Эдо позволение принять русские подарки. Их вручили не только ему, но и старшим чиновникам-баниосам, а также тем подчиненным губернатора, кто был связан с русскими моряками во время их пребывания в Нагасаки. В свою очередь японцы при вторичном свидании, угостив русских парадным обедом от имени своего сёгуна, тоже вручили Путятину, всем офицерам и гражданским чиновникам подарки: шелковые материи, фарфоровые чашки и другие изделия. Для команды передали сто мешков риса, тысячу ящиков сои и двадцать свиней. Как было сказано, подобные подарки делались всем иностранцам, но сановники при посещении фрегата привезли Путятину еще дары и от себя: дорогую саблю с отлично выделанным клинком и лакированные вещи с золотыми украшениями. При этом они отметили, что преподношение сабли служит выражением крайней приязни, и дали понять: поскольку подарок сделан по внушению их правительства, то по нему можно сделать вывод об отношениях японского правительства к русскому. Путятин в свою очередь, отдарив приличным образом полномочных, передал им также подарки для поднесения сёгуну: несколько кусков богатой золотой парчи и глазета, большие зеркала, бронзовые столовые часы, цветные вазы и ковры.
Вскоре после первых двух официальных встреч между Путятиным и японскими сановниками начались переговоры. Они проходили в так называемом «правительственном доме», в котором русские уже бывали, встречаясь с губернаторами. На эти совещания Путятин ездил на катере, без церемониала, в сопровождении только четырех, необходимых при переговорах лиц. Японские чиновники также были без многочисленной свиты. Результаты этих предварительных переговоров Путятин изложил в особой записке, представленной министру иностранных дел.
Пока Путятин был занят дипломатической миссией, офицеры русских судов, коротая свободное время, занялись театральными постановками: на борту корвета «Оливуца» сыграли «Женитьбу» Н. В. Гоголя. Руководил всем барон Крюднер, и затея удалась. Особенно зрителям понравился мичман Зеленый, обладавший природным юмором и, видимо, больше других знакомый с театральным искусством.
«Едучи с корвета, — написал в дневнике Гончаров, — я видел одну из тех картин, которые видишь в живописи и не веришь: луну над гладкой водой, силуэт тихо качающегося фрегата, крутом темные, спящие холмы и огни на лодках и горах. Я вспомнил картины Айвазовского». Романтичным настроениям были подвержены и другие. Однажды поздним вечером на «Палладе» услышали, как с моря доносится мелодичное пение. Оказалось, это офицеры корвета «Оливуца» с камчадалами-певчими затеяли серенаду из русских и цыганских песен. Они долго плавали при лунном свете около фрегата, пели и жгли фальшфейеры, а все, кто был на «Палладе», собрались на юте и молча слушали их. Когда пение закончилось, адмирал поблагодарил певцов и позвал офицеров пить чай. Напоили чаем и певчих. На японской лодке, стоявшей в бухте, тоже, видимо, заслушались песен: она отделилась от других и подошла к фрегату, но близко подойти не посмела и, остановившись, долго качалась на одном месте.
Переговоры Путятина с полномочными из Эдо продолжались целый месяц. В это время в мире запахло порохом: начиналась Крымская война. Хотя основной театр военных действий был на Черном море, Путятин предвидел, что Дальний Восток тоже не избежит сражений. Поэтому он решил, используя перерыв в переговорах, исследовать побережье около устья реки Тюмень-Ула (ныне Туманная) в поисках мест, где русский флот мог бы в случае нужды укрыться от неприятеля. В дальнейшем решено было продолжить встречи и начать консультации по разграничению границы. Путятин писал: «В конце января 1854 г. после прощальных обедов в Нагасаки и на фрегате и изъявлений взаимной дружбы я расстался с полномочными, назначив им свидание весной для дальнейших переговоров в заливе Анива, на южной оконечности острова Сахалин».